| 構造の登録者、ならびに雑誌編集者や論文査読者を支援するため、wwPDBでは新たなX線構造検証レポートを発行します ... JL, Tickle IJ, Vriend G, Zwart PH. (2011) A new generation of crystallographic validation tools for the Protein Data Bank. ... doi: 10.1107/S0907444911050359 [3] Montelione GT, Nilges M, Bax A, Güntert P, Herrmann T, Richardson JS, Schwieters C, Vranken WF ... |
| ニュース (2010年05月06日) ... 1-12. 2. WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL Markley, J Ionides, and ED ... Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline . Proteins 59, 687-696. 3. JF Doreleijers, WF ... |
| [wwPDB] IUCrでのwwPDBイベント ... よる基調講演 「Driving Knowledge Discovery at RCSB.org: A one-stop-shop for exploration of experimentally determined PDB structures ... Zardecki氏による講演 「RCSB Protein Data Bank: Sustaining a living digital data resource that enables breakthroughs in scientific research ... |
| 3-3) 解析した構造を評価するために、OneDep検証サービスのパッケージは利用できますか？ - validation FAQ - ... not been made available for distribution as it includes a lot of PDB-specific code that makes difficult to use ... elsewhere. Instead a publically accessible standalone validation server is provided to enable a user to produce validation reports ... |
| ASH ... [参考文献] 1. Toh, H. (1997) Introduction of a distance cut-off into structural alignment by the double dynamic programming algorithm ... . Comput Appl Biosci 13, 387-96. 2. Orengo, C.A. and Thornton, J.M. (2005) Protein families and their evolution ... |
| 事例紹介(1uan) ... ックスに「1uan」と、「Chain」ボックスに「A」か「B」のどちらかを入力し、「Search ... 索を開始します （なお、1uanA（1uanのA鎖）は1uanBと99%の相同性があり ... 自身です（最初の検索で 1uan の A 鎖を指定した場合、ここでは ... |
| 「PDB アジア地区50周年記念シンポジウム」開催とPDBjポスター賞について ... ID SP4-14 タイトル Exploring the structural aspects of a novel phospholipid-binding protein 発表者名 Angshu Dutta 所属 ... , India 肩書 PhD student ID SP4-40 タイトル A new trend of protein crystallography: Polymorph analysis using hierarchical clustering of ... |
| 構成要素情報 ... があります。 前者は必ずしもAから始まるとは限らず、アル ... れているIDです。 一方後者はAからアルファベット順に連 ... |
| 追加の情報を使う（PDBMLadd、SIFTS、BIRD辞書、CSD） ... 例 pdbid PDBID 2no6 chain Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id） A sp_primary UniProt ID P27707 with_string 接頭辞付き ... 例 pdbid PDBID 1smd chain Chain ID（＝atom_site.auth_asym_id） A tax_id NCBI TaxonomyのTaxonomy ID 9606 scientific_name 生物 ... |
| 各PDBエントリーのタイトル（pdbx_descriptor）、キーワード（pdbx_keywords）、単位格子の3辺の長さと角度、高分子鎖の数、高分子鎖の合計化学式量を得る ... pdbid, struct.pdbx_descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, cell ... pdbid, struct.pdbx_descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, ... |
| 11月24日 (金)、平成29年度 日本結晶学会年会にて、ランチョンセミナーを開催します ... ) JMSアステールプラザ (広島市) 4F A会場 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 ... ムと構造評価ツール (New deposition system and a validation tool of Protein Data Bank)" ※ランチョンセ ... |
| ProMode-Elasticとは何か ... と j の間の距離である。 - K と a は原子の種類によらないパ ... 。 (4) ProMode-Elasticで提供している情報 a) 原子のゆらぎ。時間平均と３ ... |
| [wwPDB] wwPDBのバイオキュレーションに関する論文が公開されました。 ... , Oliver S. Smart, Lihua Tan, Glen van Ginkel, Huanwang Yang, Marina A. Zhuravleva, John L. Markley, Haruki Nakamura, Genji Kurisu, Gerard J. Kleywegt ... 2018: bay002 (2018) doi: 10.1093/database/bay002 Biocurators at a 2014 wwPDB Summit [ wwPDB ニュース ] |
| 5-4) 必須のリガンド情報を入力しましたが、”a ligand mismatch requires attention（リガンドのミスマッチに注意してください）”と表示されます。どうすればよいでしょうか？- wwPDB D&A FAQ - ligand summary（リガンド概要）ページで "Inspect Selected Ligands（選択したリガンドを検証する）"をクリックして、インスタンスレベルの照合ページに戻ってください。 ページ最下部付近の”Save（保存）”ボタンがクリックされたことを確認してください。 保存ボタンをクリックすると、”保存”ボタンは”Undo（取り消し）”ボタンに変わり、 リガンドの一致しないインスタンスは全て黄色のヘッダから明るい青色のヘッダへ変わります。 ”Mismatch(es) now ... |
| Chain IDの付け方の規則について -FAQ ... 字、数字の区別はありますか？ A) 大文字, 小文字, 数字の区別は ... る必要がありました。 現在D&A システムからご登録頂く際 ... |
| 11/19（火）、日本結晶学会 令和元年（2019年）度年会にて、ランチョンセミナーを開催します ... 会場（部屋名) 金沢市文化ホール A会場：会議棟３階 大会議室 参 ... 学 蛋白質研究所) "Editing PDBx/mmCIF files via a web-based CIF editor" 講演要旨：こちら ※ラ ... |
| 国際結晶学会（8月5-12日）でのwwPDB関連イベントのお知らせ ... 日（土） "口頭発表: The history of the PDB as a public resource for enabling science by Helen M. Berman (RCSB PDB) in ... Nakagawa (PDBj). - "口頭発表: The history of the PDB as a public resource for enabling science by Helen M. Berman (RCSB PDB) in ... |
| 9/16～9/18に日本生物物理学会年会でPDBjオンライン展示会を開催します ... ューアMolmilの使い方川端 猛 [資料] <a 旧PDBフォーマットとmmCIFフォーマ ... ット川端 猛 [資料] <a また、学会の会期中の以下の ... |
| 2015年9月13日（日） 、金沢大学で開催された 第53回生物物理学会年会 にて、PDBjランチョンセミナーを行いました。 ... 質研究所） "Rapid advancement of high-resolution cryo-EM intrudes a database of atomic coordinates." (急速な高分解能ク ... 大学 蛋白質研究所） "New deposition system and a validation tool of Protein Data Bank" (Protein Data Bankの新し ... |
| 10月28日（月）に、京都国際会館にて開催される第51回日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを実施いたします。 ... 席 - 演者・演題： Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data Deposition, Validation, and Data Integration 中 ... for Protein Research, Osaka University) - Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data Deposition, Validation, and Data Integration 中村 春 ... |
| これまでにない完全なHIVカプシド構造がPDBで公開されました ... entry 3J34, derived from an 8.6 Ångström reconstruction of a capsid hexameric subunit in a helical assembly (EMD-5582), was used in the construction of ... |
| CRNPRED ... 蛋白質構造の高精度予測） Kinjo, A. R.; Nishikawa, K. BMC Bioinformatics 7 :401 (2006) [Primary reference] 2. Predicting ... 毎コンタクトオーダの予測） Kinjo, A. R.; Nishikawa, K. BIOPHYSICS 1 :67-74 (2005) [Basic methodology] 3. Recoverable ... |
| Sequence Navigator ... 直後にある入力ボックスに「A」と入力 「Input an AA Sequence」の下の入力 ... 直後にある入力ボックスに「A」と入力 - 「Input an AA Sequence」の下の入力 ... |
| ニュース (2016年1月11日) ... 続きと同じです。 【参考文献】 1. A New Generation of Crystallographic Validation Tools for the Protein Data ... Frank, Nikolaus Grigorieff, Wen Jiang, Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar ... |
| Protein Globe ... /globe.cgi?pdbid=1ashchain=Adomain=1 （PDBIDが「1ash」、鎖IDが「A」、ドメイン番号が「1」の場合） 8 ... ます。 例えば、PDB IDが「1ash」、chain IDが「A」でドメインIDが「1」の場合、 以 ... |
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