Q) jVで表示した画像を保存する方法を教えて下さい。 A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選択すれば指定した形式で保存できます。 （アプレットでお使いの場合は、右クリックするとメニューが表示されます） スタンドアロンでお使いの場合、コマンド saveを使用して保存することもできます。 [質問一覧に戻る]

Q) 特定のアミノ酸・原子をリボンモデルに追加して表示する方法を教えて下さい。 A) jV のメニューの「Display」から「Cartoon」を選択するとリボンモデルの表示に切り替わります。 特定のアミノ酸又は原子を充填モデルで表示するためには、コマンド select でアミノ酸又は原子を指定した後、[Display]から[Spacefill]を選択して下さい。 （例）アミノ酸を残基番号で指定した場合 select 32 || 64 （例）残基番号と原子名で指定した場合 select ...

Q) jVを利用したいのですが、OS等のシステム要件を教えて下さい。 A) JRE (Java Runtime Environment) が動作している環境であればWindows、MacOS、Linuxなど各OSでご利用になれます。詳しくは 「jV: Graphic Viewer」のダウンロードページ をご覧ください。 また、ウェブサーバでjVアプレットを提供するには、スタンドアロン版jVと同様にしてウェブサーバにjVをダウンロード・インストールを行って下さい。 詳しくは アプレットを使用するに ...

Q) jVを利用したいのですが、チュートリアルはありますか？ A) PDBjトップページのメニューにあります 「jV: Graphic Viewer」 をご覧ください。ダウンロード、操作方法などがご覧になれます。 コマンド等の詳細・使用例はこちらの 「マニュアル」 をご覧ください。 [質問一覧に戻る]

Q) いつ、誰がどんな内容のクエリをしたかという情報は、ログを取られているのでしょうか？それを第三者に知られる可能性はありますか？ A) ログデータは、統計分析の目的のためにのみ取得しており、第三者に開示することはありません。 個人情報保護の基本方針については、 利用規約・プライバシーポリシーのページもご参照下さい。 [質問一覧に戻る]

お使いの環境が、WebGLに対応していないことが原因と考えられます。 PDBjのウェブインターフェースについてをご覧頂き、お使いのブラウザのバージョンを確認してください。 お使いのブラウザがWebGLに対応していない場合、ブラウザを最新のバージョンに更新するか、別のWebGLに対応したブラウザをお使いください。 また、グラフィクスドライバのバージョンが十分新しく、 お使いのブラウザでブラックリストに分類されていないかも、ご確認ください。 Linuxの場合、標準でインストールされたグラフィクスドラ ...

ハードウェアやシステム環境がMolmilビュアー動作要件に該当していないと考えられます。 恐れ入りますが、OSやドライバのアップデートを行うか、または他の環境でのご利用をお願いします。 ※Mac 10.6環境などでこの現象が確認されています。 [FAQページ] に戻る [Molmilヘルプページ] に戻る

これまでMolmilを使用できていた環境で、急に使用できなくなった場合、 グラフィクスドライバの不具合が原因である可能性があります。1 PDBjのウェブインターフェースについてをご覧頂き、 お使いのブラウザが、WebGLに対応しているかどうかをご確認ください。 WebGLに対応していない場合、ブラウザを最新のバージョンに更新するか、別のWebGLに対応したブラウザをお使いください。 WebGLに対応している場合や、ブラウザを最新版に更新しても問題が解消されない場合、 グラフィクスドライバを、最新のバー ...

Q) EMDBからの三次元動画をビデオで使用したいのですが、許可が必要ですか？引用元はどうすればよいですか？ A) EM Data Bankのデータは、無料で自由にご利用いただけます。 EM Navigatorの動画は全てPDBjで作成したものであり、こちらも無料で自由にご利用いただけます。 引用元は”EM Navigator, PDBj”としていただければ幸いです。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBのデータ・画像等を引用したいのですが、PDBjでなくPDBに問い合わせる必要がありますか？ A) 2003年よりPDBjは、 RCSB PDB 、 PDBe との３極で wwPDB としてPDBのデータベースを運営しております。 ですので、ご質問の件についてはPDBjへお問い合わせいただいて問題ございません。 但し、Molecule of the Month（今月の分子）の図の著作権はRCSB PDBに帰属しますので、 RCSBおよび著者のDavid S. Goodsell博士へ直接 ...

PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新されます。 2016年3月に、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新されます。 新しいレポートでは、以下の点が更新されています。 - 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。 - 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。 - CCP4 V6.5 (Refmac 5.8.0135) - Mogul 2015 (CSD archive ...

wwPDBの登録・アノテーションシステムから、NMRと電子顕微鏡法（3DEM）で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムから、電子顕微鏡法（3DEM）、NMR、X線、中性子線、電子線結晶解析で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 現在は、以下のサイトからご登録頂けます。 http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/ 新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、 ...

jV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなります。 jV appletを埋め込んだウェブページを運営されている方はjV 4.4.5に更新をお願いし ます。 変更点について詳しくは jVマニュアルの変更履歴 を参照下さい。" /> 新たな証明書で署名したjV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなり ...

2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。 Protein Globe は、代表的なPDBエントリーを陸に見立てた点で表し、 構造の似ているエントリーほど距離が近くなるよう地球に見立てた球の上に配置して蛋白質の世界を表現したものです。構造が似ているかの判定には ASH プログラムを使っています。 分子の構造的位置づけを視覚的にとらえながら、PDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースとして利用できます。 - 概要 - 前提条件 - 使い方 ...

2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。

NBDCポータルより公開されました。SPARQLエンドポイントを通して、他のデータリソースと合わせてwwPDB/RDFのデータを検索することができます。詳しくはRDF Portal for NBDC をご覧下さい。" /> wwPDB/RDFのデータがNBDCポータルより公開されました。SPARQLエンドポイントを通して、他のデータリソースと合わせてwwPDB/RDFのデータを検索することができます。詳しくはRDF Portal for NBDC をご覧下さい。

生命医薬情報学連合大会2015にて、PDBjと創薬等PJ共催ランチョンセミナーを開催いたしました。" /> 10月29日（木）、京都宇治おうばくプラザにて開催される生命医薬情報学連合大会2015にて、PDBjと創薬等PJ共催ランチョンセミナーを開催いたします。 (1) Gert-Jan BEKKER（大阪大学蛋白質研究所） 分子ビューワーMolmil（モル見る）の紹介 (2) 横地 政志（大阪大学蛋白質研究所） NMRデータを扱う新フォーマット（BMRB/XML・RDF）の紹介 (3) 川端 猛（大阪 ...

molmilはウェブサイトに埋め込むことができます。 構造を読み込みmolmilを開始するためのJavaScriptを呼び出すhtmlの簡単な事例を以下に示します。

12/1（火）から神戸ポートアイランドで開催されるBMB2015（第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会）の企画展示「使って見ようバイオデータベース−つながるデータ、広がる世界 （BioDB）」にPDBjも出展します。詳細は以下の通りです。皆さんのお越しをお待ちしております。 出展期間 2015年12月1日（火）〜3日（木）各日10:00〜18:45 出展場所 神戸国際展示場 2号館 BioDB 13

概要 PDBに登録されている原子座標データは必要最小限の「非対称単位」（asymmetric unit）と呼ばれるものになっています。 これは必ずしも生物の中で実際機能している構造を示しているとは限りません。 実際機能している状態だと考えられている構造は「生物学的単位」（biological unit）と呼ばれ、 「非対称単位」と一致している場合もあれば、「非対称単位」の座標に回転などの変換や平行移動を適用して生成される場合もあります。 非対称単位と生物学的単位について、詳しくはPDBの生物学 ...

旧型ブラウザー用の「静的バージョン」のウェブページをupdateしました。

http://bmrbdep.pdbj.org/index.html BMRB（Biological Magnetic Resonance Data Bank、生体分子磁気共鳴データバンク）はペプチド、タンパク質、核酸のNMRデータベースで、ウィスコンシン-マディソン大学のBioMagResBankで管理されています。 このウェブサイトは日本の大阪大学蛋白質研究所のPDBj-BMRBグループによって管理されています。 PDBj-BMRBの目的は、BMRBとPDBの国際的な協力のもと、特にアジアと日本にお ...

H27年度日本結晶学会年会にて、PDBjランチョンセミナーを行いました。" /> H27年度日本結晶学会年会・PDBjランチョンセミナー この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください） 日時 平成27年10月18日（日）11：30-12：30 会場 大阪府立大学中百舌鳥キャンパス・C会場（A5棟118大講義室） 席数 100席 <講習会プログラム> 1. 「PDBjとwwPDBの活動について」 講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） PDBj (PDB ...

登録システムやFAQページの情報についての、フィードバックを歓迎します。 もしも登録中に問題に出会ったり、インストラクションについて更に説明が必要な場合は、http://deposit-feedback.wwpdb.orgから、ご連絡ください。 [質問一覧に戻る]

登録インターフェースの中で、コミュニケーションページから、wwPDBアノテータの支援を求めてください。 できるだけ詳細に状況を説明してください。アノテータがセッションの状況を調べ、コミュニケーションページからアドバイスします。 アノテータからのコミュニケーションを受け取ると、その登録セッションに関して、連絡先が登録された著者全員に通知メールが届くことに注意してください。 [質問一覧に戻る]