[wwPDB] 拡張されたPDBx/mmCIF構造因子ファイルに対してOneDepのサポートを改善しました

PDBx/mmCIF辞書が，回折強度データの異方性を考慮した処理や，フレーム毎にマージしないデータ，異常分散データの品質記述を拡張した事を受けて，OneDepのサポートを改善しました。 2020年10月にwwPDBPDBx/mmCIF専門委員会のサブグループが招集され、実験データのより詳細な記述と関連するデータの品質評価基準の開発を開始しました。データ収集・処理に関するサブグループメンバーは，回折データ処理ソフトウェアの開発とサポートに積極的に取り組みました。 具体的には、数ヶ月にわたってオンライン会議を行い、新しい辞書コンテンツの拡張について議論、検討、最終決定を行い、2021年2月16日にPDBx/mmCIF辞書に組み込みました。 この新しいコンテンツ拡張の試験的な実装は、Global Phasing Ltd.により確認済みです。

これらの機能拡張により、より広範な回折データの保存とアーカイブが可能になり、データに関連する新しい品質評価基準も提供されます。拡張には主に次の3つの内容が含まれます。

1. 回折異方性を考慮して処理されたスケール済み，マージ済み反射データに対し，（1）パラメータに依存せず反射ごとの「信号」とその信号のしきい値によりカットオフ分解能を定義し、（2）結果として得られた異方的な分解能を最もよく表現する分解能の異方性表す楕円記述子を提供します。
2. 関連するモデルから独立してその品質が評価されることを目的とし追加項目を定義することによって，スケール済み，マージ済み反射データに対して，アーカイブから取り出した後にデータが有意義に再分析可能になります。
3. 多くの関連する記述子を追加することにより，これまで欠けていた回折データの異常分散に関する統計的記述項目を追加しました。

　回折分解能の異方性を記述する新しいmmCIFデータ拡張により、Global Phasing社が提供するSTARANISOプログラムによる解析結果をアーカイブすることが可能になりました。他のソフトウェアの開発者は、これらを利用したり、用途に合わせて現在の定義を拡張したりすることができます。新しい辞書拡張に準拠したautoPROCおよびBUSTER(version 20210224) で作成されたファイルの例は、GitHubリポジトリで提供されています。

　これらのサンプルファイルや、他のデータ処理プログラムや精密化プログラムで作成された同様の準拠ファイルは、wwPDB OneDepシステムに直接アップロードするのに適しています。新しいpdbx_audit_conformレコードを使用した明示的な辞書のバージョニングの自動認識により、登録時の不要な前処理を回避することができます。今回のOneDepの改良により、研究室でのデータ処理/精密化とPDBへの登録との間でデータを失う事なく登録することが保証されます。

　wwPDBは、構造生物学者に対して、PDB登録用のデータファイルを作成する際に、常に最新バージョンの構造決定ソフトウェアパッケージを使用することを強く推奨します。また、新しい構造を登録したいと考えている結晶学者に対しても、関連する回折データと一緒にこれらの新しいmmCIF辞書の拡張性を利用することを推奨しています。なぜなら、拡張を組み込んだソフトウェアは、データと最終モデルの間の一貫性を保証できるからです。 wwPDBはまた、オリジナルの回折画像データに直接アクセスできるように、登録者へ、回折像自体をいずれかの公開アーカイブから利用できるようにするよう推奨しています。

[ wwPDB News ]