ニュース (2010年05月06日)

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登録者に送付する構造検証レポートをPDF形式で提供します

構造データ編集の一環として、wwPDBメンバーは登録者に対して、分子構造や実験データの確認結果を含む詳細な検証レポートを提供しています。2010年5月17日より、これらの文書はwwPDB編集拠点からPDF形式で提供され、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。

PDBによる検証レポートでは登録構造の質に関する検証を提供する一方、座標ファイルの秘匿性は確保されます。したがって、論文雑誌の編集者や査読者には論文投稿や査読の一環として、登録者に対してレポートを要求することをお勧めします。PDBによる検証レポートは、国際結晶学連合 (IUCr) の論文に投稿する際の投稿規定で既に要求されています ( Baker et al. (2010) Acta Cryst. F66: 112 参照)。レポートには日付とwwPDB編集拠点のロゴが表示されており、PDB編集拠点に関係なく、本質的に同一の情報が収録されています。検証レポートは、X線, NMR, 電子顕微鏡, 小角散乱に関するValidation Task Forceからの勧告を受けて、また、我々の更なる登録編集手順の開発に伴って継続的に開発・拡張されます。

御質問等は、PDBjの「お問い合わせ」または info@wwpdb.org にお寄せ下さい。

NMR距離制限情報ファイルバージョン2が、2010年6月30日から提供されます

2010年6月30日 (水) より、wwPDB FTPアーカイブ ( ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/, ftp://ftp.wwpdb.org/, ftp://ftp.ebi.ac.uk/ ) に新しいNMR距離制限情報ファイルが追加されます。NMR距離制限情報ファイルバージョン2はNMR-STAR 3.1フォーマットで提供され、現在のwwPDBアーカイブに含まれるNMR座標ファイルと同じ原子命名法で表現されています。登録されたデータを含む、これまでのNMR距離制限情報ファイル (バージョン1) も引き続き提供され、NMRエントリの公開に合わせて更新されます。

NMR距離制限情報ファイルバージョン2は、PDBeとthe Centre for Molecular and Biomolecular Informatics/Institute for Molecules and Materials at the Radboud University Nijmegenの協力の下、BMRBによってwwPDB向けに策定されました。

NMR距離制限情報は、これまでのフォーマット (バージョン1) から解析され、ソフトウェアパッケージWattos　( BMRB and CMBI / IMM ), FormatConverterとNMRStarExport ( PDBe ), CCPNフレームワークを用いて座標と一致させます。

この複雑なプロセスは、解析や変換過程によってNMR距離制限情報バージョン2ファイルにおけるわずかなデータの改変や損失の可能性をもたらすかもしれません。PDB座標ファイルとNMR距離制限情報　バージョン1ファイルは基礎的参照データでありつづけます。

NMR距離制限情報バージョン2ファイルを生成するプロセスについての詳細は、参考1-3をご覧下さい。

wwPDB FTPサーバーの変更

NMR距離制限情報バージョン2ファイルの最初の公開に伴い、約5625個 (310 MB) の新規ファイルがwwPDB FTPサイトに追加されます。新規PDBエントリのNMR距離制限情報バージョン2ファイルは、PDBエントリが公開された後に処理されて入手可能となります。新規PDBエントリのNMR距離制限情報バージョン1ファイルは、引き続き毎週公開されます。

NMR距離制限情報バージョン1ファイルは、.mrの拡張子を用いて1abc.mr.gz(PDB IDが1abcの場合) と命名されています。NMR距離制限情報バージョン2ファイルは、1abc_mr.str.gzと命名され、NMR-STAR (3.1) データフォーマットであることを明示します。全てのNMR距離制限情報ファイルはGNU gzipプログラムで圧縮されています。

NMR距離制限情報バージョン2ファイルは、4文字のPDB IDからとった中間の2文字でグループ分けされた新しいディレクトリに収容されます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_restraints_v2/

全てのデータファイルは、単一ディレクトリにシンボリックリンクされます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/

NMR距離制限情報バージョン1ファイルは、現在のディレクトリ構造のまま変更はありません。

御質問等は、PDBjの「お問い合わせ」または info@wwpdb.org にお寄せ下さい。

参考

JF Doreleijers, A Nederveen, W Vranken, J Lin, AM Bonvin, R Kaptein, JL Markley, and EL Ulrich (2005). BioMagResBank databases DOCR and FRED containing converted and filtered sets of experimental NMR restraints and coordinates from over 500 protein PDB structures. J. Biomol. NMR 32, 1-12.
WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL Markley, J Ionides, and ED Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline . Proteins 59, 687-696.
JF Doreleijers, WF Vranken, C Schulte, J Lin, JR Wedell, CJ Penkett, GW Vuister, G Vriend, JL Markley, and EL Ulrich (2009). The NMR Restraints Grid at BMRB for 5,266 Protein and Nucleic Acid PDB Entries. J Biomol. NMR 45, 389-396.

作成日: 2010-05-06