登録インターフェースでは、化合物辞書(CCD: Chemical Component Dictionary)を使って一致する化合物がないか検索できます。 アップロードしたファイル中に検出された化合物（リガンド）について、概要が表示されます。 登録者は、この情報を確認して何か欠けたデータがないか注意する必要があります。 もしCCDで一致するものがなければ、登録者は登録ツールを使って２次元構造図をアップロードするか、またはSMILESやInCHIを入力するかして、完全な化合物情報を提供する必要があります。 ...

まず、"Upload Summary（アップロードサマリー）"ページを表示し、エラーメッセージを確認してください。 エラーメッセージ #1: "File is not readable（ファイルが読めません）" このエラーメッセージは、"Upload Summary"ページ内の"Upload file summary（アップロードファイルの概要）"の"File header check"列で見られます。（各ページは登録ツールの左メニューを使用して選択することができます）。 もしもエラ ...

ファイルのアップロード中に生じた問題は、２つの場所で確認できます。 (1) ファイルアップロードページの”Populate”又は”Repopulate”ボタンを押した後現れる診断画面（赤いギアの絵に続く） (2) 登録インターフェースのUpload Summary（アップロード概要）ページ [質問一覧に戻る]

新しい登録システムでは、PDBフォーマットでアップロードされたファイルは、自動的にPDBx/mmCIFフォーマットに変換されます。 アップロードしたPDBフォーマットファイルと変換後のPDBx/mmCIFフォーマットファイルは、左側パネルの最下部にあるリンク"Download files"からダウンロードできます。 あるいは、登録前にPDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットに変換したい場合は、pdb_extractを使用して変換し登録用のファイルを準備することもできます。 [質問一覧に ...

登録開始時に、構造の決定に用いた実験手法についての情報を求められます。 複数の実験手法を選択することもできます。 例えば、X線/中性子線ハイブリッド法を使用した場合、X線回折と中性子線回折の両方を選択してください。 登録が終了すると、関連するアクセッションコードが割り当てられます （例えば、X線回折と溶液NMR法で解析された構造には、PDBアクセッションコードとBMRBアクセッションコードの両方が割り当てられます）。 登録セッションが進むと、登録者は、各々の実験手法に対するデータ収集や精密化とい ...

著者名の隣の”+”ボタンをクリックしてください。新しい著者名を入力するための空欄が追加されます。 著者一覧の順序を並べ替えたい場合、上/下向きの矢印アイコンををドラッグしてください。 ゴミ箱アイコンを選択すると、著者一覧から名前を削除できます。 [質問一覧に戻る]

現在は、登録セッションのパスワードは、初期化も変更もできません。将来は、できるようになる予定です。 [質問一覧に戻る]

忘れてしまったパスワードを取得するために、登録ページの左側パネル（”Existing Deposition（既存の登録）”）にある”Forgot Password（ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを忘れました）”ボタンをクリックしてください。 小さいウインドウが現れ、Deposition IDと電子メールアドレスの入力を求められます。 これらを入力後、Submitボタンを押すと、指定された電子メールアドレスにパスワードが届きます。 未公開情報の安全性と機密性を維持するために、登録時に連絡先情報に追加された電子メールアドレスに ...

最初に座標と実験データファイルをアップロードする前に、File Upload（ファイルのアップロード）ページで、以前に登録したエントリーのDeposition ID (D_xxxxxxxxxx)とパスワードを入力してください。 その後、登録済みのエントリーからコピーするデータカテゴリーを選択してください。 先にファイルをアップロードして”populate”ボタンを押してしまうと、以前の登録からデータを選択することはできませんので、注意してください。 この後、新しい登録セッションを開始し、以前の登録から情報を ...

まず１つの構造を登録してください。その後、関連構造を登録する際、登録ページで"Related depositions(関連する登録)"に、 最初に登録した構造のPDB IDを入力してください。 新しいシステムでは、登録者の連絡先情報、公開条件、データ収集情報、蛋白質名、由来する生物種、配列情報などの情報を新しい登録セッションに自動的にコピーする選択肢があります。 [質問一覧に戻る]

登録に必要な情報は旧システムと変更ありません。 登録予定の構造について、配列データベース（例えばUniProtKBやBLAST）から蛋白質や核酸の情報を また、リガンド（Ligand Expoを使って）の情報を集めてください。 新しいリガンドを登録する場合は、登録中に指示が与えられます。 データ処理やスケーリング、分子置換（MR）、精密化などのプログラムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファイルをパースし、 試料中に存在する残基の配列情報を集めてください。 [質問一覧に戻 ...

分子閲覧ソフトjVの新たなバージョン（4.4.4）を公開しました。 http://pdbj.org/jv/ 修正内容はWindows環境におけるポリゴンファイル表示のバグ修正です。

いくつかの理由が考えられます。 1. 電子メール又はdeposition IDに入力ミスがあった 2. パスワード取得のために入力された電子メールアドレスが、登録セッションと関連がない 3. 電子メールがスパムフォルダに振り分けられた。登録関連の電子メールは、noreply@mail.wwpdb.orgから届きますので、このアドレスからのメールがスパムフォルダに振り分けられないよう、メール設定の調整が必要かもしれません。また、メールサーバで、スパムとして振り分けられている可能性もあります。 メールソフト ...

PDBjランチョンセミナー この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください） 日時 平成27年9月13日（日）11：50－12：40 会場（部屋名) 金沢大学 角間キャンパス 自然科学本館、 Room I（Lecture Room B） 席数 100席 <演者・演題> - 演者1：岩崎 憲治（大阪大学 蛋白質研究所） "Rapid advancement of high-resolution cryo-EM intrudes a database of atomic ...

2015年9月3日（木）、弘前大学にて開催された統合データベース講習会・AJACS津軽にて、立体構造データベースの講義（初心者向け）を行いました。（詳細）

10月3日（土）、大阪大学会館（豊中）にてwwPDB主催国際シンポジウムを開催いたします。（詳細...）

このページでは、PDBjサービスの基本的な使用手順について説明します。 [簡易検索（Quick Search）] 検索したい分子について、以下の内容が分かっている場合、 PDBjトップページ から直接検索を行うことができます。 - 分子のPDB ID（一部でも可） - キーワード - 残基配列 - 著者名 手順の詳細については PDBj Mine をご覧下さい。 [詳細検索（Advanced Search）] 簡易検索では指定できない複雑な条件を使って検索したい場合、詳細検索をお使い下さい。 ...

PDBアーカイブデータの２段階公開処理へ、結晶化pHの値が追加されます すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を予測したりで ...

PDBとCSDの登録データ対応情報の提供を始めました 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）とケンブリッジ結晶学データセンター（CCDC http://www.ccdc.cam.ac.uk）より、 PDBに登録されている生体高分子と、PDBのリガンド分子でCSDの低分子X線結晶構造と完全に一致するものとの対応情報を含む新たなデータの提供開始をお知らせします。 PDBに登録されている各分子の化学構造は全て PDB化合物辞書（PDB Chemical Component Dictionary） に ...

初めての All-in-one 合同講習会」が開催されました。" /> 2015年7月18日(土)、大阪大学中之島センターにて、DBCLS/NBDC/PDBj/DDBJ合同講習会が開催されました。(詳細内容)

検索 PDBjのChemieサービスを使うと、PDBエントリー中に見られる蛋白質や核酸以外の化合物に対して、更に詳しく調べることができます。 化合物は、PDBjのChemie search（化合物の検索）を使って検索することができます。 PDBj のChemie Search（化合物の検索）サービス 検索できる項目は次の通りです。 - 簡易検索 (全ての化合物項目とメタデータの検索) - コード (3文字表記の化合物ID) - 分子名 - 化学式 - SMILES 表現 - InChi 表現 注釈 ...

ハイブリッド法に関する論文が出版されました wwPDBは、ハイブリッド法の研究に寄与する様々な実験手法の専門家やハイブリッドモデリングの専門家、アーカイブの専門家から成る wwPDBハイブリッド法委員会（タスクフォース）を設立しました。 2014年10月に開催された第一回目の会議に関する報告書が出版されました。 Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop Structure 23: 1156 ...

2015年7月19日より、X線結晶構造の登録には、wwPDBの新登録ツールのみご利用頂けます。 ADITによる登録受付は完全に終了します。 2015年1月27日付けのニュースでお知らせした通り、 ADITによるX線結晶構造の登録受付は、完全に終了します。 ADITによるX線結晶構造の登録途中のセッションは、それまでに完了してください。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、 登録ツールの提供を開始しました。 ...

PDBj&創薬等支援技術基盤プラットフォームランチョンセミナー この講習会は終了しました 日時 平成27年6月24日（水）11:45-12:45 会場 あわぎんホール4F・D会場 席数 100席 <講習会プログラム> 1. 「日本と世界の蛋白質構造データバンク : PDBj と wwPDB」講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） 2. 「BMRB と他の生命科学系データベースとの統合的検索」講師：小林 直宏（大阪大学 蛋白質研究所） 3. 「HOMCOS: 複合体立体構造の検索・ ...

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント このイベントは終了しました。 PDBj では、大阪大学いちょう祭にてタンパク質分子について知って頂くきっかけとなる様々な展示・実習・実演を行います。 - 開催日時： 2015年5月2日（土）13時－16時30分 - 会場： 大阪大学蛋白質研究所本館１階セミナー室 [Map] （注）会場が変更になりました 「タンパク質分子の『かたち』を見てみよう」 - ３Ｄメガネを使って、タンパク質分子を立体的に見てみよう！ - 紙でタンパク質分子を作ってみよう！ - ３Ｄプリンタ ...