[wwPDB] PDB 次世代(NextGen)アーカイブのプロトタイプを公開しました

PDBの次世代アーカイブリポジトリのプロトタイプを公開しました。 「NextGen」と呼ばれるこのアーカイブは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式の構造モデルファイルを提供し、 新しいサイトfiles-nextgen.wwpdb.org （PDBj:https://ftp-nextgen.pdbj.org）で公開しています。 このPDBアーカイブは、 PDBメインアーカイブ（files.wwpdb.org / https://ftp.pdbj.org） の構造モデルファイルの内容に加え、 外部のデータベースリソースからのアノテーションをメタデータとして提供できる拡張版PDBアーカイブです。

プロトタイプは、UniProt, SCOP2, Pfamなどの外部リソースから原子、残基、鎖レベルで一時配列のアノテーションを提供するものです。 このマッピング情報は、EMBL-EBIのPDBeチームとUniProtチームが開発・維持するサービスである Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequence (SIFTS) プロジェクト (https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) から得られたものです。 配列マッピングは、各セグメントについて _pdbx_sifts_unp_segments および _pdbx_sifts_xref_db_segments カテゴリ、 残基レベルの _pdbx_sifts_xref_db および原子レベルの _atom_site カテゴリで提供されています。

PDB NextGenリポジトリは、現在、毎月第１水曜日の日本時間９時（UTC 0時）に更新されていますが、将来変更される可能性があります。 NextGenのファイルは、以下のサイトからご利用頂けます。

• wwPDB: https://files-nextgen.wwpdb.org, rsync://rsync-nextgen.wwpdb.org
• RCSB PDB (USA): https://files-nextgen.rcsb.org, rsync://rsync-nextgen.rcsb.org
• PDBe (UK): ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb_nextgen/
• PDBj (Japan): https://ftp-nextgen.pdbj.org

データはエントリーIDに基づき、「最後から3文字目」と「最後から2文字目」の2文字のハッシュコードで構造化されています。 このハッシュコードは、PDB IDコードに接頭語"pdb_"が付いて4文字以上に拡張されても、一貫性を保つことができます。

以下に例を示します。

• エントリー pdb_00008alyは、 https://files-nextgen.wwpdb.org/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/ でアクセスできます。
• PDBx/mmCIF と PDBML フォーマット両方のファイルがこの場所で提供され、 エントリー pdb_00008aly の場合は、以下のファイル名となります。
  • pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz
  • pdb_00008aly_xyz-no-atom-enrich.xml.gz

ご質問などございましたら、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

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