PDBエントリー 1iqq の文献のPubMed ID(citation/pdbx_database_id_PubMed の値)を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1iqq の文献のPubMed ID(citation/pdbx_database_id_PubMed の値)を得る 検索はこちら SELECT "pdbx_database_id_PubMed" FROM citation WHERE pdbid='1iqq' 注意:項目名(カラム名)に大文字を含む場合、項目名は引用符で囲んでください。そうしないと小文字に変換され、正しい結果が得られません。 タグ ... |
PDBエントリー 1ao8 と 1ai9 それぞれの文献に対する PubMed ID(citation/pdbx_database_id_PubMed の値)を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1ao8 と 1ai9 それぞれの文献に対する PubMed ID(citation/pdbx_database_id_PubMed の値)を得る 検索はこちら SELECT pdbid, "pdbx_database_id_PubMed" FROM citation WHERE (pdbid='1ai9' OR pdbid='1ao8') AND "pdbx_database_id_DOI" IS NOT NULL ... |
PDBIDが「1i」で始まる各エントリーの文献に対するDOI(citation/pdbx_database_id_DOI の値)を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBIDが「1i」で始まる各エントリーの文献に対するDOI(citation/pdbx_database_id_DOI の値)を得る 検索はこちら SELECT pdbid, "pdbx_database_id_DOI" FROM citation WHERE pdbid LIKE '1i%' AND "pdbx_database_id_DOI" IS NOT NULL 注意:項目名(カラム名)に大文字を含む場合、項目名は引用 ... |
PDBID 1iqq と 1ioo の実験手法(exptl/method)、単位格子の3辺の長さと角度、P値(密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値)を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID 1iqq と 1ioo の実験手法(exptl/method)、単位格子の3辺の長さと角度、P値(密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値)を得る 検索はこちら SELECT exptl.pdbid, exptl.method, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, exptl_crystal.density_percent_sol ... |
分解能が2.0Åより高いエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 分解能が2.0Åより高いエントリーのPDBIDを得る 検索は |
PDBエントリー 1nov の生物学的単位に関する情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1nov の生物学的単位に関する情報を得る 検索はこちら SELECT pdbx_struct_assembly.pdbid, pdbx_struct_assembly.details, pdbx_struct_assembly.oligomeric_count, pdbx_struct_assembly.oligomeric_details, pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ... |
生物学的単位 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 生物学的単位情報 PDBに登録されている原子座標データの単位は「非対称単位」で 必ずしも生物学的に機能する時のまとまりである「生物学的単位」と一致するとは限りません。 非対称単位と生物学的単位については以下のページも参照してください。 - 非対称単位と生物学的単位について - PDBの生物学的構造単位について 以下に生物学的単位に関する例を挙げます。 - 全エントリーの生物学的単位に関する情報を得る(生物学的単位に関する情 ... |
[wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。 蛋白質立体構造予測の国際コンテスト (CASP)は、蛋白質の立体構造モデリングの最先端技術を進歩させることを目的とした、研究者コミュニティの実験です。 1994年以来隔年で、CASPは、間もなく公開される実験構造に関する情報を集め、配列データを構造モデリングのコミュニティへ伝え、 評価のための構造のブラインド予測を収集しています。 世界中から、およそ100個のモデリング団体が参加してきました。 CASP実験の結果は、学術誌Proteinsの特別号に掲載されています (例えばCASP12)。 CASP ... |
詳細検索 - 検索サービス - PDBj Mine - 詳細検索 URL: https://pdbj.org/advancedSearch 詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。 右上のパネルには、指定できる条件の一覧が表示されています。 デフォルトでは、太字の条件項目が表示されていますが、必要に応じて、追加又は削除することができます。 - PDB ID - キーワード - エントリーのタイトル - 公開日、登録日 - 文献著者 - 文献情報 - 含まれるポリマ ... |
PDBj Mine - 検索サービス - PDBj Mine PDBj Mine はPDBjで開発した、PDBエントリーの検索サービスです。以下のような特徴があります。 1. PDBj Mine は関係データベース(PortgreSQL)を使っています。 2. 簡易検索(キーワード検索)、詳細検索、SQL検索などの検索方法を提供しています。後に挙げた検索方法の方がより詳細な検索に向いています。 3. 各種検索語には日本語が使え、自動的に英語に変換して検索が行われます。 4. 結果はウェブページで得られる他、各種フォーマ ... |
高分子鎖の中にD体アミノ酸でできたポリペプチド(polypeptide(D))だけを含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体アミノ酸でできたポリペプチド(polypeptide(D))だけを含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
DNA鎖とRNA鎖を共に含んでいるものを除いたエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - DNA鎖とRNA鎖を共に含んでいるものを除いたエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE NOT ('{3,4}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報をご覧ください。 タグ ... |
高分子鎖の中にDNA(polydeoxyribonucleotide)を含まないエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にDNA(polydeoxyribonucleotide)を含まないエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE NOT ('{3}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報 ... |
高分子鎖の中にD体またはL体のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体またはL体のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE ('{1,2}' && chain_type_ids) 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。対応については構成要素情報をご覧ください。 タグ ... |
高分子鎖の中にD体とL体両方のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体とL体両方のポリペプチド鎖を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
高分子鎖の中にD体ポリペプチド(polypeptide(D))を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体ポリペプチド(polypeptide(D))を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
公開日が2003年1月1日以降、登録日が2001年1月1日以降で、PDBIDが「2k」で始まる各エントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 公開日が2003年1月1日以降、登録日が2001年1月1日以降で、PDBIDが「2k」で始まる各エントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE release_date >= '2003-01-01' AND deposition_date >= '2001-01-01' AND b.pdbid LIKE '2k%' タグ - brief_ ... |
「1g」で始まるPDBID全てを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQLクエリ文の事例 - 「1g」で始まるPDBID全てを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE pdbid like '1g%' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) - 部分一致(LIKE) |
文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
全PDBエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す(SELECT) |
公開日が2000年1月1日以降であるエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 公開日が2000年1月1日以降であるエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE release_date >= '2000-01-01' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) |
PDB IDの全件数を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDB IDの全件数を得る 検索はこちら SELECT COUNT(pdbid) FROM brief_summary タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 件数を数える(COUNT) |
PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る 検索はこちら SELECT pdbid, struct_title FROM brief_summary WHERE pdbid='1gof' タグ - brief_summary - エントリー情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) |
著者名(citation_author)に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 著者名(citation_author)に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
一次文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 一次文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE '{"Ito, N."}' <@ citation_author_pri タグ - brief_summary - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す(SELECT) - 対象を限定する(WHERE) - ある値が配列にあるか調べる(包含、<@,>@) |