[wwPDB] 化合物の定義ファイルとアーカイブの一覧ファイルへのアクセスを改善しました

低分子の定義ファイルへのアクセスを改善 （新しいディレクトリ：/pdb/refdata/）

化合物辞書(Chemical Component Dictionary, CCD)とBIRD辞書 (Biologically Interest molecule Reference Dictionary)の 個々の定義ファイルが、PDBアーカイブ内の新しいFTPツリーからアクセスできるようになりました。 ユーザーからの要望に応えて、これら個別のCCDとBIRDのエントリーファイルは、 それぞれ /pdb/refdata/chem_comp/ と /pdb/refdata/bird/ に、最後の文字のハッシュをサブディレクトリとして配置されました。

例えば、化合物コードD8CとBIRD PRD_001068の定義ファイルは、以下の場所に保管されます。

• /pdb/refdata/chem_comp/C/D8C/D8C.cif
• /pdb/refdata/bird/prd/8/PRD_001068.cif

PDBアーカイブが保有する情報へのアクセスを改善 （新しいディレクトリ：/pdb/holdings/）

新しい一覧データファイルを参照すると、アーカイブ内のデータの概要を簡単に確認できます。 これらのファイルは、拡張が容易なJSON形式で記述され、新しいFTP内のディレクトリ/pdb/holdings/の下に配置されています。

一覧ファイルには以下の種類があります。

• all_removed_entries.json.gz ・・・削除されたPDBエントリー（廃止、モデル）、登録者、エントリーのタイトル、公開日、廃止された日、そして（もしあれば）置換後のPDB IDが記載されたリスト
• current_file_holdings.json.gz ・・・公開済みPDBエントリーと、PDBコアアーカイブ内の各エントリーに存在するファイル種別 （例：座標データ、実験データ、検証レポート等）のリスト
• obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• refdata_id_list.json.gz ・・・公開済みの化学物質参照エントリー、内容種別（例えば、化合物、BIRD）、参照ファイルの最終更新日時のリスト
• released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• unreleased_entries.json.gz ・・・未公開のPDBエントリーとステータス、登録日、事前公開配列情報のリスト

これまで、/pdb/derived_data/配下に提供されてきた一覧（インデックス）ファイルは、当面は更新されますが、 最終的にはPDBアーカイブから削除されます。ユーザーの皆様は、新しい一覧ファイルをご利用ください。

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