[wwPDB] John Westbrook氏の訃報

ラトガース(Rutgers)大学特任教授であり、RCSB PDBのデータ&ソフトウェア・アーキテクトのリーダーであったJohn D. Westbrook Jr.氏(1957-2021) が2021年10月18日に逝去されました。

彼はラトガース大学の同僚や世界中の人々から非常に愛され、尊敬されていて、 辛口のウィットと、データとデータ管理のあらゆる側面について考えることへの限りない熱意で知られていました。

Johnは、構造生物学や生命科学の分野で、データ取得、検証、標準化、マイニングにおけるオントロジー、ツール、インフラの開発に携わり、 長年にわたり大きな成功を収めてきました。 彼の功績により、PDBx/mmCIFのデータ辞書とフォーマットが確立され、現在のProtein Data Bank（PDB）アーカイブの基礎となりました (wwPDB.org).

25年以上前、まだ大学院生だったJohnは、高品質で信頼性の高い構造情報をデータの利用者に確実に提供するためには、 明確に定義されたデータモデルが重要であることを認識していました。 そして、生体高分子データのためのmmCIFデータ表現の主要な設計者となりました。 シンプルな文脈自由文法（列幅の制約なし）に基づいて、データはキー・バリュー形式または表形式で表示されます。 共通のデータ項目（原子や残基の識別子など）の関係は、PDBx辞書(mmcif.wwpdb.org)に明示的に記載されています。 PDBx/mmCIFフォーマットを使用することで、ソフトウェアアプリケーションは、あらゆるPDBエントリー内の参照整合性を評価・検証することができます。 mmCIF技術の主な強みは、ソフトウェアからアクセス可能なメタデータ群が豊富で拡張性が高いことです。

現在のPDBx/mmCIF辞書には、高分子の構造決定に関わる実験や構造そのものの記述など、6,200以上の定義が含まれています。 このスキーマの最初の実装は、核酸を含むX線結晶構造のデータリソースであるNucleic Acid Databaseに使用されました。 今日では、この辞書がPDBのすべてのデータ管理を支えています。また、2014年からはPDBアーカイブのマスターフォーマットとして使用されています。 この辞書はまた、PDB内の低分子化学物質参照データの維持・配布に使用されている 化合物辞書（Chemical Component Dictionary：wwpdb.org/data/ccd)の基礎にもなっています。

2011年、国際蛋白質構造データバンク（Worldwide Protein Data Bank：wwPDB）の PDBx/mmCIF Working Groupが設立され、 主要な高分子結晶構造解析ソフトウェアツールでPDBx/mmCIFフォーマットファイルを直接使用できるようにし、 より大きな高分子構造をPDBに登録するために必要なフォーマット拡張に関する提言を提供することになりました。 これにより、リボソームのような高分子機械を単一のPDB構造として（原子座標が異なるx,y,zファイルに分散している分割エントリーではなく） 解析できるようになり、PDBアーカイブの進化の重要な一歩となりました。 2019年には、登録の際にPDBx/mmCIFフォーマットファイルの提出を必須とすることが発表されました (Adams et al. Acta Crystallographica D75, 451-454)。

Johnは、PDBx/mmCIF辞書とフォーマットの成功を確かなものにするために、コミュニティの幅広い専門家と協力して、 高分子のX線結晶構造解析実験、3次元低温電子顕微鏡実験、NMR分光実験、蛋白質や核酸の構造的特徴、 回折画像データ、タンパク質の製造・結晶化プロトコルなどの記述を包含するようフレームワークを拡張してきました。 最近では、X線自由電子（XFEL）法や、統合的またはハイブリッド法（I/HM）に対応したデータ表現の開発に力を入れています。 現在、プロトタイプのPDB-Devアーカイブ(pdb-dev.wwpdb.org)に格納されているI/HM構造は、 急速に進化している異種の実験リポジトリ間でのデータ交換に新たな課題をもたらしました。 また、PDB-DevでI/HM構造を適切に管理するためには、PDBx/mmCIFのデータ辞書を拡張して、粗視化モデルやマルチスケールモデルを含める必要がありました。 これは、クライオ電子トモグラフィーやその他のバイオイメージング手法を用いて、高分子構造を研究するために不可欠なものです。

Johnは、生物学や構造生物学の分野で相互運用やデータ統合を可能にするコミュニティのデータ標準化に幅広く貢献してきました。 彼の取り組みには、(i)複雑化する高分子構造データの記述、(ii)I/M技術を含む新しい実験手法の表現、 (iii)様々な生物医学リソースとの統合を促進するために必要な生物学的コンテキストの拡大、などが含まれます。 Johnの研究は、生体高分子の結晶学的および関連する構造データを、科学分野の主要なリソースに結びつけるための中心的な役割を果たしています。 彼の努力は120以上の査読付き出版物に記載されており、そのうちの1つは、Web of Scienceによれば21,000回以上引用されています (Berman et al. Nucleic Acids Research 28, 235-242)。 また、最も影響力のある8つの論文がInternational Tables of Crystallographyに掲載されています。

また、Johnは長年にわたり結晶学界に貢献しており、2016年には国際バイオキュレーション学会から第一回バイオキュレーションキャリア賞を受賞しました。

国際結晶学連合(IUCr)では、CIF規格維持委員会（COMCIFS）、データ回折登録委員会（DDDWG）、データ委員会（CommDat）のメンバーを務めました。 また、Acta Crystallographica Section Fの共同編集者を務めました。

米国結晶学会の長年の会員であり、データ、標準化及び計算委員会(Standards & Computing Committee)に所属していました。 また、研究データ同盟(Research Data Alliance)のメタデータ研究会(Metadata Interest Group)にも所属していました。

Johnには、妻のBonnie J. Wagner-Westbrook（Ed.D.）、 義母のJoan N. Wagner（ニュージャージー州クリントン郡区）、 Chandler Turner（バージニア州ポーツマス）、 Ann (Turner) Heyes（オーストラリア・タスマニア）、 Louise (Turner) Brown（カリフォルニア州オークランド） など、多くの親戚がいます。

2021年11月6日（土）午後2時から4時(EST)まで面会が行われ、午後4時から追悼式が行われます。 場所は、Scarponi-Bright Funeral Home, 26 Main Street, Lebanon, NJで、埋葬は非公開で行われます。

追悼の意を込めて、Capicatsまたは任意の団体にご寄付いただけます。

詳細情報は、Scarponi-Brightでご覧いただけます。

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