[wwPDB] 拡張PDB IDフォーマット(pdb_00001abc)に関するリソースをご利用ください

wwPDBは、現行の4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）が2029年までにすべて消費されると予測しています。

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、wwPDBはPDBアクセッションコードの文字数を拡張し、"PDB "を先頭に付けることで フォーマットを改訂しました（例えば、"1abc "は "pdb_00001abc "になります）。 これにより、公開文献中のPDBエントリーをテキストマイニングで検出することが可能になり、 改訂データファイルをより有益で透明性の高い形で提供できるようになります。

拡張PDB ID（12文字）を持つエントリーは、4文字のPDB IDが消費されると、従来のPDBファイルフォーマットと互換性がなくなります。 wwPDBは、科学ジャーナル、PDBコミュニティ、ユーザーに対し、PDBx/mmCIFフォーマットと拡張PDB IDフォーマットの 使用にできるだけ早く移行することを奨励しています。

wwPDBリソースポータルページ（Extended PDB ID With 12 Characters）を通して、 PDBユーザーのこの移行を支援するリソースをご利用頂けます。 このページには、 PDB IDの拡張に関するFAQ、PDBx/mmCIFフォーマットに関する資料、 その他のPDBx/mmCIFリソースやソフトウェアツールへのリンクなど、 この変更に対応するための有用なリソースがリンクされています。 移行段階が進むにつれて、このページにはより多くのトレーニングリソースが追加される予定です。

さらに、2026年の移行期にはPDBの「ベータ」アーカイブが提供されます。 この "ベータ "アーカイブのディレクトリ構造は、PDBバージョンアーカイブのデータ構成を反映し、 https://files-beta.org/pub/pdb/data/entries/two-letter-hash/pdb_accession_code/entry_data_File_names という構成になります。 2文字のハッシュはn-2文字とn-3文字(後ろから3番目と2番目の文字)に基づいています。 例えば、PDBエントリー PDB_12345678 はディレクトリ/67/の下になります。 これにより、例えばPDBエントリー1abcが/abの下にある現在のPDBアーカイブとの一貫性が保たれます。

4文字のPDBアクセッションコードがすべて消費されると、このPDB「ベータ」アーカイブはPDBメインアーカイブとなり、現在のPDBアーカイブは削除されます。

ソフトウェア採用のための拡張PDB IDを含むサンプルファイルを GitHubから ダウンロードしてください。

wwPDB recently announced that PDB three-character Chemical Component IDs have been consumed. Five-character alphanumeric accession codes for CCD IDs are now issued by the OneDep system. wwPDBは最近、PDBの3文字の化合物IDが消費されたことを発表しました。 OneDepシステムでは、CCD IDに対して、5文字英数字アクセッションコードが発行されるようになりました。

ご質問やコメントは、info@wwpdb.orgまで、英語でご連絡ください。

[ wwPDB News ]