実験手法が「SOLUTION NMR」(溶液NMR)であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 実験手法が「SOLUTION NMR」(溶液NMR)であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE 6 = ANY(exptl_method_ids) タグ - brief_summary - 実験情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な実験 ... |
雑誌の巻番号が555であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の巻番号が555であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{"555"}' && citation_volume タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) - 2つの配列に共通要素があるか調べる(重複、&&) |
雑誌の発行年が2001であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の発行年が2001であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{2001}' && citation_year タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) - 2つの配列に共通要素があるか調べる(重複、&&) |
雑誌の発行年が1991年、巻番号が266、実験手法が「X-RAY DIFFRACTION」(X線回折)であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌の発行年が1991年、巻番号が266、実験手法が「X-RAY DIFFRACTION」(X線回折)であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{1991}' && citation_year AND '{"266"}' && citation_volume AND '{1}' && exptl_method_ids タグ - ... |
簡易検索 - 検索サービス - PDBj Mine - 簡易検索 [基本的な使い方] PDBj各ページ上部にある検索ボックスを使って、以下の内容を対象にしてエントリーを検索することができます。 結果は、条件に適合したエントリーの一覧が簡単な要約付きで表示されます。 - PDB IDまたはキーワード - アミノ酸または核酸配列 - 著者名 |
関連データベース情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 関連データベース情報 関連データベースに関する情報は下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 db_pubmed 各論文のPubmed ID db_doi 各論文のDOI db_ec_number 含まれる各分子の酵素番号(ある分子のみ) db_goid 各分子に関係する用語(GO、Gene ... |
生物種情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 生物種情報 分子の遺伝子源生物や、発現に使った生物の情報は下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 biol_species エントリーに含まれる各分子の由来生物種名(学名、一般名) host_species エントリーに含まれる各分子をつくるのに使った生物の学名 (遺伝子源生物とは異なる生物を使って発現さ ... |
実験手法 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 実験手法 項目名 内容 exptl_method 実験手法名のリスト exptl_method_ids 実験手法名番号のリスト exptl_method_idsの実験手法名番号は下記のように数値で定義されています。条件を指定する際は該当する数値で指定して下さい。 1. X線回折(X-RAY DIFFRACTION) 2. 中性子回折(NEUTRON DIFFRACTION) 3. 繊 ... |
エントリーの概要、キーワード - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - エントリーの概要、キーワード 分子の説明やキーワードは下記の項目から得ることができます。 WHERE節を併用すれば 条件に合ったエントリーの概要だけを抽出できます。 項目名 内容 struct_title エントリーの名称。分子の簡単な説明を記した文字列。 keywords エントリーに関連するキーワード。 - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る |
PDBID一覧、件数 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - PDBID一覧、件数 pdbid列の情報を参照することでPDBIDを得ることができます。 WHERE節を使って条件をつけることにより 条件に合ったエントリーのPDBIDだけを抽出することもできます。 また、COUNTを使って条件に合うエントリーの数を得ることもできます。 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリーの全件数を得る - PDBIDが「1g」で始まるエントリーの ... |
遺伝子オントロジー(GO)のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 遺伝子オントロジー(GO)のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid FROM gene_ontology_pdbmlplus e WHERE e.namespace='biological_process' AND e.name='tricarboxylic ... |
[wwPDB] PDBアーカイブの検証レポートが更新されました。 PDBアーカイブの全てのエントリーについて、検証レポートが更新され、レポート内の統計グラフも、2017年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなっています。 また、CCP4/Refmac (7.0 v44)、Phenix (1.13)、Mogul (2018)など、更新されたソフトウェアやCSDアーカイブ(as539be)が使用されています。 電子密度に上手くフィットしないリガンドを識別するために、これまではLLDF統計が使用されてきましたが、 実空間R因子(RSR>0.4) と実空間相関係数( ... |
1-2) \ "Preliminary"な検証レポートとは、 検証サーバで生成されるレポートや、 構造が最初に、登録・アノテーションシステムで登録されるときに、生成されるレポートのことを呼びます。 この初期のレポートには、行われるチェックに関して以下の制限があります。 - 構造の一次配列は座標ファイルから取得されます。 この配列が、登録者や外部データベースの高分子の一次配列に一致するかどうかのチェックは行われません。 - ある化合物IDのリガンドが、一般に公開されているwwPDBの化合物定義(wwPDB ... |
[wwPDB] wwPDBのバイオキュレーションに関する論文が公開されました。 学術雑誌 Databaseから、論文 Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data が公開されました。 PDBに登録されたデータは全て、wwPDBのバイオキュレーター(アノテーション、キュレーション処理担当者)によって、厳格な審査を受けます。 処理担当者は、構造データが首尾一貫しているか検査を行い、規定の用語を使って標準化し、 他の生 ... |
2月20日、大阪大学蛋白研セミナー/PDBj & BINDS 合同講習会「生命科学のための立体構造データの使い方入門」を開催します 2018年2月20日(火)、大阪大学吹田キャンパスにて、大阪大学蛋白研セミナー / PDBj & BINDS 合同講習会を開催します。 PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データには、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報が含まれています。本講習会では、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、初心者にもわかりやすく説明します。また最近注目されているクライオ電子顕微鏡によるデータの解説や、創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)による研究支援申 ... |
構造ビューアでスケールを表示 - 万見(JSmol) 構造ビューアJSmolで単位講師の軸を表示し、 目盛りをつけることでものさし(スケール)相当のものを表示することができます。 万見での表示例を以下に示します。 1. 万見にアクセス 万見にアクセスします。 2. 構造ビューアをJSmolに変更 画面右のメニューパネルの一番下にある「オプション」をクリック。 構造ビューアの分子を「Molmil」から「Jmol/JSmol」に変更。 3. 構造を読み込み構造ビューアで開く 任意の構造を読み込む(例:PDB-1crn) ... |
jV 4.5.4を公開しました PDBjのJava分子ビューアjVの新たなバージョン4.5.4を公開しました。 変更内容はコード署名に用いている証明書の更新だけで、機能上の変更点はありません。 Javaアプレットを埋め込んだウェブサイトを運営されている場合は更新が必要な場合があります。詳細は以下をご覧ください。 利用種別 対処 備考 バイナリファイル(jar)版 更新の必要なし 既にローカルマシンにダウンロードされているjarファイルを実行するもの。 機能上の違いはなくローカルで実行する上で証明書の確認はないので更新の必 ... |
eF-surf eF-surf は PDBフォーマットファイルにある原子座標情報に基づいて 分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算する ウェブサービスです。 静電ポテンシャルはポアソン-ボルツマン方程式を解いて計算しています。 分子表面は Connolly によって作られた msroll プログラムを使って計算しています。 eF-surf トップページ eF-surf ヘルプページ |
eF-seek eF-seek は似たリガンド結合部位を検索する ウェブサービスです。 PDBフォーマットファイルの原子座標情報に基づいて計算してます。 eF-site に登録されている代表的な結合部位は、 クリーク検索アルゴリズムに基づいて検索しています。 eF-seek トップページ eF-seek ヘルプページ |
[wwPDB] PDBアーカイブの2018年1月1日付けのスナップショットを公開しました。 2018年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト (wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org)に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20180101は、 ... |
PDBj FTPサイト(PDBアーカイブ)に、HTTPでもアクセスできるようになりました。 これまでPDBjのPDBアーカイブダウンロードサービスは ftp(File Transfer Protocol)とrsyncでのみ提供してきましたが、 新たにhttp(Hyper Text Transfer Protocol)でのサービスも開始しました。 ftpやrsyncが利用できない方も、httpですべてのPDBアーカイブデータをダウンロードしていただくことができるようになりました。 - http://ftp.pdbj.org/(現行のPDBアーカイブ) - http://ftp- ... |
PDBjの新しいツールと活動を紹介した論文が、Protein Scienceから公開されました。 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.3273/full New tools and functions in Data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj) Kinjo, A.R., Bekker, G.-J., Wako, H., Endo, S., Tsuchiya, Y., Sato, H., Nishi, H., Kinoshita, K., Suzuki, H., ... |
PDBj MineのMine2 関係データベース(RDB)が新しくなりました。 新しいバージョンのRDBには、化合物(cc)、化合物モデル(ccmodel)、BIRD(prd)の新しいスキーマが加わりました。 また、PDBj Mine2のスキーマも、pdbx-v50-v5.287へ更新しました。 cc、ccmodel、prdについては、ダンプファイルをダウンロードしてご利用ください。次週からは、差分ファイルをご利用頂けます。 RDBヘルプページもご覧ください。 |
[wwPDB] PDB検証レポートの概要に関する論文がStructure誌で公開されました wwPDBが作成した構造検証レポートに焦点を当てた論文(Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure doi: 10.1016/j.str.2017.10.009)が発表されました。 その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検証レポートが登録者に提供できるようになり(PDBjニュース)、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述されています(PDBjニュース)。 2016年の始めには ... |
12月6日~9日、ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会にて、ブース出展とフォーラム発表を行います。 ConBio2017 2017年度生命科学系学会合同年次大会 (2017年12月6日(水)~9日(土) 神戸ポートピアアイランド) ブース展示:「使ってみようバイオデータベース-つながるデータ、広がる世界」 ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベー ... |