[wwPDB] 将来的には、CCDやPDB IDが拡張されたPDBエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供する予定です

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。

CCD IDの拡張

現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に３文字の利用可能な新しいコードがなくなってしまうことが予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されるようになります。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

PDB IDの拡張

さらにwwPDBは、PDB IDの長さを、例えばpdb_00001abcのように、「pdb」を先頭に持つ8文字に拡張する予定です。 各PDB IDには対応するデジタルオブジェクト識別子（DOI）があり、これは多くの学術誌で原稿を投稿する際に必要とされ、論文に記載されます。 2021年8月以降、新規および再公開されたすべてのエントリーのPDBx/mmCIF形式の原子座標ファイルに、 拡張PDB IDと対応するPDB DOIが含まれるようになりました。

例えば、4文字のPDB ID、1abcで発行されたPDBエントリーは、拡張PDB ID (pdb_00001abc) と対応するPDB DOI (10.2210/pdb1abc/pdb) を持つことになります。 これらはPDBx/mmCIFのdatabase_2カテゴリに記載されています。

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb

例えば、4文字のPDB IDを全て消費した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行される場合は以下のようになります。

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb

4文字のPDB IDがすべて消費された後、新たに登録されるPDBエントリには拡張PDB IDコードのみが発行され、 PDBエントリはPDBx/mmCIFフォーマットでのみ配布されます。 すでに4文字のPDB IDを持つPDBエントリーは変更されません。

リソース

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張したPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください （https://github.com/wwPDB/extended-wwPDB-identifier-examples） 。 PDBx/mmCIFについての情報は、https://mmcif.wwpdb.org/をご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

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