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遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

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PDBjで公開された日本人遺伝子変異情報と蛋白質の配列・構造をつなぐ新しいポータルサイト(例 UniProt ID: P20813)
PDBjで公開された日本人遺伝子変異情報と蛋白質の配列・構造をつなぐ新しいポータルサイト(例 UniProt ID: P20813)

国立大学法人大阪大学 蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク(Protein Data Bank Japan :PDBj 代表 栗栖源嗣教授)※1と国立大学法人東北大学 東北メディカル・メガバンク機構(ToMMo 機構長 山本雅之教授)※2は、日本人遺伝子変異情報とタンパク質配列・立体構造情報をつなぐポータルサイトを構築し、PDBjの新しいサービスとして公開しました(https://pdbj.org/uniprot/)。

新しいポータルサイトには、ToMMoが構築している日本人多層オミックス参照パネル(jMorp:Japanese Multi Omics Reference Panel 代表 木下賢吾教授)※3収録の遺伝子変異へのリンクが掲載されているだけでなく、変異をタンパク質の立体構造上に簡単に表示するツールも実装しています。遺伝子変異とタンパク質の立体構造の対応づけは、煩雑な作業が必要ですが、今回開発したポータルサイトにより、簡単に対応関係を調べることができるようになりました。

タンパク質立体構造情報と遺伝子変異情報の医学・創薬への利用を加速し、新たな治療標的の発見や治療方法の開発に役立つことで、プレシジョンメディシンの進展につながると考えられます。

詳細は以下のサイトをご参照ください。

遺伝子変異とタンパク質の立体構造をつなぐ 新しいポータルサイトを公開! ~創薬への応用に期待~ - 大阪大学 蛋白質研究所

用語説明

※1 日本蛋白質構造データバンク(Protein Data Bank Japan :PDBj 代表 栗栖源嗣教授)

URL: https://pdbj.org/

日本蛋白質構造データバンク(PDBj: Protein Data Bank Japan)は、2000年に大阪大学蛋白質研究所に共同利用・共同研究拠点活動を担う組織として設置されました。20年にわたりアジア・中東地区からのタンパク質や核酸の立体構造情報を収集・編集・登録し、米国RCSB、BMRBおよび欧州 PDBeと協力して、国際的に統一化された一つの蛋白質構造データベース(PDB)として全データを大阪大学から世界に発信しています。

※2 東北大学東北メディカル・メガバンク機構(ToMMo 機構長 山本雅之教授)

URL: https://www.megabank.tohoku.ac.jp/

東日本大震災からの復興と、個別化予防・医療の実現を目指し2012年に設立された組織で、岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構とともに、東北メディカル・メガバンク計画を推進しています。東北メディカル・メガバンク計画は、2013年より合計15万人規模の地域住民コホート調査および三世代コホート調査等を実施して、試料・情報を収集したバイオバンクを整備しています。さらにバイオバンクの試料・情報を産学問わず利活用できるよう、仕組みの整備、データベースの構築などを行っています。本計画については、2015年度より、国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)が研究支援担当機関の役割を果たしています。

※3 日本人多層オミックス参照パネル(jMorp:Japanese Multi Omics Reference Panel 代表 木下賢吾教授)

URL: https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/

日本人多層オミックス参照パネル(Japanese Multi Omics Reference Panel:jMorp)は、東北 大学 東北メディカル・メガバンク機構 (ToMMo) が、 東北メディカル・メガバンク計画におけるコホート調査にご参加いただいた方のゲノム・オミックスデータを解析し、その統計データを公開しているウェブサイトです。jMorp は、2015年7月にメタボローム・プロテオームデータの解析結果を公開するデータベースとして誕生し、その後、毎年アップデートを行い、ゲノム・トランスクリプトーム・メタゲノムなどのデータを追加し、現在に至ります。


作成日: 2024-11-01

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件を2025-04-23に公開中

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