[wwPDB] wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します
2022年2月9日より、wwPDB EMDBコアアーカイブは、データモデルのバージョン3のみをサポートし、バージョン1.9.6のヘッダファイルは廃止します。 この変更に伴い、アーカイブでのファイル提供に関していくつかの変更がありますので、その概要を説明します。
2015年にOneDepが開始されて以来、EMDBコアアーカイブ (EMBL-EBI: ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/, PDBj: ftp.pdbj.org/pub/emdb/ 又は data.pdbj.org/pub/emdb/, wwPDB mirror site: ftp.wwpdb.org/pub/emdb/) では、2つのバージョンのデータモデルを並行して管理し、また、各エントリーのヘッダファイルも2つのバージョンを提供してきました。 現在の公式EMDBデータモデルはバージョン1.9.6ですが、2015年には、EMDBエントリーに関するメタデータのより豊かな表現を容易にするバージョン3が導入されました。
このたびバージョン3が最終決定されたため、EMDBは公式データモデルのバージョンをv1.9.6からv3に変更します。これに伴い、2022年2月9日付でEMDBコア・アーカイブに3つの変更が加えられます。
- 現在のEMDBデータモデルは、<EMDBコアアーカイブ>/doc/XML-schemas/emdb-schemas/current/ に置かれたemdb.xsdというファイルの中のXSDスキーマで定義されていますが、これが最新のv3データモデル（現在はv3.0.2.6）に変更されます。
- EMDBコアアーカイブの各エントリの公式ヘッダファイルとなっているXMLファイルemd-xxxxx.xmlは、最新版のv3データモデルの構造に沿ったv3 XMLファイルになります。
- EMDBコアアーカイブでは、すべてのエントリに対してv1.9.6のヘッダファイルの提供を終了します。
現在、EMDBコアアーカイブの場所 <EMDBコアアーカイブ>/structures/EMD-xxxxx/header/にあるEMDBエントリーに対して、 以下のヘッダファイルが提供されています。
- 公式ヘッダファイル: emd-xxxxx.xml
- データモデル v3のヘッダファイル: emd-xxxxx-v30.xml
- データモデル v1.9.6のヘッダファイル: emd-xxxxx-v19.xml
ここで、現在のemd-xxxxx.xmlは、EMDBデータモデルのv1.9.6に準拠したヘッダファイルemd-xxxxx-v19.xmlの複製です。
2022年2月9日以降は、どのエントリーに対しても、提供されるヘッダファイルは以下の種類のみになります。
- 公式ヘッダファイル: emd-xxxxx.xml
- データモデル v3のヘッダファイル: emd-xxxxx-v30.xml
ここで、emd-xxxxx.xmlは、EMDBデータモデルの v3に準拠したヘッダファイルemd-xxxxx-v30.xmlの複製です。
ご質問などございましたら、info@wwpdb.org.まで英語でおたずねください。
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