[wwPDB] ペプチド残基に関するアノテーションの更新と標準化

2023年10月、wwPDBは、化合物辞書（Chemical Component Dictionary, CCD）データファイルを更新する予定です。 更新には、原子の命名の標準化やペプチド残基内の蛋白質骨格および末端原子の注釈の追加が含まれます。 更新されたCCDを含むPDBエントリーも更新されます。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上するとともに、更新されたペプチド残基アノテーションを利用する新たな機会が開かれます。

この改善プロセスの一環として、ペプチド結合成分のCCDファイルに新しいデータ項目を追加し、バックボーン、 N-またはC-末端基を形成する原子をラベル付けする予定です。 3つの新しいCCDデータ項目が、pdbx_backbone_flag、pdbx_n-terminal_flag、pdbx_c-terminal_flagとしてCCDのカテゴリ_chem_comp_atomに追加され、 それぞれバックボーン、N末端、C末端の原子にフラグを立てます。

さらに、CCDファイル中のペプチド骨格原子の原子命名法を標準化する予定です。 カルボキシル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な原子命名法に従うことを保証するために、 以下のリンク先の文書に概説されている一連のルールに従います。これにより、アーカイブ全体でペプチド残基のバックボーン原子を明確に識別できるようになります。

詳細な情報は、PDBx/mmCIF辞書の拡張やサンプルファイルを含めて、wwPDBのウェブサイトでご覧頂けます。 (GitHub; Peptide Residues Chemical Component Dictionary Remediation Documentation)

PDBデータの精密化や可視化のためのソフトウェア・パッケージの開発者は、上記情報をご確認ください。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

ペプチド残基化合物辞書の改善プロジェクトは、EMBL-EBIのPDBeが中心となって行っているwwPDB共同プロジェクトの蛋白質化学修飾（PCMs） および翻訳後修飾（PTMs）修復プロジェクトの一部であり、BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

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