[wwPDB] wwPDBは設立20周年を迎えます

今から20年前の2003年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手法で決定された 生体高分子の蛋白質構造データであるコアアーカイブ（Protein Data Bank Core Archive）を運営するために、 RCSB蛋白質構造データバンク(RCSB PDB, 米国)、 欧州蛋白質構造データバンク(PDBe)、 日本蛋白質構造データバンク(PDBj)が パートナーシップを結んで国際蛋白質構造データバンク（Worldwide Protein Data Bank）を設立しました。

それ以来、wwPDB の協力関係は拡大し、NMR分光学的研究から得られたスペクトルや定量データのコアアーカイブを担当する 生体高分子NMRデータバンク（BioMagResBank, BMRB, 米国)、 電子顕微鏡構造解析(3DEM)や電子線トモグラフィーから得られた3Dボリュームや関連情報のコアアーカイブを担当する 電子顕微鏡データバンク (Electron Microscopy Data Bank, EMDB, 英国) がパートナーとして加わりました。 wwPDBのパートナーは、FAIR原則を遵守して検索、アクセス、相互運用、再利用可能を可能とし(2)、 最も利用しやすいCreative Commons CC0 1.0 Universal License のライセンスの下で、全てのアーカイブデータを無償で利用制限なく公開しています。

wwPDB設立20周年の年に、中国蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank China, PDBc)を準会員として迎えることをアナウンスいたします。 PDBcは、上海科技大学のSIAISおよびiHuman研究所の支援を受けて国立上海蛋白質科学研究施設を拠点としています。 wwPDBはPDBjのリーダシップの下で、PDBcがwwPDBに参加する経緯を解説する論文をActa Cryst Dへ投稿しました (PDF, 3)。 PDBcはwwPDBの日米欧の地域センターからトレーニングとサポートを受けて、中華人民共和国で研究している構造生物学者による 3つのwwPDBコアアーカイブ（PDB，BMRB，EMDB）への登録のほとんど（可能であれば全て）を処理することが期待されています。

PDBはその設立から今日まで国際的に唯一の生体高分子の構造データアーカイブです。20年前のwwPDBの設立によってPDBの貴重なデータが 厳密に品質管理され、引き続き無料で世界中の研究者に利用できることを保証しています。

• (1) Helen M. Berman, Kim Henrick, Haruki Nakamura. (2003) Announcing the worldwide Protein Data Bank. Nat Struct Biol 10: 980. doi: 10.1038/nsb1203-980
• (2) wwPDB consortium (2019) Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data, Nucleic Acids Research 47:D520–D528 doi: 10.1093/nar/gky949
• (3) Wenqing Xu, Sameer Velankar, Ardan Patwardhan, Jeffrey C. Hoch, Stephen K. Burley, Genji Kurisu (2023) Announcing launch of Protein Data Bank China (PDBc) as an Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Partnership Acta Cryst. D, submitted (PDF)

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