大阪大学蛋白質研究所では、2000年からPDBjの活動を開始し、欧米と協調して国際的蛋白質構造データバンクを推進し、基礎から応用まで幅広い研究分野に対して蛋白質構造データを国内から発信・供与してまいりました。その業績「国際的蛋白質構造データバンク構築への貢献と統合利用の振興」に対し、2020年4月7日付にて、PDBjの前統括責任者の中村 春木（国立大学法人大阪大学名誉教授）と現統括責任者の栗栖 源嗣（国立大学法人大阪大学蛋白質研究所教授）が、令和2年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞（振興部門）を受 ...

2020年4月15日から、電子顕微鏡データバンク（EMDB）は、一次マップと関連ファイルの公開の前にエントリーのメタデータ （いわゆるXMLヘッダファイル）を公開する手続きを終了します。 EMDBマップの新しい登録に対しては、マップが公開されるまで、メタデータはEMDBのFTPアーカイブに公開されません。 すでにメタデータが公開済みの未公開エントリーについては、マップが公開されるまで、状態に変更はありません。 EMDBは、登録者に、できるだけマップを早く公開するよう求めます。 EMDBヘッダファ ...

NHK

PDBjでは，猛威をふるう新型コロナウイルス感染症（COVID-19）に直接関連する構造情報をまとめて公開しました。 新型コロナウイルス（SevereAcute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）がもつ蛋白質の情報を、 何処よりも早く正確に公開します。 【COVID-19特集ページ】 https://pdbj.org/featured/covid-19 【今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ】 https:// ...

2020年7月に、wwPDBは糖鎖分子の標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データファイルを更新し、PDBデータの発見可能性（Findability）と相互運用可能性（Interoperability）を改善します。 この改善作業に関する詳細情報とPDBx/mmCIF辞書の拡張情報、500件以上のサンプルファイルは、 wwPDBサイトからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり、または視覚化するソフトウェアパッケージの開発者は、変更情報を確認して、必要に応じてソフトウェア ...

2020年2月18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者（PI）は、同じPDBアクセッションコードを保持したままモデル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持できるようになります。 バージョニングプロジェクトの最終段階では、現在のwwPDB OneDepシステムが開始される前に登録された構造についても、バージョン管理機能を拡張しました。 OneDepで登録されたエントリーについては、登録者はまずOneDep登録サイトにログインし、コミュニケーションパネルから、変更したい旨を連絡 ...

PDBデータが、蛋白質構造に基づいた新薬発見の出発点となります。 新型コロナウイルス（2019-nCoVコロナウイルス）由来の3CL加水分解酵素(Mpro)の高分解能の結晶構造を、上海科技大学のRao Zihe氏とYang Haitao氏が率いる研究チームが決定しました。 このウイルスのメインプロテアーゼ構造（PDB 6lu7）が直ちに一般に公開されることで、新たに認識されたヒト病原体に関する研究が進むことが期待されます。 新型コロナウイルス（2019-nCoV）の最近の出現により、WHOは公衆 ...

本日、リニューアルしたEDMapサービスを開始しました。 新しいバージョンのEDMapは、新エントリーについては、最近、wwPDBから導入された電子密度マップ係数を表示します。 既存のエントリーに対しては、古いデータが使われますが、デフォルトのマップ表示領域が、10 Å から25 Å に大きくなるように改良されています。 新エントリーに対しては、wwPDBから提供されているマップ係数 (2fo-fc と fo-fc)の両方、またはどちらかを選べるようになっています。 一方、既存のエントリーに対しては、 ...

Q) entity.typeでは各エンティティー（分子種）ごとにpolymer/non-polymerなどの分子タイプが規程されていますが、その判断基準はどのようになっているでしょうか？ A) 現在、ペプチド鎖の場合は3残基以上、核酸の場合は2塩基以上の分子についてpolymerと規程し登録処理を行っています。ただし、古いPDBエントリーの中にはこの基準に適合しない記述がみられるものもあります。 また糖鎖については現状各糖単位を別々の分子としnon-polymerと規程していますが、近日次のように規 ...

2020年3月から、OneDepシステムは、NMR-STARまたはNEF形式の単一ファイルでNMRデータのアップロードの受付けを開始します。現在は、化学シフト、距離制限、およびピークリストのような各種NMR実験データが個別にアップロードされていますが、この状況が変わることになります。 NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: ...

2020年1月1日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20200101は、159 ...

学会名 韓国生体分子科学連合学会 プログラム・日程表 ここから 日程 2020年1月10日（金） 会場 韓国・光州市・光州科学技術院（GIST) 定員 200名 参加費 無料 参加登録 当日整理券を配布します <演者・演題> 講演1: OneDep: Unified System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures 中川敦史 (大阪大学 蛋白質研究所) 講演2: ...

EMDBデータに対する首尾一貫したルールを確認するため、EMDBチームは、アーカイブに対する包括的なポリシーと処理手順に関する文書を作成しました。 この文書は、EMDBウェブサイトから公開されています。 2002年の設立以来、電子顕微鏡データバンク(EMDB; https://emdb-empiar.org/)は、公開アーカイブとして、生体高分子、その複合体、 細胞構造の３次元低温（クライオ）電子顕微鏡（cryo-EM）マップと断層像を保管しています。 2002年に最初の８つのEMDBエントリーが公開 ...

蛋白研セミナー：ケンブリッジ構造データベース(CSD)利用セミナー 日時 2020年1月29日（水）13:00—17:15 場所 大阪大学 蛋白質研究所 本館１階講堂 ※本セミナーは、 2020年1月30日のPDBj・BINDSユニット連携講習会「創薬・生命科学における構造データの利用法」と 協同で蛋白研セミナーとして開催いたします。両日参加ではなく１日だけの参加でもかまいません。 <プログラム> 13:00－13:15 「趣旨説明 & Intro」栗栖 源嗣 (大阪大学 蛋白質研究 ...

蛋白研セミナー：PDBj・BINDSユニット連携講習会「創薬・生命科学における構造データの利用法」のご案内 開催趣旨 タンパク質や化合物の構造データには、創薬や生物学の基礎となる、化合物とタンパク質の相互作用の解析に有効な知見が含まれています。 今回は、BINDSの最適化ユニット(PDBj)、インシリコユニット、ケミカルシーズ・リード探索ユニットが連携して、 こうした構造データを活用した解析法・化合物スクリーニング法について計算機講習・講演を行います。 計算機演習としては、PDBに登録されている化合物- ...

このページでは、PDBjのデータアーカイブ内のファイルについて説明します。 ftpやrsyncによるダウンロード方法についてはダウンロードページをご覧下さい。 また、wwPDBコアアーカイブ（PDB/EMDB)@PDBjについても以下をご覧ください。 データアーカイブ内のファイルについて efsite/data-web/${entryId}.mpbf.gz pdb_versionedwwPDBメンバーサイト間で共通（バージョン化されたPDBデータ） data entries ${id23}/ ...

荘銀タクト鶴岡 にて開催される生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）にてPDBjランチョンセミナーを開催します。 日時 2018年9月20日（木）12:30-13:30 場所 荘銀タクト鶴岡 会議室 (B会場) [会場] 講演者 「PDBj とwwPDB の最近の活動について」栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） “Introduction to PDBj services for searching and exploring the PDB” BEKKER, Gert-Jan （大阪大学蛋白質 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 型宣言（CAST） 条件節（WHERE節）を記す際など、値の比較で両者の型が異なるとエラーになります。数字文字列を整数型を変換するには CAST(文字列 AS int) を用います。

CiCLE: 電子顕微鏡 試料評価講習会のご案内 開催趣旨：近年の低温電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 高解像度の解析には、試料の調整が非常に重要です。そこで、電顕の初心者の方を対象に、基本的な試料調整・評価の講習会を企画しました。 低温電子顕微鏡の準備段階に必要な、負染色法によるグリッドの作成と小型の透過型電子顕微鏡での試料評価の実習を行います。 日程 2020年1月6日（月）、7日（火）※どちらか１日を選択してくだ ...

PDBjでは、2019年12月3日（火）～6（金）に福岡国際会議場・マリンメッセ福岡で開催される第42回 日本分子生物学会年会に出展し活動の紹介を行います。 【ブース出展】 タイトル 特別企画「使ってみようバイオデータベース－広がるデータ、つながる世界」（BioDBコーナー） 日時 2019年12月3日（火）～5（木）09:30～17:002019年12月6日（金）09:30～12:45 場所 マリンメッセ福岡（〒812-0031 福岡県福岡市博多区沖浜町７−１） JR博多駅からバス約15分 出 ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 日本結晶学会 令和元年（2019年）度年会および会員総会 にて、PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 2019年11月19日（火）12:00-13:00 会場（部屋名) 金沢市文化ホール A会場：会議棟３階 大会議室 参加費 無料（別途年会参加費は必要） <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学 蛋白質研究所） "PDBx/mmCIFフォーマットによるPDB登録とデータ検証ポリシーについて" - Gert-Jan Bekker ...

（上の画像をクリックするとPDFが開きます） 2019年11月30日（土）、ららぽーとEXPOCITYにて開催される一般向けイベント「2019大阪大学共創DAY＠EXPOCITY」 https://www.ccb.osaka-u.ac.jp/event/516/ にPDBjもブースを出展します。 日時 2019年11月30日（土）11:00～17:00 場所 ららぽーとEXPOCITY（〒565-0826 大阪府吹田市千里万博公園２−１） 「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約２分 ...

OneDepシステムで提供されるwwPDBの検証レポートに、電子顕微鏡法（EM）のマップの検証機能が追加され、データに間違いがある場合に、利用者が問題を確認しやすくなりました。 新しいOneDepシステムの検証レポートには、これまでEMDBページで使用されてきた様々なEMデータ検証方法を統合し、広範囲なEMマップの検証処理を組み込みました。 このEMの検証レポートは、当初はOneDepシステムへの登録者へのみ提供しますが、将来はPDBとEMDBアーカイブ全体のエントリーに対して提供する予定です。 ...

第9回 トーゴーの日シンポジウム2019にてポスター発表とワークショップを行いました。 場所 日本科学未来館（東京都江東区、アクセス） 日時 2019年10月5日（土） 参加費 無料 ポスター 【32】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 タンパク質、核酸、糖鎖などの生体高分子の立体構造情報は Protein Data Bank（PDB）として集積され、2019 年 3 月には 15 万件を超える構造データを公開している。PDBj は、国際的組織である ...

wwPDBは、公開済みのPDBエントリーに紐づくデジタルオブジェクト識別子（DOIs, digital object identifiers）の仕組みを改良しました。 公開されたPDBエントリー各々に対して、wwPDBサイトの新しいランディングページを公開しました。 このページ上では、対応するPDBエントリーについての基本的な情報を表示し、座標や実験データ、検証レポートをwwPDBのFTPサイトからダウンロードするためのリンクを提供しています。 さらに重要なことに、PDB構造について更に発展した情報を参照で ...