[wwPDB] 検証レポートと座標データに対して一貫したPDBx/mmCIFフォーマットを提供します

OneDepの全ての新規登録エントリーに対して、wwPDB検証レポートをPDBjがPDBx/mmCIFフォーマットで先行して提供していましたが、wwPDB版の提供を開始します。 これによって検証データのPDBアーカイブとの相互運用性が国際的に高まることが期待されます。 検証レポートでは、PDBx/mmCIFフォーマットの方がデータは論理的に整理されているため、XMLフォーマットと比べて、 「データベースに適した」形となっています。 新しく公開又は更新されたエントリーのPDBx/mmCIFフォーマットの検証レポートは、 PDBアーカイブ（PDBj）と EMDBアーカイブ（PDBj）から配布されます

新しいPDBx/mmCIFレポートは、より解釈しやすくなっています。 大まかな要約情報を含み、また、残基レベルの情報へのアクセスが容易になっています。 データは、エンティティ・鎖別・そして個々の残基等、複数のレベルで提供されます。 例えば、クラッシュの総数を得ることも容易にできます。 検証レポートに対応するディクショナリは、wwPDBサイト mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_vrpt.dic/Index からご利用頂けます。 X線、電子顕微鏡、NMR構造に対応するPDBx/mmCIFフォーマットの検証レポート例は、GitHubから公開されています。

PDBおよびEMDBアーカイブの全エントリーに対してのPDBx/mmCIF検証レポートは、アーカイブ全体の検証レポートの再計算が行われた際に提供されます。

wwPDBは、PDBユーザーやソフトウェア開発者に対して、今後のアプリケーションには、PDBx/mmCIFフォーマットを採用することを強く推奨します。

[ wwPDB News ]