[wwPDB] PDBエントリー中の蛋白質修飾の取り扱いが標準化されました

PDBアーカイブでは、蛋白質の化学修飾（PCM）と翻訳後修飾（PTM）のアノテーションが標準化されました。

以前お知らせした通り、 PDBx/mmCIF辞書 はPCMとPTMアノテーションを強化するために拡張されました。

以下のような新しいPDBx/mmCIFカテゴリと項目が含まれます：

化合物辞書（CCD）には、

• chem_compカテゴリに 新しい項目： chem_comp.pdbx_pcm が追加され、CCDが既知のPCM/PTMであるかどうかが記載されるようになりました。
• pdbx_chem_comp_pcm という新しいカテゴリが追加され、PCM/PTM の タイプ やカテゴリ とともに、アミノ酸やポリペプチドのどの位置で観察されるかが記載されます。 このPCMが既知のPTMでもある場合は、UniprotのPTMアクセッションIDも付与されます。

原子座標ファイルでは:

• pdbx_entry_details カテゴリに 新しい項目： pdbx_entry_details.has_protein_modification が追加され、エントリーに PCM/PTM が含まれているかどうかが記述されるようになりました。
• pdbx_modification_feature と呼ばれる新しいカテゴリーで、エントリーに含まれる全てのPCM/PTMのインスタンスレベルのアノテーション及び そのタイプとカテゴリーが記述されます。

新しいアノテーションが追加されるだけでなく、既存のPDBエントリー内で不統一に扱われている蛋白質修飾が修正され、 PDBアーカイブ内で特定の修飾が一貫して扱われるようになりました。 不正なリンクレコード（struct_conn）の整備も行われています。

蛋白質の修飾を含むすべてのエントリーは、2024年10月から2025年春にかけて順次再公開されます。

この標準化により、PDBアーカイブ内で起こる蛋白質の修飾の取り扱いが統一され、検索等で見つかりやすくなります。

ご質問・ご意見などは、 deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語でお寄せください。

蛋白質の化学修飾（PCMs）と翻訳後修飾（PTMs）の修復プロジェクトは、主に EMBL-EBIのPDBe によって実施されているwwPDB共同プロジェクトであり、BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

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