[wwPDB] PDBの次世代（NextGen）アーカイブにおいて、分子内結合情報が追加されました

PDBアーカイブの次世代アーカイブリポジトリ（NextGen）のバージョン1.0が 2023年初めに公開されました。 この "NextGen "アーカイブは、PDBx/mmCIFとPDBMLの両方のフォーマットで、拡張された原子座標ファイルを保有しており、 ファイルは files-nextgen.wwpdb.orgや PDBjのfiles-nextgen.pdbj.org からダウンロードできます。

NextGenアーカイブの最初の公開では、 PDBコアアーカイブの座標ファイルに、UniProt、SCOP2、Pfamなどの外部リソースの配列アノテーションを原子、残基、鎖レベルで追加しました。 ユーザーコミュニティとの協議の結果、今回のリリースでは、エントリに存在する各残基の分子内結合性が追加され、 レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマットへの移行 を支援します。 結合情報には、PDB化合物辞書（CCD）から取り込まれた原子ペア、結合次数、芳香族フラグ、立体化学が含まれます。 ユーザーはNextGenアーカイブのPDBx/mmCIFフォーマットファイルの_chem_comp_bond と _chem_comp_atomカテゴリーから この情報を抽出することができます。

レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFに移行するため、ファイル名とデータは、 「最後から3文字目」と「最後から2文字目」の2文字のハッシュコードを持つ 拡張PDB IDに基づいて構造化されています。 このハッシュコードは、PDB IDコードがpdb_接頭辞付きで5文字以上に拡張されても一貫性を保ちます。例えば PDBエントリー8alyのcifファイルは以下になります。 https://files-nextgen.wwpdb.org/pdb_nextgen/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz。

ユーザーはできるだけ早くPDBx/mmCIFフォーマットの利用に切り替えてください。 PDBx/mmCIFフォーマットと関連ソフトウェアの詳細についてはmmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

将来的には、PDB NextGenアーカイブは、PDBアーカイブ（files.wwpdb.org や PDBjのfiles.pdbj.org） の構造モデルファイルで既に提供されている内容を基に、 メタデータに外部のデータベースリソースからのより充実したアノテーションを追加して更新され続ける予定です。

[ wwPDB News ]