Site クエリの検索結果 - 日本蛋白質構造データバンク

登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries（関連エントリー）”に対応するDOIを記載することが推奨されます。以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ...

1-10) 構造予測コンテストの登録であることを指定する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

「Release Status（公開条件）」ページで、「Y（はい）」を選択して、登録構造が予測ターゲットであることを指定してください。既存構造に対する配列の一致度合いが50%以下であるか、さもなければ、予測対象として興味深いと考える場合は、CASPなど適切な開発方法を選択してください。 [質問一覧に戻る]

1-9) 登録セッションが保管される期間を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

最後にログインしたときから、90日間保管されます。 [質問一覧に戻る]

1-7) パスワードを初期化、又は変更できますか？ - wwPDB D&A FAQ -

現在は、登録セッションのパスワードは、初期化も変更もできません。将来は、できるようになる予定です。 [質問一覧に戻る]

1-8) 構造の著者や引用文献の著者に、著者を追加する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

著者名の隣の”+”ボタンをクリックしてください。新しい著者名を入力するための空欄が追加されます。著者一覧の順序を並べ替えたい場合、上/下向きの矢印アイコンををドラッグしてください。ゴミ箱アイコンを選択すると、著者一覧から名前を削除できます。 [質問一覧に戻る]

1-4) 以前に登録したエントリーに基づいて、新しいエントリーを登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

最初に座標と実験データファイルをアップロードする前に、File Upload（ファイルのアップロード）ページで、以前に登録したエントリーのDeposition ID (D_xxxxxxxxxx)とパスワードを入力してください。その後、登録済みのエントリーからコピーするデータカテゴリーを選択してください。先にファイルをアップロードして”populate”ボタンを押してしまうと、以前の登録からデータを選択することはできませんので、注意してください。この後、新しい登録セッションを開始し、以前の登録から情報を ...

1-5) パスワードを忘れてしまいました。どうすればよいですか？ - wwPDB D&A FAQ -

忘れてしまったパスワードを取得するために、登録ページの左側パネル（”Existing Deposition（既存の登録）”）にある”Forgot Password（ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを忘れました）”ボタンをクリックしてください。小さいウインドウが現れ、Deposition IDと電子メールアドレスの入力を求められます。これらを入力後、Submitボタンを押すと、指定された電子メールアドレスにパスワードが届きます。未公開情報の安全性と機密性を維持するために、登録時に連絡先情報に追加された電子メールアドレスに ...

1-4) 多数の異常値が表に表示され、検証レポートが非常に長くなっています。 - validation FAQ -

ご覧になっている検証レポートは、全ての外れ値を表示している「完全版」のレポートのようです。「要約版」のレポートには、各カテゴリごとに、最も悪い外れ値5つのみが表示されていますので、こちらをご覧ください。最新情報は、wwPDBサイト原文（英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

1-3) 検証レポートには、異常値が5個までしか表示されていません。6個以上見たいときはどうすれば良いですか？ - validation FAQ -

PDFフォーマットで提供する要約版の検証レポートに加えて、wwPDBは、各々のエントリーに対して、完全版のレポート（PDF, XMLフォーマット）を提供しています。完全版のレポートには、あらゆる統計、外れ値の完全なリスト等、膨大な情報が含まれています。最新情報は、wwPDBサイト原文（英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

登録に必要な情報は旧システムと変更ありません。登録予定の構造について、配列データベース（例えばUniProtKBやBLAST）から蛋白質や核酸の情報をまた、リガンド（Ligand Expoを使って）の情報を集めてください。新しいリガンドを登録する場合は、登録中に指示が与えられます。データ処理やスケーリング、分子置換（MR）、精密化などのプログラムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファイルをパースし、試料中に存在する残基の配列情報を集めてください。 [質問一覧に戻 ...

PDBの生物学的構造単位について

... ド MTRIX1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 1 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0 ... .00000 1 MTRIX1 2 0. ...

PDBレコードの説明（簡易版）

... : M; M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 1.5545; 1.0720, 1.0723, REMARK 200 1.0543 REMARK 200 MONOCHROMATOR : SI (111); SI (111) REMARK ... 方向（0: 最初のストランド、1: 平行、-1: 反平行） 42 - 45 Registration ... 号 27 残基の挿入コード 29 - 35 U(1,1) 36 - 42 U(2,2) 43 - 49 U(3,3) ...

PDBjの引用・利用規約

... Henrick, K., Nakamura, H., Berman, H.M. Mol. Biotechnol. 42 1 1-13 2009 19082769 10.1007/s12033-008-9127-7 486. Data Deposition ... 555. 2008 556. 18592193 557. 10.1007/978-1-59745-398-1_25 558. Improved accuracy of multiple ncRNA alignment by incorporating ...

過去の講習会・イベント

... （中ホールB） - 講演：（要旨：PDF） 1. "Modifications to the Protein Data Bank: A new ... -8] (pdf 10.6MB) [9-12] [13-16] [17-20] - [1-4] (pdf 10.9MB) - [5-8] (pdf 10.6MB) - [9- ... Pipeline for Orphan Sequences」 Daron M. Standley (pdf 1.4M) PDBj講習会－in 東京－（2009年8 ...

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