[wwPDB] 2027年7月21日以降に公開されるエントリーについてPDB DOIの構文が新しくなります
2027年7月21日、wwPDBは拡張された12文字のPDB ID、PDBx/mmCIF形式、 および再編成されたPDBアーカイブへ完全に移行します。 この時点以降、新たな4文字のIDは発行されなくなります。
PDBデジタルオブジェクト識別子（DOI）は、対応するwwPDBのDOIランディングページへのリンクに使用できます。 DOIはデジタルオブジェクトに割り当てられる一意で永続的な英数字の文字列であり、 オンライン上の所在に対する恒久的で信頼性の高いリンクを提供します。DOIは一度割り当てられると変更されません。
2027年7月20日以降のPDBエントリーに対するDOI構文は、拡張されたPDB IDを反映したものになります。
2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーのDOI（12文字のPDB IDのみが付与される）
拡張PDB ID（例：pdb_1000axyz）のみが付与されるPDBエントリーでは、 _database_2.database_codeおよび_database_2.pdbx_database_accessionの両方に同一のPDB IDが格納されます。
これらのエントリーでは、拡張PDB IDに基づいた新しいPDB DOI形式が使用されます（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）。
接頭語pdb_を含む12文字すべてが含められます。
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_1000axyz pdb_1000axyz 10.2210/pdb_1000axyz/pdb
2027年7月21日以前に登録されたPDBエントリーのDOI（4文字および12文字のPDB IDが付与される場合）
PDB DOI、4文字のPDB ID、および拡張12文字のPDB IDは、PDBx/mmCIFモデルファイルのdatabase_2カテゴリに保存されます：
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1ABC pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb
これらのエントリーでは、接頭語pdb付きの従来のPDB DOI形式（例：10.2210/pdb1abc/pdb）は変更されません。
例えば、IDが8y9m（拡張PDB IDがpdb_00008y9m）のPDBエントリーのDOIは https://doi.org/10.2210/pdb8y9m/pdb です。
PDB DOIの引用について
多くの学術誌では、公開論文からPDBデータへリンクするためにPDB DOIが使用されています。
- PDB DOIは、主要な引用文献に関連付けられていないエントリーの引用としても使用されます。
- 4文字のIDが付与されているエントリー（すなわち2027年7月21日以前に登録されたもの）は、4文字ID用のIDおよびDOIの形式 （例：10.2210/pdb1abc/pdb）を用いて引用してください。 これには、接頭語pdb_0000を用いて4文字IDから作成された拡張IDを持つ構造（例：pdb_00002abcに対する「2abc」）も含まれます。
- 12文字のIDのみが付与されているエントリー（すなわち2027年7月20日以降に登録されたもの）は、 新しいIDおよびDOIの形式（例：10.2210/pdb_1000axyz/pdb）を用いて引用してください。
詳細な情報やご質問は、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。
移行に関するリソース
- PDB ID拡張に関するFAQ
- PDBベータアーカイブ概要（スクリプト、短縮URL、その他リソースを含む）
- PDBx/mmCIF形式の理解
- PDBx/mmCIFユーザーガイド
- PDBx/mmCIFディクショナリ
- PDB形式からPDBx/mmCIF形式への対応
- オンラインで利用できるPDBx/mmCIFエディタ
- PDBx/mmCIF関連ソフトウェアリソース
2027年7月20日以降に登録されたPDBエントリーには、拡張PDB IDのみが付与され、新しいDOI構文に従うことになります。
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