CiCLE: クライオ電顕単粒子解析 データ処理講習会

開催趣旨:近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電顕画像取得後のデータ処理のノウハウを、実際に計算機を使った講習会形式で体験していただきます。 日本電子のクライオ電子顕微鏡CRYO ARMで撮影された画像を題材として、3次元画像再構成、原子モデルの作成の講義・講習を行います。

主催
医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE) 「タンパク質構造解析のハイスループット化へ向けた装置開発」
日時
2019年6月20日(木)、21日(金)9:00~17:30
場所
大阪大学 蛋白質研究所 本館7階セミナー室・構造解析研究棟3階ワークステーション室
参加費
無料
申し込み
参加申し込みフォームよりお申込みください。
申し込み締め切り日時
2019年5月24日(金) 17:00 ※参加申し込み者多数のため、締め切りを早めました。
2019年6月13日(木)17:00 ※参加希望者多数の場合、早めに締め切る場合もございます。
定員
約10名
※受講希望者が定員を超えた場合は、受講希望理由・申し込み順などを参考にして、 こちらでセレクションさせていただきます。実際に電顕の使用を予定している方、 電顕のデータ処理の研究を考えている方を優先いたします。
講義・講習の担当
川端 猛(大阪大学・蛋白質研究所)、加藤 貴之(大阪大学大学院・生命機能研究科)、 田中秀明(大阪大学・蛋白質研究所)、栗栖 源嗣(大阪大学・蛋白質研究所)、難波 啓一(大阪大学大学院・生命機能研究科) 
講習の内容
日本電子 CRYO ARMで撮影された2Dの顕微鏡画像群を用いて、単粒子解析の3次元画像再構成と原子モデリングの講習を行います。3次元再構成は、Relion を用いて、チュートリアルに基づいて行います。原子モデリングは、UCSF Chimera、gmfit、Phenix、COOTを用いて行います。
実行計算機環境について
演習に必要な計算機はこちらで全て準備します。ご自分のPCを持参していただく必要はありません。 3次元再構成は、一人1台のWindowsノートPCから、GPUマシンに遠隔ログインして実行します。 原子モデリングは、二人一組で1台のワークステーションを使用して行う予定です。 GPUマシン、ワークステーションのOSはLinuxです。
お問い合わせ
PDBjのお問い合わせページ をご利用ください。

<プログラム>


2019年6月20日 (木)
講義 (本館7階セミナー室)
9:15-9:30:
講習会の趣旨の説明(栗栖、難波)
9:30 - 10:50:
単粒子解析の理論の概要(加藤)
11:00- 12:00:
Relionの背景にあるベイズ理論(川端)
(休憩・昼食)
実習 (本館7階セミナー室)
13:30 - 17:00:
Relionを用いた単粒子解析 I(加藤、川端)
(動画補正、CTF推定、粒子ピッキング、2D分類、初期3Dマップ)

2019年6月21日 (金)
実習 (本館7階セミナー室)
9:30 - 10:30 :
Relionを用いた単粒子解析 II(加藤、川端)
(初期3Dマップの作製、3D分類による精密化)
講義(本館7階セミナー室)
11:00 - 12:00:
剛体フィッティングによるモデリング法(川端)
(休憩・昼食)
講義(本館7階セミナー室)
13:30 - 14:30 :
デノボモデリングと精密化計算(田中)
実習(構造解析研究棟 3階ワークステーション室)
15:00 - 16:00 :
UCSF Chimeraとgmfitを用いた剛体フィッティング(川端)
16:00 - 17:30 :
COOTとPhenixによるデノボモデリングと精密化計算(田中)

作成日: 2019-05-14 (最終更新日: 5 months ago)2019-05-23