[wwPDB] 拡張した8桁のPDB IDとPDB DOIがPDBx/mmCIFファイルに含まれるようになりました

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、 コードの文字数を将来的に拡張する計画を立てました（過去のニュース）。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。

以前お知らせしたように、wwPDBではPDB IDの長さを8文字に拡張し、先頭に「PDB」を付けています（例：pdb_00001abc）。

各PDB IDには対応するデジタルオブジェクト識別子（DOI）があり、これは多くの学術誌で原稿を投稿する際に必要とされ、 論文に記載されることがあります。

登録者が学術誌に情報を提供し易いように、OneDepは登録確認ページにPDB IDとDOIを表示するようにしました。

既存の4文字のPDB IDに加えて、拡張PDB IDとそれに対応するPDB DOIがPDBx/mmCIFフォーマットのファイルに含まれるようになりました。 当初は、新規公開されたPDBエントリーと更新されたPDBエントリーにのみ含まれ、後にアーカイブ全体で全てのエントリーに対して更新を行う予定です。

新しいアクセション情報はPDBx/mmCIFの _database_2 カテゴリに追加されます。

例えば、PDBエントリー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と 対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）を持ちます。

loop_
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb
WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ?

学術誌、ユーザー、ソフトウェア開発者の皆様は、コードを見直し、関連する制限を取り除くようお願いいたします。

[ wwPDB News ]