[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットと拡張PDB IDへの移行について

wwPDBは、全てののユーザーが拡張PDB IDフォーマットを採用し、 PDBx/mmCIFファイルフォーマットにできるだけ早く移行することを強く推奨します。 これには、ソフトウェアに変更を加えることや、あらゆるコミュニケーションにおいて完全な12文字のIDでPDBエントリーを参照すること、 そして周囲のユーザにも同様に対応するよう奨励することが含まれます。

拡張PDB IDへの移行について

PDBアーカイブの拡大が続く中、4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）は2028年までに全て割り当て済みになる見込みです。 アーカイブの拡大をサポートするため、wwPDBはPDB IDの長さを 「pdb_」接頭辞を含む12桁の英数字に拡張しました （例えば、「1abc 」は 「pdb_00001abc 」となり、大文字と小文字は区別されません）。 ユーザーまたはジャーナルは、接頭辞 「pdb_」を使用してPDB IDを解析/認識できるようになります。 拡張PDB IDには接頭辞とゼロを含める必要があります。

4文字のPDB IDが全て割り当て済みになると、新規エントリーには拡張PDB IDのみが付与されます。 つまり従来のPDBファイル形式のファイルは提供されません。

移行計画や、ファイルの例、FAQなどの詳細は、wwPDBサイト（ wwPDB: Extended PDB ID With 12 Characters） をご覧ください。

ユーザーは、PDBx/mmCIFフォーマット構造ファイルのデータ項目 _database_2.pdbx_database_accession を使用して、 即座に全てのPDBエントリーに拡張PDB IDを採用することができます。

例

 loop_
 _database_2.database_id 
 _database_2.database_code
 _database_2.pdbx_database_accession
 _database_2.pdbx_DOI
 PDB 2HYV pdb_00002hyv 10.2210/pdb2hyv/pdb 
 WWPDB D_1000038924 ? ? 

新しいPDB DOIフォーマット

4文字のPDB IDが発行された既存のPDBエントリーはすべて、 対応する10.2210/pdb[4-character_PDB_ID]/pdbという形式のDOIを持っており、 wwPDBのDOIランディングページが存在します。 例えば、PDBエントリー8y9m（pdb_00008y9m）のDOIは https://doi.org/10.2210/pdb8y9m/pdb です。このDOIは今後も変更されることはありません。

4文字のPDB IDがすべて使い切られると、新規のPDBエントリーには拡張PDB IDが発行され、 対応するwwPDBのDOIランディングページに紐づく新しいDOIが、10.2210/[Extended_PDB_ID]/pdbの形式で発行されます。 例えば、PDBエントリー 「pdb_10001xyz 」のDOIは https://doi.org/10.2210/pdb_10001xyz/pdb となります。

PDBx/mmCIFフォーマットへの移行について

拡張PDB IDとPDBx/mmCIFファイルフォーマットの採用を支援するため、wwPDBは、 mmCIFユーザーガイドや、 mmCIFパーサーやCIFエディターなどの ソフトウェアリソースを提供しています。

さらに、wwPDBは、拡張PDB ID（ファイル名、ディレクトリ名、データブロック名を含む）ごとに整理されたベータ版のPDBアーカイブを2026年初頭に提供する予定です。 現在のPDBアーカイブは、座標、実験データ、集合体、検証レポートなど、データの種類ごとにデータファイルを分類しています。

ベータ版PDBアーカイブの主な変更点は、 PDBバージョンアーカイブ と同じファイル構成に従って、エントリーレベルのファイルディレクトリを再編成することです。 言い換えれば、エントリーに関連する全てのデータファイルは、2文字のハッシュを持つPDB ID（拡張PDB ID）の下にまとめられます。 ベータ版PDBアーカイブのファイル構成については、今年後半にwwPDB.orgやコミュニティ掲示板でアナウンスされますので、そちらをご覧ください。

wwPDBは、2026年末までに、これらの変更点すべてを完全に採用することをユーザーに推奨します。 早期の採用は、科学コミュニティ全体における三次元生物構造データの長期的な持続可能性と相互運用性に貢献します。

特に、学術雑誌は拡張PDB IDフォーマットの採用（本文、表、データ利用可能性ステートメント(DAS)）、 掲載論文に含まれるPDB IDのCrossRef経由のwwPDB DOIランディングページへのリンクの更新、 掲載論文からリンクされているソフトウェアツール（例えば、3D可視化のためのFirstGlanceやJsmol）が 拡張PDB IDやPDBx/mmCIFをサポートしているかどうかの検証を始めてください。

ご質問やご不明な点がございましたら、info@wwpdb.org まで、英語でお気軽にお問い合わせください。 構造データへのアクセシビリティを向上させるため、皆様のご支援とご協力をお願い申し上げます。

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