[wwPDB] まもなく、新規リガンドを含むPDBエントリーは、PDBx/mmCIFとPDBMLファイルフォーマットでのみ提供されるようになります

現在の増加率では、2023年末までに3文字の化合物ID（CCD ID）がなくなると予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されるようになります。 (過去のニュースもご覧ください)。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください 。 PDBx/mmCIFについての情報は、mmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

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