PDBj Newsletter Vol.23を公開しました PDBjが行った最近の活動などを紹介したPDBj Newsletter Vol.23(日本語版・英語版)を公開しました。 |
[wwPDB] Olga Kennard博士を追悼して wwPDBは、大英帝国勲章受賞者で王立協会フェローであるOlga Kennard博士の 訃報に接し、追悼の意を表します。 結晶学データベースの開発における彼女の先駆的な研究は、現代の分子構造データアーカイブの基礎を築き、 その後のデータ駆動型研究に大きな進歩をもたらしました。 画像は英国結晶学会(British Crystallographic Association)より引用 Olga博士は、低分子のケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)を維持するために、 ケンブリッジ結晶構造 ... |
[wwPDB] CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されます wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD(化合物辞書、Chemical Component Dictionary)のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。 CCD IDの拡張 現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に3文字の利用可能な新しいコードがなく ... |
[wwPDB] PDB 次世代(NextGen)アーカイブのプロトタイプを公開しました PDBの次世代アーカイブリポジトリのプロトタイプを公開しました。 「NextGen」と呼ばれるこのアーカイブは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式の構造モデルファイルを提供し、 新しいサイトfiles-nextgen.wwpdb.org (PDBj:https://ftp-nextgen.pdbj.org)で公開しています。 このPDBアーカイブは、 PDBメインアーカイブ(files.wwpdb.org / https://ftp.pdbj.org) の構造モデルファイルの内容に加え、 外部のデータ ... |
[wwPDB] PDBエントリー数が20万件を突破しました PDBへ構造を登録された方へ:この画像をダウンロードして、登録した構造の数を記載し、写真にタグ付けしてください 今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は200,069件となりました。 2019年には15万件 (wwPDB News) を、 2014年には10万件 (wwPDB News) の節目を達成してきました。 1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、 大きな節目を迎えること ... |
[wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました A snapshot of the PDB Core Archive as of January 2, 2023 is available. 2023年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、https://s3.rcsb.org/又は PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、 スナップショットサイト (wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、https://s3snapshots.rcsb.org/(AWS ... |
[wwPDB] PDB が Global Core Biodata Resource に認定されました 蛋白質構造データバンク(PDB)はGlobal Biodata Coalition(GBC)が認定する Global Core Biodata Resource(GCBR)の一つに認定されました。 GBCRには、世界中のライフサイエンスおよび生物医学研究にとって長期的に持続性が重要と考えられる 37のリソースが含まれます。 PDBは、Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)パートナーシップによって共同運営されている3つのコアアーカイブのうちの1つです。 wwPDBのメンバ ... |
日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します 2022年11月26日(土)、令和4年(2022年)度 日本結晶学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年11月26日(土) 12:30 ~ 13:00 会場 関西学院大学 西宮上ケ原キャンパス B 号館 講演会場D 定員 85名 参加費 無料(別途学会参加費は必要) 参加方法 当日朝、受付にて整理券を配布 講演言語 日本語 開催方式 対面 演題・演者 - 「PDBjとwwPDBの最近の活動状況について」 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) プログラム・ ... |
[wwPDB] PDBアーカイブにおけるFTPファイル転送プロトコルの廃止について ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ(HTTPS)、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2~3年の間に、主要なウェブブラウザ(ChromeとFirefox)がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したこと ... |
2022年アジア結晶学会にてランチョンセミナーを開催します 2022年10月31日(月)、2022年アジア結晶学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年10月31日(月) 12:00 ~ 13:00 会場 韓国、済州島、ラマダプラザチェジュ ホテル 定員 100名 参加費 無料(別途学会参加費は必要) 講演言語 英語 演題・演者 - 「Recent Activities of PDBj and wwPDB」 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) - 「OneDep: Unified System for ... |
[wwPDB] wwPDBの定款: 正規メンバーと準メンバー 2003年に設立されたWorldwide Protein Data Bank (wwPDB)は、構造生物学データのアーカイブ、管理、一般公開を目的とし、 パブリックドメイン情報の責任ある管理の象徴であるFAIR原則(見つけやすさ、アクセス性、相互運用性、再利用性)を掲げています。 wwPDBの運営は、直近2021年に更新されたwwPDB定款(PDF) により規定されています。更新された規約では、2種類のwwPDBメンバー(正規メンバーおよび準メンバー)が規定されています。 現在のwwPDB正規メ ... |
PDBjのロゴデータはどこにありますか - FAQ Q) PDBjのロゴデータはどこにありますか? A) こちらにあります。 PDBjに関することであれば自由にご利用いただけます。利用について詳しくは利用規約をご覧の上、不明点などあれば問い合わせフォームよりお問い合わせください。 [質問一覧に戻る] |
[wwPDB] 将来的には、CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供する予定です wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD(化合物辞書、Chemical Component Dictionary)のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。 CCD IDの拡張 現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に3文字の利用可能な新しいコードがなく ... |
[wwPDB] wwPDBからPDBアーカイブをダウンロードする際のドメイン名が変わります wwPDBでは、PDBアーカイブのデータをダウンロードするときにプロトコルとホスト名の対応をわかりやすくするため、新たなホスト名を導入しました。 - FTP: ftp://ftp.wwpdb.org - HTTPS: https://files.wwpdb.org (旧:https://ftp.wwpdb.org) - RSYNC: rsync://rsync.wwpdb.org (旧:rsync://ftp.wwpdb.org) 詳細は、wwPDBサイトのPDBアーカイブのダウンロードペ ... |
2022年日本バイオインフォマティクス学会年会、第11回生命医薬情報学連合大会にてランチョンセミナーを開催します 2022年9月13日(火)、2022年日本バイオインフォマティクス学会年会、第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年9月13日(火) 12:00 ~ 13:00 会場 千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市新千里東町1丁目4-2) 5階会議室501-503 定員 100名程度 参加費 無料(別途学会参加費は必要) 参加登録 当日朝、受付にて整理券を配布 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjの最近の活 ... |
[wwPDB] 論文「PDBx/mmCIF Ecosystem」 の掲載 PDBx/mmCIFエコシステムに関する論文が、Journal of Molecular Biologyの特集号「分子生物学のための計算資源2022」の 一部として掲載されています。 wwPDBとPDBx/mmCIFワーキンググループによる新しい論文では、 PDBアーカイブに不可欠な構造生物学データについて、コミュニティ主導のデータ表現を説明しています。 ファイル規格とガバナンスについて説明し、データ処理とチェックのためのソフトウェアツールについてまとめています。 PDBx/mmCIF ... |
[wwPDB] 生物学的単位のファイルをPDBx/mmCIFフォーマットで提供するようになりました 2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供し、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになりました。 これまでは、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供してきました。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用します。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また必 ... |
第22回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します 2022年6月9日(木)、第22回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2022年6月9日(木) 11:35 ~ 12:25 会場 茨城県つくば市・つくば国際会議場 (対面開催予定)・B会場(1F/101・102) 定員 100名程度 参加費 無料(別途学会参加費は必要) 参加登録 整理券の配布などはありません (直接会場にお越しください) 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjの最近の活動とwwPDBの今後の活動方針について」 栗栖 源嗣( ... |
PDB50記念のバーチャル号がThe Journal of Biochemistry (JB)誌で公開されました PDB50記念のバーチャル号「Protein Data Bank 50th Anniversary Virtual Issue: Featured structural articles from The Journal of Biochemistry」がThe Journal of Biochemistry (JB)誌で公開されました。 このオンラインバーチャル号では、PDB50周年を記念して、1971年以降JB誌に掲載された論文のうち、引用数が多い上位10件、分解能の高い上位5件を取り上げ、JB ... |
[wwPDB] 計算構造モデルに対する拡張 ModelCIF 計算構造モデルに対してPDBx/mmCIFを拡張した ModelCIFがご利用頂けるようになりました。 PDBx/mmCIFは、国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)が共同で管理する 蛋白質構造データバンク(PDB)コアアーカイブを支えるデータ標準です。 ModelCIFをサポートするためにpython-modelcif というソフトウェアライブラリが開発され、ModelCIFに準拠したmmCIFファイルの読み書きができるようになりました。 ModelCIFは、計算機で得られた高分子の構造モデルを表 ... |
[wwPDB] CASP15のターゲットを募集します CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、来るべきCASP15モデリング実験(2022年5月開始)のターゲットを探しています。CASPコミュニティ実験は、 蛋白質構造モデリングの技術水準を向上させることを目的としています。 1994年以来2年毎に、CASPは、公開間近の実験的構造に関する情報を収集し、配列データを構造モデルコミュニティに伝え、 構造に関するブラインド予測を収集して評価しています。 通常、世界中から約100のモデリ ... |
[wwPDB] 特定のEMエントリー登録時にハーフマップが必須になりました 以前お知らせした通り、2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク(EMDB)に登録することが必須になりました。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ(準備中の論文)からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装され ... |
PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました。 - Genji Kurisu, "Fifty years of Protein Data Bank in the Journal of Biochemistry", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022, Pages 3–11, DOI:10.1093/jb/mvab133 - Tomitake Tsukihara, ... |
[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットで生物学的単位のファイルを提供します 2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供する予定で、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになります。 現在、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供しています。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用しています。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また ... |
[wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました A snapshot of the PDB Core Archive (ftp://ftp.wwpdb.org) as of January 3rd, 2022 has been added to ftp://snapshots.wwpdb.org and ftp://snapshots.pdbj.org. 2022年1月3日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト ... |