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[wwPDB] 新規登録の化合物を含むPDBエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットでは提供されません

このページの他言語版もあります: English

PDBで使用してきた3文字の化合物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5文字の英数字アクセッション・コードの発行を開始しました。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されます。5文字のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されません。 (過去のニュースもご覧ください)。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください 。 PDBx/mmCIFについての情報は、mmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]


作成日: 2023-12-14

222926

件を2024-07-24に公開中

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