BIRD辞書によるペプチド様抗生物質や阻害剤分子の定義について

BIRD辞書によるペプチド様抗生物質や阻害剤分子の定義について

wwPDBのBIRD辞書では、抗生物質やペプチド阻害剤、その他の複雑な生物学的リガンドが定義されています。

このような生物学的に興味のある分子を定義し説明するために、BIRDには化学的な説明や、配列と結合の情報、中心となる構造や外部リソースから取得した機能と分類に関する情報等が含まれます。

生物学的に興味のある分子を含むPDBエントリーは全て、BIRD辞書を用いて編集が行われ、対応するBIRD IDは、PDBx形式のファイルにのみ記載されています。 BIRDを使用することで、ペプチド様抗生物質や阻害剤分子のデータの一貫性が大幅に改善されることが期待されます。

BIRDはwwPDBのFTPサイトから利用でき、化学化合物辞書（Chemical Component Dictionary）と同じ階層に配置されています。

ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/bird/prd/　（PDBj FTPサイト）

ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/bird/prd/　（wwPDB FTPサイト）

新しい登録があれば、BIRD辞書は更新されます。BIRDについての概要、定義の詳細は、wwPDBのページからご覧頂けます。