[wwPDB] pdb_extractの新しい機能を使って、登録データを準備してください

pdb_extractは、構造決定プログラムの出力ファイルから、座標データ、登録者が提供するメタデータ、 データ処理情報を統合し、OneDepシステムでの容易な登録に利用できる完全なPDBx/mmCIFファイルを生成できます。 オンラインフォーム又は、再設計され簡単にインストールできる コマンドラインインターフェイス （Python）をご利用ください。

座標データ

アップロードされた座標ファイル（PDBx/mmCIFまたはPDB）は、PDBx/mmCIF辞書と照合されます。 レガシーPDBフォーマットのファイルは、OneDep標準のPDBx/mmCIFデータファイルへ変換されます。

メタデータ

PDBjのCIFエディタを使えば、テンプレートファイルを簡単に編集し、対応するメタデータ（配列、結晶化条件など）を 含めることができますので、登録者はご利用ください。 PDBj CIFエディターには、 X線、 電子顕微鏡、 NMR など、実験手法固有のテンプレートがあらかじめ用意されています。 左上のメニュー（薄灰色のウィジェットアイコン）をクリックすると、編集したメタデータファイルをPDBx/mmCIFで保存できます。 この完成したファイルをpdb_extractでアップロードして、単一または複数の関連構造を登録用に準備できます。

構造決定出力ファイル

データ処理中に生成されたログファイルをアップロードすると、pdb_extract が関連する回折メタデータを解析します。 各種スタンドアロンパッケージからのログファイル、CCP4やautoPROCパイプラインからのログファイルに対応していて、 以下のパッケージも含まれます。

• Aimless
• DIALS
• d*TREK
• HKL-2000
• HKL-3000
• Pointless
• Scala
• Scalepack
• XDS
• Xia2
• Xscale

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