Q) 接続先のIPアドレスを登録して以前からアクセスしていたのですが、最近アクセスできなくなりました。 A) 2012年のミラーサイトの設置以降、IPアドレスは動的に変更されます。ホスト名でアクセスしてください。 （ホスト名） PDBj FTPサーバ（PDB Archive含む）： ftp.pdbj.org [質問一覧に戻る]

Q) News Letterの宛先を変更していただけますか？ A) 新しい宛先を お問い合わせページからご連絡下さい。 次号よりご連絡いただいた宛先に送付させていただきます。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBjの各種サービスやソフトウェアについて、チュートリアルはありますか？ A) PDBjウェブサイトの左メニューにあります 各パネル内の「ヘルプ」をクリックしてください。 パネル内の各サービスについて、概要がまとめられており、個々のサービスのチュートリアルへのリンクもあります。 また、上部の検索ボックス内に、サービス名を入力して頂くと、 該当サービスに関連するヘルプページへのリンクが表示されます。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBフォーマットの説明書はありますか？ A) PDBでは、wwPDBという国際組織を作っており、フォーマットについても、そこに整理されています。(英語) wwPDBのFile Format Documentationページ 内にあります 最新版(*)のPDB File Format（PDF, HTML）をご覧ください。 日本語によるPDBフォーマットの簡易版説明は、 こちら をご覧ください 日本語版については、今後充実させていく予定です。 (*)2016年2月19日時点の最新バージョ ...

Q) PDBにデータを登録した後、公開前に登録内容が外部に漏れることはないでしょうか？ A) 登録処理中のデータは厳重なセキュリティのもとに管理されており、外部に漏れる心配はありません。 未公開データにアクセスできるのは、守秘契約を結んだアノテーション専門のスタッフのみです。 [質問一覧に戻る]

Q) 登録したエントリー（HOLD/HPUB）を今すぐ公開できますか？ A) 登録者は、編集作業が完了したエントリーについて、登録時に設定した公開時期に関わらず、いつでも公開の要求を行うことができます。 詳細は、wwPDB Processing Procedures and Policiesの説明をご覧ください。 公開のご依頼は、「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」からご連絡ください。 メールの件名にPDB IDとRCSB ID/Deposition IDを明記して、英語でご記入下さい。 ...

Q) あるPDBエントリー(HPUB)の論文は出版されているのに、構造は公開されていません。いつ頃公開されるのでしょうか？ A) 「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」 から、文献情報をご連絡頂けると助かります。

Q) 登録作業を途中で中断・保存し、再開したいのですが、「Session Restart ID」は何日間有効なのでしょうか？ A) wwPDB 登録システムからご登録の場合、6か月間有効です。 [質問一覧に戻る]

Q) 登録した内容について修正したいのですが、連絡先がわかりません。 A) 「PDB登録・編集に関するお問い合わせ」 からお問い合わせ頂けます。

Q) jV のインストール、分子構造の表示で問題が発生しています。 A) インストール・閲覧のトラブルについては、 jV 利用マニュアル - トラブルシューティングをご覧下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) jVのアプレット版を利用していますが、エラーが発生して表示できません。 A) JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生し、jVの表示ができなくなることがあります。 JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。 Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLP AppletLauncher class そ ...

Q) PDBjViewerを使用していますが、表示に問題があります。 A) PDBjViewerは、現在 jV と名前を変えています。 jVのダウンロードページ から最新版をインストールして下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) 構造データのPDBファイルがRasMacで認識できません。 A) RasMacのバグだと思われます。 対処として、pdbファイルの拡張子を.pdbから.txtに変更する、または.pdbのファイルをRasMacに関連付けすることで、回避可能です。 また、PDBjではRasmolをベースとしたjVというviewerを開発し、随時アップデートを行っております。 「jV: Graphic Viewer」 をご覧下さい。 rasmolの様にスタンドアロンで使用する場合は、 jVのダウンロードページ ...

Q) ある構造について、PDBj Mineの概要ページへリンクさせるには、どのように記載すればよいでしょうか？ A) 下記の例のように、http://pdbj.org/pdb/の後ろにpdb idを指定して頂くことで、PDBj Mineの概要ページへリンクさせることができます。(例：1NIH) - 一般的なURL（言語は自動判別） http://pdbj.org/pdb/1nih - 日本語ページ http://pdbj.org/pdb j /1nih [質問一覧に戻る]

Q) Windows環境で、gzip形式の圧縮ファイル(.gz)を解凍したり、圧縮されていないファイルをgzip形式に圧縮する方法を教えてください。 A) Windowsで標準でサポートしている圧縮・解凍形式はZIP形式(.zip)です。 gzipや他の圧縮形式を扱うためには、圧縮・解凍ソフトウェアをダウンロードしてお使いください。 フリーでお使い頂けるものとして、例えば下記のようなソフトがあります。 - 7zip 英語サイト ： http://sevenzip.sourceforge. ...

Q) どうしてJapan のJ は大文字なのにPDBj のj は小文字なのですか？ A) 我々 PDBj （日本蛋白質構造データバンク）は wwPDB（国際蛋白質構造データバンク）の一員として米国RCSB-PDB、BMRB、および欧州PDBeと協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「 PDB」の運営を担っております。 この「 PDB 」の存在を明確にするため、末尾に付け加えるメンバー識別の文字 j は敢えて「PDB」とは異なる小文字にしています。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBのXMLフォーマットやサービスについて、参考文献がありますか？ A) XMLフォーマットについては下記の文献を参考にして下さい PDBML: The representation of archival macromolecular structure data in XML Westbrook, J.D., Ito, N., Nakamura, H., Henrick, K., Berman, H.M. Bioinformatics 21 (7): 98 (2005) [PubMed ...

Q) jVで図の背景色を変える等、表示の設定を変える方法を教えて下さい。 A) 例えば背景色を青色に変更する場合、jVのコマンド set を使用して、下記のように入力して下さい set background blue 又は background blue [質問一覧に戻る]

Q) GIRAF: PDBファイルをUploadして検索して得られた結果一覧ページの中身が空です。 A) GIRAFでは検索処理を行う際、PDBファイルATOM行の77、78文字目に記載される元素記号も参照しています。 一部のアプリケーションが出力するPDBファイルはこの情報が欠落しているため、GIRAFは正しく処理できません。 元素記号を補完した上でsubmitし直してみて下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) EM Navigatorのセッションファイルを使用して、Chimeraでマップを再現する方法を教えてください。 A) EM Navigatorの詳細ページから、セッションファイルとマップファイルをダウンロードしてください。 マップデータを解凍し、セッションファイルと同じディレクトリに置いて下さい。 Chimeraでセッションファイルを開くと、セッションが再現され、原子モデルとマップが表示されます。 万見 の「あてはめたモデル」を使っても、原子モデルとマップの表面構造の重ねあわせを見ることができます ...

Q) EM Navigatorについて質問があるのですが、このFAQページには質問・回答が見つかりません。 A) EM NavigatorのFAQページ をご覧下さい。 ご質問に対する回答が見つからない場合は、 「お問い合わせページ」 からお問い合わせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) jVでより精密な画像を保存する方法を教えて下さい。 A) スタンドアロンでお使いの場合、jVのコマンドラインで、コマンド set を使用して、画面のサイズを大きくしてから保存します。 set imagesize 800 800 数字はピクセル値です。解像度は、表示に用いるディスプレイ（ハードウェア）の大きさにも依存します。 大きめのディスプレイをご使用の場合、上記の800を例えば1000にすればもっと高い解像度が出ます。 また、コマンド zoomで、表示されるタンパク質の絵をウィンド ...

Q) jVで表示した画像を保存する方法を教えて下さい。 A) メニューの [File]から[Save] ->[PNG/JPEG] を選択すれば指定した形式で保存できます。 （アプレットでお使いの場合は、右クリックするとメニューが表示されます） スタンドアロンでお使いの場合、コマンド saveを使用して保存することもできます。 [質問一覧に戻る]

Q) 特定のアミノ酸・原子をリボンモデルに追加して表示する方法を教えて下さい。 A) jV のメニューの「Display」から「Cartoon」を選択するとリボンモデルの表示に切り替わります。 特定のアミノ酸又は原子を充填モデルで表示するためには、コマンド select でアミノ酸又は原子を指定した後、[Display]から[Spacefill]を選択して下さい。 （例）アミノ酸を残基番号で指定した場合 select 32 || 64 （例）残基番号と原子名で指定した場合 select ...

Q) jVを利用したいのですが、OS等のシステム要件を教えて下さい。 A) JRE (Java Runtime Environment) が動作している環境であればWindows、MacOS、Linuxなど各OSでご利用になれます。詳しくは 「jV: Graphic Viewer」のダウンロードページ をご覧ください。 また、ウェブサーバでjVアプレットを提供するには、スタンドアロン版jVと同様にしてウェブサーバにjVをダウンロード・インストールを行って下さい。 詳しくは アプレットを使用するに ...