[wwPDB] ペプチド残基に関する主鎖の注釈と標準化が公開されました

wwPDBは、標準化された原子の命名と、ペプチド残基内の蛋白質主鎖および末端原子のアノテーションを追加し、 更新した化合物辞書（CCD）データファイルを公開しました。また、更新されたCCDを含むエントリーも更新されました。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上し、更新された ペプチド残基アノテーションを使用する新たな機会を提供します。

既にお知らせした通り、 ペプチド結合要素のCCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラベルするための新しいデータ項目が追加されました。 3つの新しいCCDデータ項目が _chem_comp_atom カテゴリ内に pdbx_backbone_flag、pdbx_N-terminal_flag、pdbx_C-terminal_flagとして追加され、 それぞれ主鎖、N末端、C末端の原子にフラグを付けます。

さらに、CCDファイル中のペプチド主鎖原子の原子命名法を標準化しました。 これは、カルボキシル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な原子命名法に従うことを保証するもので、 wwPDBサイトの文書に記載されています。 これにより、アーカイブ全体にわたってペプチド残基の主鎖原子を明確に識別することができます。

ご質問などは、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

ペプチド残基化合物辞書の修正プロジェクトは、EMBL-EBIの PDBeが中心となって行っている wwPDB共同プロジェクトであるタンパク質化学修飾（PCMs）および翻訳後修飾（PTMs）修復プロジェクトの一部であり、 BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

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