ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 過去2-3年の間に主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことも影響し、 一般ユーザーにとってFTPプロトコルは事実上使われなくなりました。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して ...

統合的構造決定法とハイブリッド構造決定法(IHM)によって決定された構造は、PDBアーカイブで実験構造と一緒に利用できるようになりました。 これらの構造はPDB-Devシステムに登録され、処理されます。 各IHM構造にはPDB IDが発行され、PDBx/mmCIFファイルの_database_2カテゴリーに記載されます。 "integrative "メソッドに関する情報は、_struct.pdbx_structure_determination_methodology に記述されます。 IHM構造と関連デー ...

wwPDBのIrina Persikova博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 彼女は、このマイルストーンに到達したwwPDB全体で7番目のバイオキュレーターとなります。 Persikova氏は、固体物理学の博士号を取得後、RCSB PDBに20年以上勤務してきました。 著者または共著者として17の出版物と1つの本の章に貢献しました。 科学データとさまざまな実験技術を深く理解し、卓越した品質のデータ編集に献身する高度な専門家としての地位を確立しまし ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - UniProtのDB Codeが「CDK3_HUMAN」であるPDBエントリー一覧を得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM struct_ref WHERE struct_ref.db_name='UNP' AND struct_ref.db_code='CDK3_HUMAN' 要素 データ型 内容 struct_ref.pdbid PDBID struct_ref.db_name データベース名 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 関連データベース情報 UniProt、NCBI Taxonomyなど関連するデータベースに関する情報に基づいて検索する事例を挙げます。 - GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る - Pfamコードが"PF00046" (Homeobox) で、分解能が2.0Åより高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - UniProt Accession IDが「Q00526」であるPDBエントリー一覧を得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM struct_ref WHERE struct_ref.db_name='UNP' AND struct_ref.pdbx_db_accession='Q00526' 要素 データ型 内容 struct_ref.pdbid PDBID struct_ref.db_name デー ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 日付・時刻情報 日付や時刻に関する値を指定する方法をいくつか示します（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.9. 日付/時刻関数と演算子）。 内容 指定するコマンド 戻り値の例 現在の日付 current_date 現在から1週間前の日付 current_date - interger '7' 2024-07-31

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 由来生物種に新型コロナウイルス（NCBI Taxonomy ID: 2697049）を含み最近30日以内に公開されたPDBエントリーの一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT b.pdbid FROM brief_summary AS b JOIN sifts.pdb_chain_taxonomy AS s ON b.pdbid=s.pdbid WHERE s.tax_id='2697049' AND release_ ...

PDBx/mmCIFの利点 詳細な PDBx/mmCIFファイルフォーマットのユーザーガイド がご利用頂けるようになりました。 多様な実験手法にまたがる構造データの登録、アノテーション、保存のための基盤として、 Protein Data Bank Exchange macromolecular Crystallographic Information Framework (PDBx/mmCIF)は、 蛋白質構造データバンク(PDB)のマスターフォーマットとなっています。 この使いやすいガイドで ...

2024年6月13日（木）、第24回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2024年6月13日（木）11:15～12:05（JST = UTC+9） 会場 札幌コンベンションセンター（札幌市⽩⽯区東札幌6条1丁目1-1 GoogleMap） E会場（部屋番号108） 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください（整理券の配布はありません） 講演言語 日本語 開催方式 対面 演題・演者 - 「 ...

RCSB PDBのバイオキュレーター Yuhe Liang氏が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 彼は、wwPDBでこのマイルストーンに到達した６番目のバイオキュレーターとなります。 Liang博士は中国の北京大学で生物物理学の博士号を取得し高分子結晶学の専門家となり、 ピッツバーグ大学医学部で、ヒトの健康に関連する重要な蛋白質の構造および機能の研究に関する研修に従事した後、PDBに加わりました。 Yuhe Liang RCSBのPDBでの ...

蛋白質の修飾の取り扱いを標準化することで、PDBアーカイブ内で起こる蛋白質の修飾の取り扱いを統一した正しい方法にすることができます。 しかし、既存のPDBエントリーの中には、この取り扱い規約に従わない蛋白質修飾を含むものが数多く存在します。 蛋白質修飾修復プロジェクトの一環として、蛋白質修飾を含むすべてのモデル座標ファイルが再リリースされ、 新しい蛋白質修飾データカテゴリーが追加されます。 この新しいカテゴリーでは、エントリー内で観測されたすべてのPCM/PTMが、そのタイプとカテゴリーとともに一覧に ...

CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、ターゲットを求めています。 詳しくは、英語ニュースをご覧ください。

PDBj Newsletter Vol.24を公開しました。

以下のサービスについて、IT技術者の不足により継続が困難となったため、提供を停止します。 - ASH - DASH - SeSAW - MAFFTash - Spanner - SFAS

wwPDBの張 羽澄さんが処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 張さんは、このマイルストーンに到達したPDBjで2番目、wwPDB全体で5番目のバイオキュレーターとなります。 2021年4月に見学有美子さんがwwPDBで初めてこのマイルストーンを達成しました。 張さんは大阪大学で環境工学の博士号を取得、国立循環器病研究センター勤務を経てPDBに加わりました。 2007年にPDBに加わり、現在は大阪の蛋白質研究奨励会内にあるPDBj支部に勤務しています。 科学 ...

wwPDBは、現行の4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）が2029年までにすべて消費されると予測しています。 PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、wwPDBはPDBアクセッションコードの文字数を拡張し、"PDB "を先頭に付けることで フォーマットを改訂しました（例えば、"1abc "は "pdb_00001abc "になります）。 これにより、公開文献中のPDBエントリーをテキストマイニングで検出することが可能になり、 改訂データファイルをより有益で透明性の高い形で提供できるようにな ...

新しいアーカイブスナップショットをご利用頂けます 2024年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、 https://s3.rcsb.org/又は PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、 スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、https://s3snapshots.rcsb.org/（AWS）又は PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005 ...

OneDepのORCiDログインボタン（赤枠で囲まれた部分） 2023年3月以降、 登録者はORCiDを使用してOneDepシステムにアクセスすることができるようになっています。 この認証方法により、コンタクトオーサーはパスワードを共有することなく自身のセッションにアクセスすることができます。 ORCiDをOneDepで使用すると、コンタクトオーサーにそのORCiDを含む全てのエントリー一覧が表示されます。 wwPDBは、エントリー一覧表示を以下の通り改良しました - 実験方法と未公開 ...

PDBで使用してきた3文字の化合物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5文字の英数字アクセッション・コードの発行を開始しました。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されます。5文字のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されません。 (過去のニュースもご覧 ...

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したこと ...

wwPDBは、標準化された原子の命名と、ペプチド残基内の蛋白質主鎖および末端原子のアノテーションを追加し、 更新した化合物辞書（CCD）データファイルを公開しました。また、更新されたCCDを含むエントリーも更新されました。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上し、更新された ペプチド残基アノテーションを使用する新たな機会を提供します。 既にお知らせした通り、 ペプチド結合要素のCCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラベルするための新しいデータ項目が追加されました。 ...

2023年11月15日(水)、第61回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年11月15日（水）11:40-12:30 会場 名古屋国際会議場 D会場（部屋番号：222+223） 定員 130名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

2023年10月29日(日)、令和5年度 日本結晶学会年会および会員総会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年10月29日（日）12:10-12:50 会場 山口大常盤キャンパス 講演会場C 定員 200名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

wwPDB財団は、8月22日から29日までオーストラリア・メルボルンで開催された第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会において、 優秀な学生ポスターに賞を授与しました。 Akila Pilapitiya Liliana Guerrero Akila Pilapitiya The crystal structure of the toxin EspC from enteropathogenic Escherichia coli reveals ...