新しいEDMapサービスを開始しました

本日、リニューアルしたEDMapサービスを開始しました。 新しいバージョンのEDMapは、新エントリーについては、最近、wwPDBから導入された電子密度マップ係数を表示します。 既存のエントリーに対しては、古いデータが使われますが、デフォルトのマップ表示領域が、10 Å から25 Å に大きくなるように改良されています。

新エントリーに対しては、wwPDBから提供されているマップ係数 (2fo-fc と fo-fc)の両方、またはどちらかを選べるようになっています。 一方、既存のエントリーに対しては、PDBjが作成した(2fo-fc)のオリジナルのマップ係数だけがご利用できます。 さらに、ダウンロードについて、新しいwwPDBのマップに対しては、構造因子ファイル、mmCIFフォーマットファイル、私達が作成したMTZおよび フルマップのCCP4ファイルをご利用頂けます。一方、既存のエントリーについては、これまでのパイプラインで生成されてきた精密化ファイルとともに、 構造因子ファイルとCCP4ファイルだけがご利用頂けます。 これまでのように、CCP4フォーマットで作成されたローカルマップは、両方のタイプで、ダウンロードしてご利用頂けます。

FTPサイトに保管されているデータについては、全ての新しいwwPDBマップ係数が更新されるまでの間は、我々の既存のデータは、 これまで通り、ftp://ftp.pdbj.org/edmap/から、ご利用頂けます。 wwPDBのマップデータについては、FTPサイトの"validation_reports"フォルダから公開されています。

• /pub/pdb/validation_reports/*/*/*_validation_fo-fc_map_coef.cif.gz
• /pub/pdb/validation_reports/*/*/*_validation_2fo-fc_map_coef.cif.gz

一方、MTZファイルと、CCP4ファイルにつきましては、以下の新しい"edmap2"フォルダからご利用頂けます。

• /edmap2/mtz/*_validation_fo-fc_map_coef.mtz
• /edmap2/ccp4/*_validation_fo-fc_map_coef.ccp4

リニューアルされたEDmapサービスについて、ご質問等ございましたら、PDBjお問い合わせページ より、ご連絡ください。