[wwPDB] PDBエントリー中の蛋白質の修飾の取り扱いを標準化します

蛋白質の修飾の取り扱いを標準化することで、PDBアーカイブ内で起こる蛋白質の修飾の取り扱いを統一した正しい方法にすることができます。 しかし、既存のPDBエントリーの中には、この取り扱い規約に従わない蛋白質修飾を含むものが数多く存在します。

蛋白質修飾修復プロジェクトの一環として、蛋白質修飾を含むすべてのモデル座標ファイルが再リリースされ、 新しい蛋白質修飾データカテゴリーが追加されます。 この新しいカテゴリーでは、エントリー内で観測されたすべてのPCM/PTMが、そのタイプとカテゴリーとともに一覧にされ、 より見つけやすくなります。

化合物辞書(CCD)ファイルにも新しいカテゴリーが追加されます。 そのCCDが既知のPCMであるかどうか、種類とカテゴリ、また、アミノ酸のどの位置で、ポリペプチドのどの位置で観察されるかが記載されます。 このPCMが既知のPTMでもある場合、Uniprotの一般的なPTMアクセッションIDも存在します。

最終的に、ある修飾がPDBアーカイブの中で一貫して扱われるように、PDBエントリー中で一貫して扱われていない蛋白質の修飾は修正されます。

この作業に関する詳細情報はGitHubから入手でき、PDBx/mmCIF辞書の拡張とサンプルファイル一式、および追加アノテーションの完全な情報も含まれます 。

ご質問・ご意見などは、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語でお寄せください。

蛋白質の化学修飾（PCMs）と翻訳後修飾（PTMs）の修復プロジェクトは、主に EMBL-EBIのPDBe によって実施されているwwPDB共同プロジェクトであり、BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

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