[wwPDB] 新しい４文字のCCD IDを含むエントリーや８文字のPDB IDのエントリーは、PDB形式では提供できなくなります

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。

現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。しかし現在の増加率で想定すると、3年から4年の間に３文字利用可能な新しいコードがなくなってしまうことが予想されます。この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして4文字の英数字コードを発行するようになります。従来のPDBフォーマットは制約により新しい4文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されるようになります。 wwPDBでは、2022年に拡張CCD IDコードの実装を開始する予定です。

さらに、wwPDBでは、PDB_00001abcのように、PDB IDの長さを8文字に拡張し、PDBの前に「PDB」を付けることも計画しています。各PDB IDには対応するデジタルオブジェクト識別子（DOI）があり、これは多くの学術誌で原稿を投稿する際に必要とされ、論文に記載されます。拡張PDB IDとそれに対応するPDB DOIは、既存の4文字のPDB IDと合わせて、2021年秋までにすべての新規エントリーのPDBx/mmCIFフォーマットファイルに含まれる予定です。

例えば、PDBエントリー「1ABC」は、拡張PDB ID（pdb_00001abc）と対応するPDB DOI（10.2210/pdb1abc/pdb）もPDBx/mmCIFの _database_2 カテゴリに登録されます。

loop_
_database_2.database_id 
_database_2.database_code 
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb
WWPDB D_1xxxxxxxxx ? ?

4文字のPDB IDがすべて消費されると、新規に登録されたPDBエントリーには拡張PDB IDコードのみが発行され、エントリーはPDBx/mmCIFフォーマットでのみ配布されます。

PDBユーザーと関連ソフトウェア開発者の皆様は、ご自身の開発されたソフトウェアのコードを見直し、将来確実に発生する制限を事前に取り除く作業を開始するようお願いします。

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