[wwPDB] CASP15のターゲットを募集します
CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、来るべきCASP15モデリング実験（2022年5月開始）のターゲットを探しています。CASPコミュニティ実験は、 蛋白質構造モデリングの技術水準を向上させることを目的としています。 1994年以来2年毎に、CASPは、公開間近の実験的構造に関する情報を収集し、配列データを構造モデルコミュニティに伝え、 構造に関するブラインド予測を収集して評価しています。 通常、世界中から約100のモデリンググループが参加しています。 CASP実験の結果は、その分野のリーダー(Independent Assessors) によって評価され、PROTEINS誌の特集号に掲載されます （PROTEINS）。
2020年のCASP14実験に続き、特にAlphaFoldや最近のRosettaFoldによる、蛋白質構造のモデリングにおける深層学習手法の成功について 知らない構造生物学者はいないでしょう。 これらの進歩の結果、計算された蛋白質構造は、より広範な用途に使われるようになってきています。 CASP14以降、蛋白質モデリングコミュニティはこれらの手法の開発を強化し、蛋白質複合体や蛋白質アンサンブルのモデリングにも その適用範囲を広げています。 CASP15では、これらの新しい開発がどの程度成功しているのか、決定的な洞察を得ることができるでしょう。
CASP15の成功は、計算方法を評価するための基礎データとしてターゲットを提供してくれる実験コミュニティの寛容さのおかげです。 これまで150以上の構造決定グループが、1100以上のターゲットをCASPチャレンジに提供してきました。 CASP15では、X線結晶構造解析、低温電子顕微鏡、NMRなどによるあらゆる種類の実験的構造の提出をお願いしていますが、 特に以下のようなものに関心があります。
- 単一蛋白質の高分解能構造。新しい計算機の精度が高くなったため、低分解能構造では実験誤差と計算誤差を区別することが 難しくなってきている。
- 既知の配列の親族がほとんど、あるいは全く存在しない構造。このクラスのターゲットに対して、一貫して正確な構造を計算するためには、 進化関係に依存しない方法が必要である。
- 蛋白質の複合体。この分野では既にディープラーニングの手法が性能向上を示しており、これらがどの程度強力であるかを正確に立証するために、 様々な複合体が必要である。評価は、最近の他のCASPと同様に、CAPRIと連携して行う予定である。
- RNA構造、RNA複合体、蛋白質RNA複合体。現在、より多くのRNA構造が実験的に決定されており、この分野ではより広範で厳密な評価が可能になっている。
- 別形態が明確に決定されている蛋白質。単一蛋白質の構造を超えて、明らかに拡張されるのは、コンフォーメーションのアンサンブルの計算である。 新しい計算方法はすでにこの問題に適用されているが、これらに対して評価する決定的な実験データが少ないため、このカテゴリーには限界があると思われる。
- 蛋白質-有機リガンド複合体。これらの構造には、ディープラーニングの手法も適用されている。 CASP15ではこのカテゴリを含めることを検討している。大きな課題は、適切な標的を得ることである。
また、CASPでは、NMR、SAXS、架橋質量分析などの実験グループと共同で、疎な実験データに支援されたモデリングを行う予定です。 そのためには、蛋白質の材料が必要です（これはほとんどのターゲットで想定されていませんが、もしあれば、非常にありがたいです！）。
もし、これらの分野で適切なターゲットをお持ちでしたら、このメールに返信していただくか、 casp@predictioncenter.org までご連絡いただくか、CASP15ターゲットエントリーページ から直接ターゲットをご提案いただければ幸いです。
なお、CASPのターゲット提供者は、定期的にCASP特集号論文への寄稿を依頼されており (例 Computational models in the service of X-ray and cryo-electron microscopy structure determination (2021) Proteins 89: 1633-1646; Target highlights in CASP14: Analysis of models by structure providers (2021) Proteins 89: 1647-1672 )、今後もこの慣習を継続する予定です。
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