[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットで生物学的単位のファイルを提供します

2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供する予定で、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになります。

現在、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供しています。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用しています。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また必要でもないため、 これまでは、ソフトウェア・ツールでのPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルの使用は限られたものとなっていました。 この問題やwwPDB諮問委員会の勧告を受け、wwPDBは、すべてのPDBエントリーの生物学的単位ファイルを作成するために、新しい標準的な方法を実施しました。

新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルでは、生物学的単位データの構成が改善されており、ソフトウェア等の使用をサポートしています。 ファイルには、1つのモデル内で対称操作で生成された各鎖のコピーがすべて含まれ、個別の鎖ID (_atom_site.auth_asym_id と _atom_site.label_asym_id) がそれぞれ割り当てられています。 ファイル内の個別の鎖IDは、以下の規則に基づいて生成されています。

• 原子座標ファイルの元の鎖の鎖IDは保持されます（例：A）
• 1つのモデル内の各対称コピーには一意の（重複しない）鎖ID（atom_site.label_asym_id と atom_site.auth_asym_id） を割り当てます。 鎖IDの割り当てのルールは以下の通りです。
  • 対称操作のインデックス (pdbx_struct_oper_list.id) は、元の鎖 ID にダッシュで区切って追加されます (例: A-2, A-3等)。
  • 適用される対称操作が複数ある場合、2つの演算子の間にダッシュ記号を使用します（例：A-12-60、A-60-88等）。

また、エンティティID、鎖IDのマッピングカテゴリ（pdbx_entity_remapping と _pdbx_chain_remapping）が追加されます。

新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを配布するために、 新しいディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/assemblies/mmCIF/)が作成される予定です。 既存のPDB形式変換不可エントリー用の生物学的単位ファイルを格納するディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/mmCIF/)は削除されます。

wwPDBは、すべてのPDBユーザーとソフトウェア開発者に、PDBの生物学的単位に関連するコードの見直しと制限がある場合には対処をお願いしています。 生物学的単位のサンプルファイルは、Github(GitHub.com/wwpdb/assembly-mmcif-examples) で公開しています。

ただし、これら生物学的単位ファイルを使用してビューアなどで表示する場合、 お使いの可視化ソフトウェア（PyMol、ChimeraXなど）が原子座標ファイル（_struct_assembly関連カテゴリ）から 直接、生物学的単位の作成をサポートしているかどうかを確認してください。 サポートしている場合は、生物学的単位ファイルを読み込むよりも効率が良いので、生物学的単位ファイルを使用する必要はありません。

ご質問・コメントなどございましたら、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

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