[wwPDB] 計算構造モデルに対する拡張 ModelCIF

計算構造モデルに対してPDBx/mmCIFを拡張した ModelCIFがご利用頂けるようになりました。 PDBx/mmCIFは、国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）が共同で管理する 蛋白質構造データバンク（PDB）コアアーカイブを支えるデータ標準です。 ModelCIFをサポートするためにpython-modelcif というソフトウェアライブラリが開発され、ModelCIFに準拠したmmCIFファイルの読み書きができるようになりました。

ModelCIFは、計算機で得られた高分子の構造モデルを表現するためのデータ標準を提供します。 これら計算構造モデルは、ホモロジーモデリングにより既存の構造テンプレートから得られる場合と、 ab initioのモデリング手法から得られる場合があります。 ModelCIFデータ標準は、 ModelArchiveやMODBASE、 AlphaFoldDB Protein Structure Databaseで、計算構造モデル用に使用されています。 ModelCIFはSWISS-MODELプロジェクトでも部分的にサポートされており、 近々SWISS-MODEL リポジトリに追加される予定です。

ModelCIFは、wwPDBと計算構造生物学のコミュニティの代表からなる wwPDBのModelCIFワーキンググループ(WG)によって開発・維持されています。 ワーキンググループは、計算構造モデルのアーカイブと可視化のための、共通のデータ標準とソフトウェアツールの開発に重点を置いています。 また、計算モデル化コミュニティにおけるModelCIFデータ標準の採用を促進し、 ModelCIFをサポートするソフトウェアツールの開発にも携わっています。 計算構造モデルを独自のウェブポータルで公開している研究チームは、ModelCIFデータ標準を使用して行い、 3D-Beaconsネットワークに統合することが強く推奨されます。 構造生物学者は、長期保存と一般公開を確実にするために、計算された構造モデルをModelArchiveに登録してください。 計算された構造モデルを関連するメタデータと共に登録する方法についてのガイドラインは、 構造バイオインフォマティクスのための ELIXIRのRDMkitページでもご覧いただけます。

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