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[wwPDB] 過去のPDB登録からメタデータを再利用できます

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多くの構造生物学研究者は、変異体、リガンド結合型、再精密化モデル、あるいは同一プロジェクトに由来する追加の電子顕微鏡(EM)マップなど、関連する複数の構造データを登録します。 そのたびに著者情報、文献情報、研究費情報、高分子情報、実験情報を入力し直す作業は、手間がかかるうえ、入力ミスの原因にもなります。

wwPDB OneDep登録システムでは、以前からファイルアップロードページに 「過去のwwPDB登録に基づく(Based on a previous wwPDB deposition)」という機能が用意されていました。 この機能は大幅に刷新され、X線結晶構造解析、NMR、電子顕微鏡(EM)の登録において、メタデータの再利用をより迅速かつ柔軟で、 信頼性の高いものに改善しました。

この機能を利用するには、登録者は以前の登録ID(およびそのパスワード、またはORCID認証)を提供し、 コピーするメタデータのカテゴリを選択したうえで、新しいデータファイルを通常どおりアップロードします。 選択したmmCIFメタデータは、新しい登録エントリーに注釈作業前の段階で統合されます。 その後、アップロード概要(Summary)ページには、取り込まれた項目、スキップされた項目、および取り込みが制限された項目が表示されます。 なお、元となる登録データは、現在の登録と同じwwPDBサイトで登録されたものである必要があります。

主な改善点

  • ORCID検索:認証済みユーザーは自身の過去の登録を検索できるため、パスワードを再入力する必要がありません。
  • 再アップロード対応:再アップロード時にも本機能を利用できます。
  • 選択的なインポート:登録者は、著者情報、文献情報、研究費情報、キーワード、高分子情報(新たに追加)、 および実験手法固有の情報など、必要なカテゴリのみを選択してコピーできます。
  • 高分子情報の整合性チェック:ポリマー鎖が両構造間で対応している場合に限り、エンティティのメタデータがコピーされます。
  • 実験手法に応じた保護機能:X線、NMR、EMに関するオプションは、元の登録と新しい登録が同じ実験手法に対応している場合のみ表示されます。 EMの実験情報については、再構成サブメソッドも一致している必要があります。
  • 信頼できるmmCIFデータソース:メタデータは、関連する登録エントリーの注釈済みmmCIFレコードからコピーされます。

この機能は、 deposit-pdbj.wwpdb.org のファイルアップロード(File upload)ページから利用できます。

詳しい利用方法については、wwPDB deposition FAQ および wwPDB tutorial をご覧ください。

Based on Previous Pipeline 過去の登録に基づくパイプライン

[ wwPDB News ]


作成日: 2026-07-29 (最終更新日: yesterday)2026-07-30

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件を2026-07-29に公開中

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