ニュース (2011年06月17日)

wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを、2011年7月13日に公開します。

本改善には、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題が含まれています。 見直し及びその結果行った変更・修正の詳細な説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF) をご覧ください。本公開によって、バージョンが更新され、改訂ログが付与されます。

PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。

2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。 (詳細は、 http://www.pdbj.org/pdbj_archive_j.html 又は http://www.wwpdb.org/downloads.html を参照して下さい)。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。

これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。