wwPDBは設立10周年を迎えました
wwPDBは設立10周年を迎えました
バースデーケーキをクリックして、記念のスライドショーをご覧ください。
2013年7月1日、PDBアーカイブを管理する国際的な協力組織「国際蛋白質構造データバンク」（wwPDB）は設立から10周年を迎えました(1)。
控えめなスタート
1971年、たった7つの蛋白質始まったPDBはこの42年の間急速に拡大してきました。昨年は9,972個の新たな構造が登録されましたが、この数は最初の25年間に登録された件数を上回るものです。現在、9万件以上もの構造が登録されており、このペースで登録数が増えると国際結晶年に当たる2014年には10万件に達する見込みです。
2003年7月1日、PDBアーカイブの管理はwwPDBの設立によって大きく変わりました。PDBは国際的なアーカイブとなり、PDBに登録されている有意義なデータの蓄積や管理を行う活動や、世界中の研究者の役に立つよう無料で提供する活動が今後も続くことが保証されるようになりました。
現在wwPDBの組織は4つのメンバーで構成されています。米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 蛋白質構造データバンク（RCSB PDB）と生体高分子NMRデータバンク （BMRB）、欧州蛋白質構造データバンク（PDBe）、日本蛋白質構造データバンク（PDBj）がそのメンバーです。
wwPDBの活動
wwPDBの各メンバーは、PDBデータの登録処理とデータ配布を行う拠点として活動しています。様々な関連団体と協議の上、アノテーションの方針やファイル形式、構造データの検証基準の策定に取り組んでいます。メンバー組織間の緊密な協力は、世界中のPDBユーザに信頼性と整合性のあるデータを提供する上で欠かせないものです。
各拠点は、データの提供と処理のあらゆる面で協力して活動するだけでなく、生体高分子の構造と機能に関する豊富なデータをユーザが利用しやすいようにするため、個々にツールやサービスの提供する活動も行っています。
wwPDBの活動は、X線結晶解析や3DEM（３次元電子顕微鏡）、NMR、バイオインフォマティクスの専門家で構成される国際的な諮問委員会によってチェックされています。
今後の課題
PDBに登録される生物学的データの量、多様さ、複雑さが増してきていること、 そして生物に関係する分子、複合体、分子機械の構造に対する知見を得るための複合的な技術が出てきていること、これらは全て構造データの管理と表現方法に対して重要な課題を突きつけています。
このような課題に対応するため、wwPDBの各メンバーは協力して新たなソフトウェアシステムの開発を行っています。この新システムでは一つのインタフェースの下で、複雑で様々な生体高分子の構造を登録、検証し、アノテーションを行うことができます。また、構造データに付随する実験データについてもこの同じインタフェースで扱うことができます。この新システムは2014年の初旬からwwPDBの全登録サイトで全面的に稼働し始める予定です。これによりあらゆる分子サイズ、構造決定手法（結晶解析、NMR、電子顕微鏡）の構造を扱うことができるようになります。
検証は新たな登録・アノテーションシステムにおいて不可欠な部分です。登録時に行われる座標、実験データおよび関連するメタデータの評価は、アーカイブデータの品質向上に欠かせません。さらに、構造生物学の素養がない（少ない）ユーザが自分の目的に最も合った構造モデルを選ぶのにも役立つことでしょう。
今後10年間にどんな新しい課題が現れようとも、wwPDBは引き続き高分子構造アーカイブの高い品質水準、完全性、整合性を維持するよう努めます。また、利用者数が増加し、需要の幅が広がり、利用者からの要求水準が難しいものになったとしても、世界中の利用者が無料で利用が続けられるよう努力して参ります。
(1) Announcing the worldwide Protein Data Bank. Berman H, Henrick K, Nakamura H. Nat. Struct. Biol. 10, 980 (2003) doi:10.1038/nsb1203-980
[ wwPDBニュース ]
