2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。 2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム （RCSB PDB | PDBe | PDBj） を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを ...

大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント このイベントは終了しました 今年も大阪大学創立記念祭「いちょう祭」にてタンパク質などの生体分子をより知って頂くためのさまざまな展示・実習・実演を行います。 皆さんのお越しをお待ちしております。 詳細は以下の通りです。 日時 2016年5月1日（日）13:00〜16:30 会場 大阪大学蛋白質研究所（大阪府吹田市山田丘3-2） 本館１階セミナー室 [Map] [Google Map] ※本館正面を入って右に進んだ突き当たりにある講堂のさらに奥です。 ...

2010年2月15日 [機能情報のページについて] 機能情報のページでは、生物学的役割、細胞内局在、各アミノ酸残基に起因する生化学的な分子機能などの情報を表示します。これらの情報は、他のデータベースや文献から得られたものです。 1) GO（ジーン・オントロジー）に由来する情報 GO（ジーン・オントロジー）のコンソーシアム は、全ての生命体に対して利用される標準的な語句を構築しています。 そして、個々の蛋白質に関する生物学的役割、細胞内局在、各アミノ酸残基に起因する生化学的な分子機能などの情報が収 ...

PDBの生物学的構造単位について 原文：(RCSB PDB-101) Guide to Understanding PDB Data: Introduction to Biological Assemblies and the PDB Archive の内容を基に翻訳（一部編集）しています。 - 非対称単位 - 生物学的集合体 - PDBファイル、mmCIF（PDBML）における生物学的集合体の記述 - 生物学的集合体座標ファイルの表示とダウンロード - 著者 - 参考文献 非対称単位 ...

お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書" /> これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。詳細はこちらをご覧ください。 お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書

PDBjが開発した分子構造ビューア「Molmil」に関する論文が出版されました。

wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。 wwPDBの新しい検証サーバ（https://validate.wwpdb.org）で、 X線結晶構造だけでなく、NMRや電子顕微鏡法によって決定された構造に対しても、初期の（preliminary*1）検証レポートを生成できるようになりました。 *1 validation FAQ) 検証レポートには、どんな種類がありますか？

PDBjでは、名古屋大学が作成・運営している天然変性蛋白質のデータベース (IDEAL) へ、各PDBID毎にリンクを張るサービスを開始しました。

問題について、できるだけ詳細な情報とともに、 validation@mail.wwpdb.orgまで、英語にてご連絡ください。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

MolProbityのクラッシュスコアは、水素原子を構造に付加し、クラッシュの有無を解析することによって動作します。 特に、水素原子を実際には置かずに、構造の中で改善できる領域を見つける際に役に立ちます （水素原子が精密化において考慮される構造においては、あまり役に立ちません）。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

PDBアーカイブのエントリーの増加に合わせて、 パーセンタイル順位の基礎となる統計も再計算を行います。 X線結晶構造に対しては、2015年12月末時点のアーカイブに基づいて再計算が行われ、 2016年3月に、再計算後の結果が公開されました。 更新された統計値を使って、全ての検証レポートが再作成され、結果として、パーセンタイル順位も変わっています。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

10万件以上の構造のうち、ごく一部のエントリーについては、 検証レポート（PDF）や構造の評価図（multipercentile slider assessments）が欠損しているものがあります。 また、計算が正常に終了しなかったため、レポート中で、一部の要素が欠けているものもあります。 こういった失敗の原因については調査中です。

2014年に、全てのX線結晶構造に対しての検証レポート（PDF、XMLファイル）が、wwPDBのFTPサイトから公開されました。 その後、2016年5月に、核磁気共鳴法（NMR）と電子顕微鏡法（3DEM）による構造に対しても、検証レポートが公開されました。 検証レポートは、FTPサイトに加えて、各パートナーのウェブサイトからもご利用頂けます。 （RCSB PDB、 PDBe、 PDBj）

X線結晶構造に対しては、スタンドアロンの検証サーバを利用して、検証レポートをオン・デマンドで作成することができます。 NMRやEMによって決定した構造についても、間もなく利用できるようになる予定です。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

新しい形式の検証レポートは、X線結晶構造やNMR、EMによって決定された構造の、新しい登録に対して、提供されています。 そのための基礎的計算が正常終了する必要があります。 例えば、中性子線回折による構造には、現在、検証レポートは提供されていませんし、 しばしば、ソフトウェアの問題のために、ある構造の検証レポートが作成されません。 （ソフトウェアの開発者と協力して、そのような問題をできるだけ早く、修正しようと努力しています） 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問 ...

登録構造に対する検証レポートは、wwPDBのアノテーションパイプラインの一環として生成され、公開タイミングには影響しません。 構造が登録されると、次の週のPDB更新処理の中で、登録者一覧、タイトル、公開条件のみが、公開されます。 （もし登録者が許可している場合には、配列の事前公開とも連動します） 登録者は、wwPDB登録ツールを使って、 タイトルや登録者名を、座標の公開まで、非公開にする選択をすることもできます。 アノテーション処理が行われたPDBエントリーを登録者が確認・承認すると ...

論文の投稿過程（論文が出版されるまで投稿情報は機密情報として扱われます）と同様に、 PDBエントリーの公開以前は、一般に公開される情報は限られています。 （次のFAQ 2-2もご覧ください。） 機密情報である検証レポートは、登録者のみに送付されます （このレポートを論文と一緒に投稿するかどうかは登録者が選択できます）。 この検証レポートには、配置のチェック、構造因子の検証、リガンドの検証結果が記載されます。 座標や実験データは、レポートには含められていません。 wwPDB検証レポート ...

eProtS（蛋白質構造百科事典） eProtS（イープロッツ）は「蛋白質構造百科事典（Encyclopedia of Protein Structures）」の略です。 一般の方を対象として、分子の構造と機能に関して解説しており、教育用コンテンツとしても利用できます。 wikiに基づくシステムを用いており、記事を閲覧するだけでなく、登録・編集することもできます。 URL: http://pdbj.org/eprots/index_ja.cgi 今月の分子 RCSB ...

2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。 2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）で決定した原子座標をPDBへ登録する場合、マップを座標と同時に登録するか、座標より前にEMDBへ登録しておくことが必要になります。 マップと原子座標は、wwPDBのパートナーの各登録サイトから、統合化されたPDB、EMDB、BMRB登録ツールを使って、登録できます。 RCSB PDB (http:// ...

[ASHについて] ASH（Alignment of Structural Homologs、アッシュ）はPDBjで開発されている３次元構造アライメント（立体構造の類似度比較）を行うプログラムです。 初期のASHは藤 博幸によって作られました[1]。 比較アルゴリズムの中心は Orengo と Taylor による二重動的プログラミングアルゴリズム[2]に、Daron M. Standley による NER（Number of Equivalent Residues、等価残基数）に基づく新しいスコア関数 ...

PDBjのFTPサイト ftp://ftp.pdbj.org/RDF/sifts/ で、SIFTSのRDF版が公開されました。 SIFTSはGene Ontologyや、分類学（生物種）、構造的な分類（SCOPやCATH）、酵素番号、UniProt配列との対応などのアノテーションを提供していますが、これをRDFとして公開することで、様々なサイトが提供するその他の多くのRDFデータと容易に統合することができます。

VisLab OSAKA（グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F）にて、All-in-one 合同講習会 2016 ～バイオビッグデータ解析入門～が開催されます。" /> 7月23日（土）、VisLab OSAKA （グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F）にて、All-in-one 合同講習会 2016 ～バイオビッグデータ解析入門～が開催されます。 詳細・講習会へのお申込みは、開催案内ページを御覧ください。

PDBデータを登録する際は、ORCIDコードと助成金情報を入力してください。 wwPDBは、アノテーションや追跡をよりよくするために、登録者がPDBデータを登録する際に、 ORCIDコードと研究助成金に関する情報を提供することを推奨します。 ORCIDは、研究者ごとに唯一に決まるコードです。 そのため、このコードを使用すると、PDBやBMRB、EMDBエントリーの著者が誰であるかを特定する際に、 曖昧性を排除できます。 ORCIDコードは、http://orcid.orgからご登録ください。 ...

wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）は、 生体高分子の立体構造データを集めたPDBアーカイブを 世界中の利用者に無償で公開し、運営していくことを使命としています。 wwPDBのウェブサイトは、各パートナーのウェブサイトや、登録サイト、データ定義辞書やファイルフォーマットに関する情報へのリンクを提供しています。 6月30日以降は、wwPDBウェブサイトは、wwPDB.org又はPDB.orgで アクセスできるようになります。 ...

PDBetaウェブサービスは終了しました。 今後はPDBetaプログラムをダウンロードし、ローカルでご利用頂くようお願いします。プログラムの更新は継続していく予定です 。