| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 2018年に、米国保健福祉省（U.S. Department of Health and Human Services）の研究公正局（Office of Research Integrity, ORI）は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 ... |
| 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る 検索はこちら WITH t2(pdbid,chain,tax_id) AS (SELECT DISTINCT t.pdbid, t.chain, t.tax_id FROM sifts.pdb_chain_taxonomy t) SELECT e.pdbid,e.entity_id, ARRAY_AGG(DISTINCT t2.tax ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_go AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ANY(STRING_ ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM entity_poly e JOIN sifts.pdb_chain_go s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ANY( ... |
| キーワードとそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（表示順は件数の多い順でキーワードの大文字小文字は区別なし、件数が多いものから順に並べ、多いもの10件を表示） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - キーワードとそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（表示順は件数の多い順でキーワードの大文字小文字は区別なし、件数が多いものから順に並べ、多いもの10件を表示） 検索はこちら SELECT LOWER(pdbx_keywords), COUNT(entry_id) AS noe FROM struct_keywords GROUP BY LOWER(pdbx_keywords) ORDER BY COUNT( ... |
| PDBエントリー1bbtの生物学的単位生成情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1bbtの生物学的単位生成情報を得る 検索はこちら SELECT e1.assembly_id, e1.asym_id_list, e1.oper_expression, e2.oligomeric_details, e2.oligomeric_count FROM pdbx_struct_assembly_gen AS e1 LEFT JOIN pdbx_struct_assembly AS e2 ON e1. ... |
| PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る 検索はこちら SELECT e.pdbid, e.entity_id, s.chain, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_uniprot AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDとポリマー鎖数を得て、ポリマー鎖数の少ない順（昇順）に表示する - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDとポリマー鎖数を得て、ポリマー鎖数の少ない順（昇順）に表示する 検索はこちら SELECT e1.pdbid, SUM(e2.pdbx_number_of_molecules) FROM pdbx_database_status e1 JOIN entity e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE e1.pdb_format_ ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDを得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM pdbx_database_status AS e WHERE e.pdb_format_compatible='N' タグ - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 別名指定（AS） - pdbx_database_ ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、配列（chem_comp_id 表記をハイフンでつないだ値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、配列（chem_comp_id 表記をハイフンでつないだ値）を得る 検索はこちら WITH chain(pdbid,entity_id,label_asym_id) AS (SELECT e1.pdbid, e1.entity_ ... |
| アミノ酸配列でPDBエントリーを検索 - FAQ Q) アミノ酸配列でPDBに登録されているタンパク質を調べるのはどうすればよいですか？ A) PDBjページトップにある検索ボックスにアミノ酸一文字表記で検索配列を入力して検索するか、 または左メニューにあるSequence Navigatorサービスをご利用下さい。 Sequence Navigatorに関するご利用方法について詳しくは、ヘルプページもご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| PDBjウェブインターフェースのカスタマイズ [カスタマイズパネル] PDBj's new web interface's home PDBjウェブサイトのメインメニューはページの左側に配置されています。 メインメニューは、カテゴリごとに分割された複数のパネルから構成されています。 このメニューは、PDBjウェブサイトの各ページで共通です。 画面中央には各ページの内容が表示されます。 さらに追加すべき内容や機能がある場合には、右側のメニューに表示されます。 PDBjウェブインターフェースでは、ユーザが、各ページに表示されるパネル ... |
| PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、残基名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1p8jのentity_id 4番と7番について、PDBID、entity_id、label_asym_id（PDBで規定したChainID）、auth_asym_id（登録者が定義したChainID）、残基名を得る 検索はこちら WITH chain(pdbid,entity_id,label_asym_id) AS (SELECT e1.pdbid, e1.entity_id, e1.id AS label_ ... |
| 対話型チュートリアル PDBjのウェブインターフェースでは様々な新しい機能が用意されています。 その一つが対話型チュートリアルです。 このチュートリアルでは、PDBjのウェブインターフェースについて様々な機能を紹介します。 対話型チュートリアル一覧: ・ウェブインターフェースの紹介はインターフェースチュートリアルをご覧ください。 トップページのみに表示された検索バー（簡易検索）は、他のページに移動しても上部に表示されますので、いつでもご利用頂けます。 簡易検索の機能については、Mine 簡易検索のチュートリアルをご ... |
| 非ポリマー分子を含むが、pdbx_nonpoly_schemeCategoryを持たないエントリーのPDBID、entity_id、および分子の説明（pdbx_description）を得る（出力はPDBID値の小さい順） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 非ポリマー分子を含むが、pdbx_nonpoly_schemeCategoryを持たないエントリーのPDBID、entity_id、および分子の説明（pdbx_description）を得る（出力はPDBID値の小さい順） 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id AS entity_id, e1.pdbx_description FROM entity AS e1 LEFT JOIN pdbx_ ... |
| PDBID 1a14 のentity_id（鎖、分子ごとの識別ID）、label_asym_id（PDBで系統的に定義したChainID）とauth_asym_id（構造登録者が定義したChainID）との対応情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID 1a14 のentity_id（鎖、分子ごとの識別ID）、label_asym_id（PDBで系統的に定義したChainID）とauth_asym_id（構造登録者が定義したChainID）との対応情報を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.entity_id, e2.asym_id AS label_asym_id, e2.pdb_strand_id AS auth_asym_id FROM ... |
| PDBエントリーとUniProt IDとの対応情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリーとUniProt IDとの対応情報を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT pdbid, entity_id, db_code, pdbx_db_accession FROM struct_ref WHERE db_name='UNP' AND entity_id IS NOT NULL タグ - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 複数条件 ... |
| PDBｊウェブサイトをご利用いただくために PDBjウェブサイトでは、最先端の機能を実装しています。 PDBjウェブインターフェースの機能を十分にご利用頂くために、下記の、一般的に使用されているブラウザの最新版をお使い頂き、 Javascriptを有効にしてください。 最新版のブラウザは、高度な機能をもち、パフォーマンスやセキュリティが向上しています。 - Google Chrome - Mozilla Firefox - Microsoft Edge - Apple Safari - Opera 完全なWebGLへの対応は、こちらに記載さ ... |
| PDBエントリー1a14に含まれる残基の数を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1a14に含まれる残基の数を得る 検索はこちら WITH slen(pdbid, entity_id, len) AS (select pdbid, entity_id, count(*) FROM entity_poly_seq WHERE pdbid='1a14' GROUP BY pdbid, entity_id) SELECT entity.pdbid, SUM(entity.pdbx_number_of_ ... |
| キーワード（struct_keywords.pdbx_keywords）とそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数の多い順、大文字小文字の区別なし） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - キーワード（struct_keywords.pdbx_keywords）とそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数の多い順、大文字小文字の区別なし） 検索はこちら SELECT LOWER(pdbx_keywords), COUNT(entry_id) AS noe FROM struct_keywords GROUP BY LOWER(pdbx_keywords) ORDER BY COUNT(entry_ ... |
| 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.pdbid FROM citation_author e1 JOIN audit_author e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE (e1.name='Roberts, R.J.' AND e1.citation_id='primary') OR e2. ... |
| 人工合成の高分子とそうでない高分子の両方が含まれるエントリーのPDBID一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 人工合成の高分子とそうでない高分子の両方が含まれるエントリーのPDBID一覧を得る 検索はこちら WITH pdbent AS (SELECT e1.pdbid, COUNT(e2.entity_id) syncount, COUNT(e3.entity_id) natcount, COUNT(e4.entity_id) gencount FROM entity e1 LEFT JOIN pdbx_entity_src_syn e2 ... |
| PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る 検索はこちら SELECT * FROM citation_author WHERE pdbid='1gof' タグ - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - citation_authorカテゴリ |
| 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る 検索はこちら SELECT pdbid,id,pdbx_number_of_molecules FROM entity WHERE type='polymer' ORDER BY pdbx_number_of_molecules DESC LIMIT 5 タグ - エントリー情報 - 構成要素情報 - 情報を取り出す（ ... |
| EC番号が1.1.1.1であるエントリーのPDBID, entity ID, ChainID（label_asym_id）と分子名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - EC番号が1.1.1.1であるエントリーのPDBID, entity ID, ChainID（label_asym_id）と分子名を得る 検索はこちら SELECT entity.pdbid, entity.id, struct_asym.id AS label_asym_id, entity.pdbx_description FROM entity LEFT JOIN struct_asym ON entity.pdbid= ... |
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