1月18日(月)・19日(火)、CiCLE講習会・蛋白研セミナー「単粒子解析リモート講習会」を開催します

開催趣旨

近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本リモート講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電子顕微鏡の原理と実験手続き、単粒子解析の原理、画像処理、三次元再構成、 原子モデリングについての講義と講習を行います。遠隔による講義のため、本格的な実習はできませんが、動画や実データの配布を行うことで、できるだけ体感的な講習を行います。

主催

医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE)「タンパク質構造解析のハイスループット化へ向けた装置開発」、大阪大学蛋白質研究所

日程

2021年 1月18日(月)、19日(火)

開催方法

ZOOMによるウェビナー形式での開催

定員

100名程度 (先着順)

参加費

無料 (事前登録必要)

参加申込

参加申込フォームよりお申込みください。(申込期限：1/12(火) 17:00まで）
参加申込後にリモート会議のアドレスをメールで送付いたします。

ソフトウエアの事前インストールのお願い

あらかじめ、以下のソフトをお使いのPCに インストールしておいてください。
1) Comment Screen (1/18の講義中に使用します)
2) UCSF Chimera (1/19の計算機演習で使用します)
3) Coot (1/19の計算機演習で使用します)

*インストール手続きは以下にご案内します。

Comment Screenのインストール方法

https://commentscreen.com/#downloadからWindows版、もしくはMacintosh版を ダウンロードしてインストールを行ってください。

UCSF Chimeraのインストール方法

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.htmlのサイトから、ダウンロードしインストールを行ってください。 Windows, MacOS X, Linux版があります。最新版は1.15です。非商用目的での使用のみ無料で用いることができます。 Windows版のダウンロード手続き、および Mac版のダウンロード手続きを参考にしてください。

Cootのインストール方法

0.8.9か0.9.2の版をインストールしてください。いくつかのインストール法があります。

• Windowsの場合
• WinCootのページ(https://bernhardcl.github.io/coot/wincoot-download.html) からダウンロードして、インストールできます。　[Download WinCoot 0.8.9]をクリックすると、0.9.2の版がインストールできます。
• https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/cootのページ 　からCoot 0.8.9のWindows版をダウンロードできます。
• CCP4のページ(http://www.ccp4.ac.uk/download/#os=windows)から、 CCP4をインストールすると、Coot 0.8.9もいっしょにインストールされます。 　
• MacOS Xの場合
http://www.ccp4.ac.uk/download/#os=macのサイトからCCP4をインストールすると、 Coot 0.8.9も同時にインストールされます。

講義・講習の担当

Christoph Gerle（大阪大学 蛋白質研究所）、牧野 文信(日本電子)、加藤 貴之（大阪大学 蛋白質研究所）、
川端 猛（大阪大学 蛋白質研究所）、田中 秀明（大阪大学 蛋白質研究所）

お問い合わせ

PDBjのお問い合わせページ をご利用ください。

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<スケジュール>

2021年1月18日(月)

13:00－13:05	「開会の挨拶」中川 敦史
13:05－15:00	「低温電子顕微鏡入門」Christoph Gerle	[講義資料]
15:10 – 16:00	「JEOLの低温電子顕微鏡の紹介」牧野 文信	[講義資料]
16:10 – 18:00	「単粒子解析の原理」加藤 貴之

2021年1月19日(火)

13:00－15:00	「Relionによる電顕画像処理」川端 猛、加藤 貴之	[講習資料]	講習会の様子 [YouTube]
講習会用電顕画像データ: EMPIAR-10291_50mic.tar パソコン用の講習会データ [2D画像(img)・3D密度マップ(mrc)データ(EMPIAR-10291_50mic_2Dimg_3Dmrc.zip)(150 MB)] [2D画像(img)・3D密度マップ(mrc)データ(EMPIAR-10291_50mic_2Dimg_3Dmrc.tar.gz)(150 MB)]			講習ビデオ：Innexin-6を題材にしたRelion 3.1の講習　-- 画像の前処理 -- [YouTube]
15:10 – 16:00	「Relionによる三次元再構成」川端 猛、加藤 貴之	[講習資料]	講習会の様子 [YouTube]
[補足資料:Relionの背景にあるベイズ理論] [補足資料：「UCSF Chimeraによる原子モデルのフィッティング」			講習ビデオ：Innexin-6を題材としたRelion 3.1の講習 : 2D分類と3D分類 [YouTube]
16:10 – 17:55	「Cootによる原子モデリング」田中 秀明	[講習資料]	講習会の様子 [YouTube]
モデリング演習用のマップ・原子モデルデータ [モデリング用データ(EM_koushuukai.zip)(53 MB)] [モデリング用データ(EM_koushuukai.tar.gz)(53 MB)]			講習ビデオ：Cootによる原子モデリング [YouTube]