[wwPDB] PDBアーカイブからインデックスファイルls-lRを削除します

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/） のを活用してください。

これらの一覧データファイルを参照すれば、アーカイブ内のデータを簡単に概観することができます。 一覧ファイルは拡張性のあるJSON形式で、新しい/pdb/holdings/アーカイブツリーの下にあります。

一覧ファイルには、以下の種類があります。

• all_removed_entries.json.gz ・・・削除されたPDBエントリー（廃止、モデル）、登録者、エントリーのタイトル、公開日、廃止された日、そして（もしあれば）置換後のPDB IDが記載されたリスト
• current_file_holdings.json.gz ・・・公開済みPDBエントリーと、PDBコアアーカイブ内の各エントリーに存在するファイル種別 （例：座標データ、実験データ、検証レポート等）のリスト
• obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• refdata_id_list.json.gz ・・・公開済みの化学物質参照エントリー、内容種別（例えば、化合物、BIRD）、参照ファイルの最終更新日時のリスト
• released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• unreleased_entries.json.gz ・・・未公開のPDBエントリーとステータス、登録日、事前公開配列情報のリスト

ユーザーの皆様は、新しい一覧ファイルをご利用ください。 例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures_last_modified_dates.json.gz を使って、PDB アーカイブの更新をチェックすることができます。

ご質問などございましたら、info@wwpdb.org まで英語でお問い合わせください。

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