wwPDBは、標準化された原子の命名と、ペプチド残基内の蛋白質主鎖および末端原子のアノテーションを追加し、 更新した化合物辞書（CCD）データファイルを公開しました。また、更新されたCCDを含むエントリーも更新されました。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上し、更新された ペプチド残基アノテーションを使用する新たな機会を提供します。 既にお知らせした通り、 ペプチド結合要素のCCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラベルするための新しいデータ項目が追加されました。 ...

2023年11月15日(水)、第61回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年11月15日（水）11:40-12:30 会場 名古屋国際会議場 D会場（部屋番号：222+223） 定員 130名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

2023年10月29日(日)、令和5年度 日本結晶学会年会および会員総会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年10月29日（日）12:10-12:50 会場 山口大常盤キャンパス 講演会場C 定員 200名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

PDBアーカイブのデータは営利・非営利にかかわらず、自由にご利用いただけます（CC0 1.0 全世界 パブリック・ドメイン提供）。 その他PDBjサイトで提供している各コンテンツの利用について詳細は以下を参照ください。 PDBj各ページへのリンクは特に断りなく自由に設定していただいて構いません。 ご不明な点などあればお問い合わせフォームよりお問い合わせください。 プライバシーポリシーについてはこちらを参照ください。 対象 表記すべきクレジット内容 例・備考 PDBデータ（各 ...

wwPDB財団は、8月22日から29日までオーストラリア・メルボルンで開催された第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会において、 優秀な学生ポスターに賞を授与しました。 Akila Pilapitiya Liliana Guerrero Akila Pilapitiya The crystal structure of the toxin EspC from enteropathogenic Escherichia coli reveals ...

2022年12月から2023年9月までの間に、非標準の座標系または空間群設定でPDBに登録された合計 268の構造エントリーが再度バージョン化を行い公開されました。 今回の更新は、 最新のグラフィックスおよび精密化ソフトウェアを用いて、モデルの視覚化および登録された実験データに対する検証を改善するために行われました。 再バージョンされた各エントリーは、原子のx,y,z座標が標準結晶学フレームに変換されています。 非結晶対称行列が存在する場合は、更新された座標で動作するように変換されています。 座 ...

電子顕微鏡データバンク(EMDB)は、2023年10月初旬より、 電子顕微鏡(EM)のメタデータを、これまでのXML形式に加えて、PDBx/mmCIFファイル形式でも配布します。 PDBx/mmCIFファイルがアーカイブに追加されることで、EMDBとPDB（EM実験データと３次元構造）のメタデータの提供方法が 同等になると同時に、2つのアーカイブ間の一貫性と相互運用性が向上します。 2023年10月以前に公開されたEMDBエントリーには、PDBx/mmCIFファイルが後日追加されます。 PDBx/mmCIF ...

現在の増加率では、2023年末までに3文字の化合物ID（CCD ID）がなくなると予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されるようになります。 (過去のニュースもご覧ください)。 ...

2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）にてライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）と合同でランチョンセミナーを開催します。詳細は以下の通りです。皆さまのお越しをお待ちしております。 日時 2023年9月8日（金）12:30～13:30 場所 柏の葉カンファレンスセンター（千葉県柏市若柴178番地4: GoogleMap）第3会場 開催方式 対面のみ 定員 130名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日8時30分 ...

wwPDBは設立20周年を迎えます 8月22日から29日までオーストラリアのメルボルンで開催される第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会で、世界中のwwPDBメンバーとお会いしましょう。 展示会場のwwPDBブース26番にお越しいただくと、 wwPDB20周年 を記念した特別ギフトを差し上げます。 ペプチド残基の最新アノテーションと標準化、 ORCiDを使用した登録へのアクセス方法など、wwPDBの最新ニュースをご紹介します。 その他のwwPDBイベントは以下の通りです： ...

2023年10月、wwPDBは、化合物辞書（Chemical Component Dictionary, CCD）データファイルを更新する予定です。 更新には、原子の命名の標準化やペプチド残基内の蛋白質骨格および末端原子の注釈の追加が含まれます。 更新されたCCDを含むPDBエントリーも更新されます。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上するとともに、更新されたペプチド残基アノテーションを利用する新たな機会が開かれます。 この改善プロセスの一環として、ペプチド結合成分のCCDファイルに新 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 「spliceosome」およびその活用形を含むエントリーの主要項目を、ポリマー鎖に含まれる残基数の多い順に表示する 検索はこちら SELECT pdbid, struct_title AS 構造名, deposit_author AS 登録者, deposition_date AS 登録日, release_date AS 公開日, modification_date AS 最終更新日, exptl_method AS 実験手法, ...

日本時間（JST=UTC+9）2023年7月11日（火）、以下に記すホストを廃止しました。これらは主にサービスごとのサイト用として設けたものですが、いずれもPDBjメインサイトなどへリダイレクトするよう設定していました。 今後はリダイレクト先となっていたURLに直接アクセスしていただきますようお願いします。 ホスト名 内容、リダイレクト先 doc.pdbj.org PDBj Help（ヘルプなどの文書） ash.pdbj.org ASH（構造アライメントツールおよびそれを使ったウェブサービス） ...

wwPDBは2023年に設立20周年を迎えます 今から20年前の2003年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手法で決定された 生体高分子の蛋白質構造データであるコアアーカイブ（Protein Data Bank Core Archive）を運営するために、 RCSB蛋白質構造データバンク(RCSB PDB, 米国)、 欧州蛋白質構造データバンク(PDBe)、 日本蛋白質構造データバンク(PDBj)が パートナーシップを結んで国際蛋白質構造データバンク（ ...

PDBアーカイブの次世代アーカイブリポジトリ（NextGen）のバージョン1.0が 2023年初めに公開されました。 この "NextGen "アーカイブは、PDBx/mmCIFとPDBMLの両方のフォーマットで、拡張された原子座標ファイルを保有しており、 ファイルは files-nextgen.wwpdb.orgや PDBjのfiles-nextgen.pdbj.org からダウンロードできます。 NextGenアーカイブの最初の公開では、 PDBコアアーカイブの座標ファイルに、UniProt、 ...

2023年7月5日（水）、第23回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2023年7月5日（水）12:00 ～ 12:50（JST = UTC+9） 会場 名古屋国際会議場（愛知県名古屋市熱田区熱田西町1-1 Google Map） 1号館 3F D会場 定員 80名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください（整理券の配布はありません） 講演言語 日本語 開催方式 対面 演題・演者 - ...

Q) X線/中性子線ハイブリッド法の構造の登録について、構造因子ファイルの登録方法を教えてください。 A) 構造因子ファイルは以下のようにして準備してください。 (original.mtz contains as follows; I-obs-xray SIGI-obs-xray R-free-flags-xray I-obs-neutron SIGI-obs-neutron R-free-flags-neutron ) cad HKLIN1 original.mtz HKLOUT ...

NMRデータファイルは、多くの異なるソフトウェア固有のフォーマットでNMRデータを持つPDBエントリに対して、 NEFおよび NMR-STARフォーマット [Ulrich, 2019]で標準化されています。 この改善プロジェクトでは、PDBエントリーのNMRデータを1つのNMR-STAR/NEFファイルに統合して提供します。 wwPDBでは、NMRデータ（距離制限、化学シフト、場合によってはピークリスト）のNMR-STAR/NEF形式での単一ファイルのアップロードを 進めており、将来的にはOneDepでのソ ...

大阪大学が主催する大阪大学共創DAY＠EXPOCITY2023『未来社会を創造中！』に蛋白質研究所・PDBjも出展します。 皆さまのお越しをお待ちしています。 大阪大学共創DAYとは、体験イベント、ミニレクチャー、展示などを通して、大阪大学のさまざまな研究成果や、社会課題を発掘・解決する「共創」の取り組み、そして、その先に創造する未来社会の姿をご紹介するイベントです。 今年は「光の広場」に加え、「空の広場」や「EXPOCITY Lab」にも展開します。 子どもから大人まで多くの皆さまと、科学・研究・ ...

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/ 配下） を活用してください。 これらの一覧データファイル ...

PDBj開始以来約23年間に渡ってPDBjで処理してきたPDB登録処理件数が5万件に達しました！ この数は全登録数の約1/4に相当します。 詳細は以下のプレスリリースを参照ください（日本語のみ）。 -大阪大学が世界の蛋白質構造データバンク（PDB）を運営して20年- 世界のPDBデータの4分の１相当 5万件に到達！｜研究成果｜大阪大学蛋白質研究所

pdb_extractは、構造決定プログラムの出力ファイルから、座標データ、登録者が提供するメタデータ、 データ処理情報を統合し、OneDepシステムでの容易な登録に利用できる完全なPDBx/mmCIFファイルを生成できます。 オンラインフォーム又は、再設計され簡単にインストールできる コマンドラインインターフェイス （Python）をご利用ください。 座標データ アップロードされた座標ファイル（PDBx/mmCIFまたはPDB）は、PDBx/mmCIF辞書と照合されます。 レガシーPDBフォーマット ...

2023年5月18日(木)、第27回台湾生物物理学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2023年5月18日（木）13:00 ～ 13:50（CST = UTC+8） 会場 台湾、花蓮、慈濟大学、和敬樓演藝廳 (B106) Performance Hall (B106) , He-Jing Building, Tzu Chi University, Hualien, Taiwan 定員 240名 参加費 無料（別途学会参加費は必要）

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/） のを活用してください。 これらの一覧データファイルを参 ...

コンタクトオーサーがORCiDsを使用して、OneDepにログインできるようになりましたのでお知らせいたします。 この認証方法により、各コンタクトオーサーはパスワードを共有することなくOneDepにログインし、 すべての登録エントリーを閲覧したり、アクセスすることができます。 登録セッションID・パスワードによるOneDepへのログインは引き続き可能ですが、特定の登録セッションにしかアクセスできません。 ORCiDをOneDepで使用すると、コンタクトオーサーにORCiDが提供されているエントリ ...