| ニュース (2016年10月15日) ... に従うようになります。 2016年1月からは、OneDepシステム (http://wwpdb.org ... |
| [wwPDB] EMDBのポリシーと処理手順に関する文書を公開しました ... 実に増大し続け、現在はほぼ１万件のマップが公開されて ... |
| 10月28日（月）に、京都国際会館にて開催される第51回日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを実施いたします。 ... －13：20 - 会場（部屋名）： C 会場（Room C-1） - 席数： 100席 - 演者・演題： Activities of PDBj and ... |
| 次世代ツールの稼働開始と10万件への道のり ... 要望に対応できるでしょう。 1月末に新システムの使用を ... |
| 7-6) Cootでは電子密度マップ係数をどのように使用すればよいでしょうか？ - validation FAQ - ... 段階のプロセスで行います。 1. cifファイルをMTZファイルへ ... |
| アミノ酸命名法を標準化します ... 命名を使うよう移行中です。 １月以降は、これらを含む新規 ... |
| 雑誌の発行年が1991年、巻番号が266、実験手法が「X-RAY DIFFRACTION」（X線回折）であるエントリーのPDBIDを得る ... brief_summary b WHERE '{1991}' && citation_year AND '{"266"}' && citation_volume AND '{1}' && exptl_method_ids タグ - brief_summary - 著者・登録者 ... |
| PDB ID ... られます。最初の文字は必ず1から9までの数字で、残りの ... |
| NMRと電子顕微鏡法による構造に対して、新しい検証レポートが公開されました。 ... るために作られました。 2016年1月から、 NMRと電子顕微鏡法に ... |
| BMRB登録・編集に関するお問い合わせ ... するお問い合わせは、回答に1週間から10日程度の時間を ... |
| 実験手法 ... する数値で指定して下さい。 1. X線回折（X-RAY DIFFRACTION） 2. 中性子回 ... |
| ニュース（2016年5月10日） ... ー「jV」を更新しました（4.5→4.5.1）。 修正点は、静止画像保存先に ... |
| 6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結 ... |
| ニュース (2016年12月14日) ... 従うようになりました。 2016年1月以来、OneDepシステムは、電子顕 ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブの検証レポートが更新されました。 ... ています。 また、CCP4/Refmac (7.0 v44)、Phenix (1.13)、Mogul (2018)など、更新されたソフ ... |
| wwPDBのOneDepシステムに関する論文が公開されました。 ... もに、原子座標の登録過程の１つの窓口を提供するという ... |
| 7-1) 全ての必須項目が入力済みであるかどうか、どのようにしてわかりますか？- wwPDB D&A FAQ - 登録画面の左上の隅にある進捗バーに、必須項目の入力状況が表示されます。 未入力の必須項目を確認したいときはいつでも、進捗バーをクリックしてください。 全ての必須項目が入力済みになると、進捗バーが登録ボタンに変わります。 データ入力が完了し、登録ボタンをクリックすると、PDB又はEMDB又はBMRBのアクセションコードが発行され、 データはwwPDBのアノテーション処理用に送信されます。 [質問一覧に戻る] |
| Chain IDの付け方の規則について -FAQ ... 来は、PDBフォーマットの制限内（１文字）でChain IDを記述する必要 ... |
| 6-1) 非標準残基や修飾残基を含むアミノ酸配列を登録する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 登録者は、完全なアミノ酸配列についての情報を提供する必要があります。 最終段階の座標ファイルには含まれなかった発現タグや、他の観測されない領域も、配列に含めてください。 標準アミノ酸を含むポリペプチド鎖に対しては、ポリマー鎖に含まれる全ての標準アミノ酸を一文字表記で表したアミノ酸配列を登録してください（例：GLU -> E） 同様に、核酸配列に対しても、ポリマー鎖に含まれる標準ヌクレオチドは一文字表記で表してください（例：Uracil -> U）。 標準アミノ酸と核酸の一文字表記の一覧を参考にし ... |
| 8-1) 座標や実験データを差し替える方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - アップロードしたファイルは、登録前（４文字のPDB IDが発行される前）でも登録後（PDB IDが発行され、PDBアノテーションスタッフが登録構造を処理中又は処理した後）でも、差替えることができます。 登録前の差し替え: 座標ファイルの差し替えは、"Replacement upload（差し替えアップロード）"ページを利用して、登録前のいつでも行うことができます。 新しい座標ファイルをアップロードし、データの種別を選択してください。 ファイル一覧で、新しい座標ファイルを選択して、以前にアップロー ... |
| ニュース（2015年10月15日） ... ンセミナーを開催いたします。 (1) Gert-Jan BEKKER（大阪大学蛋白質研究 ... |
| 理論モデル（Theoretical Models） 理論モデル（Theoretical Models） 2002年7月1日から、PDBは、理論モデルによ ... |
| 特定種のポリマーを含むエントリーを検索 - FAQ ... を含むエントリーを検索する 1. 詳細条件検索にアクセス 2 ... |
| 11月9日（土）・10日（日）に、東京お台場にて開催される サイエンスアゴラ に出展します。 ... :00‐17:00 - 会場： 日本科学未来館1階A会場 ブースNo. Aa-041 〒135-0064 東 ... |
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件を2025-11-12に公開中
