| [wwPDB] PDBアーカイブにおけるFTPファイル転送プロトコルの廃止について ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したこと ... |
| 9/10（火）、第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)にてランチョンセミナーを開催します ... 端 猛（大阪大学蛋白質研究所） - 「PDB検証レポートを利用したPDBj検 ... |
| Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか？ ... 似た配列を持つ構造）が既にPDBに登録されている必要があ ... |
| [wwPDB] 公開前のデータ差し替えに関するOneDepの改善、プライバシー・ポリシーの更新 ... ョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し ... |
| eF-seek ... 検索する ウェブサービスです。 PDBフォーマットファイルの原子 ... |
| Spanner ... 完成すると、ログファイルとPDB形式の結果ファイルが電子 ... |
| [wwPDB] OneDepから登録する際に、コンタクトオーサー（連絡先）情報で、ORCIDの入力が必須になります ... です。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく ... |
| wwPDBの登録システムで、未公開エントリーの登録者とタイトル情報を非公開にするオプションを選択できるようになります。 ... なります。 2016年5月8日から、PDBデータの登録時に、登録者とタ ... |
| 生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）にて、PDBjランチョンセミナーを開催します ... 研究所） “Introduction to PDBj services for searching and exploring the PDB” BEKKER, Gert-Jan （大阪大学蛋白質研究 ... |
| ニュース (2016年1月19日) ... 学蛋白質研究所） 3. 09:05～10:00 PDBデータの検索・見方 講師：工藤 高 ... |
| wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。 ... とを推奨していますが、特に、 PDBへ構造を登録するための準 ... |
| IP/ホスト名によるアクセス -FAQ ... ください。 （ホスト名） PDBj FTPサーバ（PDB Archive含む）： ftp.pdbj.org [質問一覧に戻 ... |
| 4-2) 検証レポートがないエントリーがあるのは、なぜですか？ - validation FAQ - ... ては調査中です。 |
| 2-1) 登録構造の座標や実験データが一般公開される前に、どんな情報が公開されますか？ - validation FAQ - ... として扱われます）と同様に、 PDBエントリーの公開以前は、一般 ... |
| 4-3) ファイルをアップロードしようとしていますが問題があり、先に進めません。PDBスタッフに連絡する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースの中で、コミュニケーションページから、wwPDBアノテータの支援を求めてください。 できるだけ詳細に状況を説明してください。アノテータがセッションの状況を調べ、コミュニケーションページからアドバイスします。 アノテータからのコミュニケーションを受け取ると、その登録セッションに関して、連絡先が登録された著者全員に通知メールが届くことに注意してください。 [質問一覧に戻る] |
| 11/19（火）、日本結晶学会 令和元年（2019年）度年会にて、ランチョンセミナーを開催します ... 究所） "PDBx/mmCIFフォーマットによるPDB登録とデータ検証ポリシーにつ ... |
| CIF treeツール ... ーマットのファイルを、PDBjのMine PDBエクスプローラーサービス上でPDBx ... |
| entity.typeでは各エンティティー（分子種）ごとにpolymer/non-polymerなどの分子タイプが規程されていますが、その判断基準はどのようになっているでしょうか？ - FAQ ... を行っています。ただし、古いPDBエントリーの中にはこの基準 ... |
| 2-4) PDBに構造を登録しましたが、検証レポートを受け取っていません。なぜでしょうか？ - validation FAQ - 新しい形式の検証レポートは、X線結晶構造やNMR、EMによって決定された構造の、新しい登録に対して、提供されています。 そのための基礎的計算が正常終了する必要があります。 例えば、中性子線回折による構造には、現在、検証レポートは提供されていませんし、 しばしば、ソフトウェアの問題のために、ある構造の検証レポートが作成されません。 （ソフトウェアの開発者と協力して、そのような問題をできるだけ早く、修正しようと努力しています） 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問 ... |
| [wwPDB] 公募: 中国蛋白質構造データバンク（PDBc）の代表 ... ク（wwPDB）の中心メンバー（米国のRCSB PDB、BMRB、欧州のPDBe、日本のPDBj）と協力 ... |
| PDBjのMine2 関係データベース（RDB）に、 PDBeとUniProtが開発した SIFTS データが統合されました。 ... より、ユーザは、SQL検索を使って、PDBアーカイブ中のタンパク質配 ... |
| 4-2) ファイルのアップロードが失敗する理由を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ... 因です。 よくある原因として、PDBフォーマットファイルでTERレ ... |
| 1/10（金）、韓国生体分子科学連合学会にて、ランチョンセミナーを開催します ... PDBx/ｍｍCIF format files for crystallographic depositions to the Protein Data Bank (PDB) 伊藤暢聡（東京医科歯科大学） |
| エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、lebel_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る ... ~* '.*phospholipase C.*') SELECT t1.pdbid, t1.entity_id, array_agg(DISTINCT e2.pdb_strand_id) auth_asym_ids, array_agg(DISTINCT e2.asym_id) label ... |
| [wwPDB] 3月15日までにPDB50のアブストラクトを投稿してください wwPDBは2021年を通してPDBアーカイブの50周年の記念行 ... |
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件を2025-07-02に公開中
