| 「PDB アジア地区50周年記念シンポジウム」開催とPDBjポスター賞について 2021年11月24日（水）、PDB創設50周年を記念して「PDBアジア地区50周年 ... |
| PDBエントリー1bbtの生物学的単位生成情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1bbtの生物学的単位 ... 位と生物学的単位について - PDBの生物学的構造単位につい ... |
| 3-3) PDBフォーマットのファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - PDBフォーマットのファイルをア ... 14.064 2.135 20.580 1.00 15.71 N b) PDBフォーマットファイルに含ま ... |
| PDBデータのダウンロードURL - FAQ Q) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするため ... ット取得方法など詳しくはPDB Archive/Snapshot Archiveページをご覧下さい。 [質 ... |
| PDBデータの部分抽出 - FAQ Q) PDBデータを部分的に抽出してダ ... ンロードすることができます。PDBフォーマットには対応してい ... |
| PDBキーワード検索 - REST ... > PDBj Mine > RESTインタフェース > PDBキーワード検索 PDBエントリーをキーワードで検 ... 行います。PDBj Mineの簡易検索のPDBエントリー検索結果に相当。 |
| PDBエントリー4uv7の鎖ID（auth_asym_id、lable_asym_id）、エンティティID、エンティティ名、鎖の種別（高分子かどうか）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー4uv7の鎖ID（auth_asym_id、lable_ ... array_to_string(array_cat(array_agg(DISTINCT e2.pdb_strand_id),array_agg(DISTINCT e3.pdb_strand_id)),',')) auth_asym_ids, trim(both ',' from array ... |
| 大きな構造を含むPDBエントリーの登録・公開が新しくなります PDBの登録数はますます増加し、 ... 含まれています。 こういったPDB登録の難題に対応するため ... に、 wwPDBパートナー(wwPDB: http://wwpdb.org/)は、 PDBエントリーの登録と編集を行 ... |
| [wwPDB] OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。 PDBアーカイブ中のモデル構造フ ... ました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変 ... 更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには ... |
| PDBエントリーの公開時期について -FAQ Q) あるPDBエントリー(HPUB)の論文は出版さ ... 公開されるのでしょうか？ A) 「PDB登録・編集に関するお問い合 ... ご連絡頂けると助かります。 |
| [wwPDB] PDBエントリー中の蛋白質修飾の取り扱いが標準化されました PDBアーカイブでは、蛋白質の化学 ... 加されるだけでなく、既存のPDBエントリー内で不統一に扱わ ... いる蛋白質修飾が修正され、 PDBアーカイブ内で特定の修飾が ... されます。 この標準化により、PDBアーカイブ内で起こる蛋白質 ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、配列（chem_comp_id 表記をハイフンでつないだ値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7 ... 番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者 ... ,'-') from '^[0-9A-Za-z]+') label_asym_id, substring(string_agg(e2.pdb_strand_id,'-') from '^[0-9A-Za-z]+') auth_asym_id, string_agg ... |
| PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る ... , s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_uniprot AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND ... ンマ区切りで記した値 sifts.pdb_chain_uniprot.chain Chain ID（＝atom_site. ... auth_asym_id） sifts.pdb_chain_uniprot.sp_primary UniProt ID タグ - ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、残基名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7 ... 番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者 ... ='7')) SELECT e2.pdbid, chain.entity_id, chain.label_asym_id, e2.pdb_strand_id AS auth_asym_id, e2.mon_id AS residue_name ... |
| PDBデータのCD/DVD提供について - FAQ Q) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入 ... ちらをご利用下さい。詳細は、PDB Archive/Snapshot Archiveページ をご覧下さい。 な ... お米国のRCSB-PDBではDVDでの配布を行ってい ... @rcsb.rutgers.edu までご連絡下さい。RCSB-PDBのニュースレターにもDVDの配布 ... |
| PDBフォーマットの説明書 -FAQ ... トの説明書はありますか？ A) PDBでは、wwPDBという国際組織を作 ... ページ 内にあります 最新版(*)のPDB File Format（PDF, HTML）をご覧ください。 日 ... 本語によるPDBフォーマットの簡易版説明は ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブのスナップショットは、HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロード頂けます ... でダウンロードできます。 RCSB PDBでは、RSYNCの代わりにAWS SYNCがサ ... しています。 HTTPS プロトコル - RCSB PDB (米国/AWS): https://s3snapshots.rcsb.org - PDBj (日本): https:// ... snapshots.pdbj.org AWS SYNC - RCSB PDB (米国/AWS): s3://pdbsnapshots/ (手順) RSYNC プロトコ ... |
| [wwPDB] PDBが50周年を迎えました PDBは1971年10月20日に学術誌 ... Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0）。 現在、PDBアーカイブには、18万件以上の ... のに役立っています。 また、PDBは世界的な組織であるWorldwide ... PDB (wwPDB)によって運営されており、 ... 世界中の人がPDBを自由に利用できるように ... 。 wwPDB財団へのご寄付により、PDBの50年にわたる開放性、協調 ... |
| [wwPDB] pdb-l 掲示板が新しくなりました pdb-l@lists.wwpdb.org は、 蛋白質の構造、解 ... るトピックに関する質問やPDBユーザーコミュニティとの議論 ... スカッションフォーラムです。 pdb-l@lists.wwpdb.org に送信されたメッ ... の掲示板は、以前のフォーラム（pdb-l@sdsc.edu）に代わるものです。 前 ... ありません。 新規ユーザーの方は、pdb-l@lists.wwpdb.org 情報ページにアクセ ... は、info@wwpdb.orgまでお願いします。 PDB構造に関する質問は、deposit-help@mail ... |
| [wwPDB] pdb_extractの新しい機能を使って、登録データを準備してください pdb_extractは、構造決定プログラムの ... た座標ファイル（PDBx/mmCIFまたはPDB）は、PDBx/mmCIF辞書と照合されます ... 。 レガシーPDBフォーマットのファイルは、OneDep ... す。 この完成したファイルをpdb_extractでアップロードして、単一ま ... ァイルをアップロードすると、pdb_extract が関連する回折メタデータ ... |
| PDBデータ公開のタイミング、wwPDB各拠点での公開データについて - FAQ ... はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょ ... 。 wwPDBの各拠点で公開しているPDBデータは全く同じです。 トップ ... 上に表示されている現在のPDBエントリー総数からリンクさ ... れているPDB/EMDB最新情報ページで、新しく公 ... |
| [wwPDB] PDBは49周年を迎えます PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank ... おいて発表されました。 今日、PDBアーカイブには、約17万件の蛋 ... 質構造データバンク（wwPDB, Worldwide PDB）組織が、PDBを世界中の人に自由に公 ... 定期的に更新する予定です。 PDB 50周年を迎えるにあたり ... 、PDBの公共性、協調、教育の精神を ... |
| PDBデータ・画像等の引用についての問合わせ先 - FAQ ... 用したいのですが、PDBjでなくPDBに問い合わせる必要があり ... ますか？ A) 2003年よりPDBjは、 RCSB PDB 、 PDBe との３極で wwPDB として ... PDBのデータベースを運営しており ... 月の分子）の図の著作権はRCSB PDBに帰属しますので、 RCSBおよび ... |
| 2021年11月24日（水）オンラインにて「PDBアジア地区50周年記念シンポジウム」を開催します ... 年を記念し、下記内容で「PDBアジア地区50周年記念シン ... ーカイブProtein Data Bank（PDB）を設立しました。 PDBデータ全体の約4分の ... です。 2000年、Protein Data Bank Japan（PDBj）は、PDBのアジア地区のハブとして ... 2003年に米国RCSB PDBと欧州PDBeとともにworldwide PDB（wwPDB）を設立して国 ... きました。 2021年、私たちはPDB設立50周年を祝い、特に今回 ... れません。 問い合わせ先 PDBアジア地区50周年記念シン ... |
| [wwPDB] PDB-Devのウェブサイトを更新しました ... ました 新しく改善されたPDB-Devウェブサイトをご利用 ... 頂けるようになりました。 PDB-Devは、wwPDBが統合構造のアーカ ... 基づいて構築されました。 PDB-Devには現在、37件の生体高 ... 造があります。 更新されたPDB-Devウェブインターフェイス ... 新機能が含まれています。 - PDB-Devにアーカイブされた構造の ... 要な詳細、ダウンロードリンク。 PDB-Devチームは、ユーザからのフィー ... やご提案がございましたら、pdb-dev@mail.wwpdb.orgまで、英語にてお ... |
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