[wwPDB] EMエントリーのwwPDB検証レポートを公開しました

wwPDBアーカイブ（PDB, EMDB）を更新し、PDBアーカイブ内の全てのEMモデル座標エントリーと全てのEMDBマップエントリーについて、検証レポートを追加・更新しました。検証レポートは、構造の品質について定量的および視覚的な評価を提供し、アーカイブ全体で比較できるようになります (https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports).

wwPDBのEM検証レポートは、2019年に初めて、OneDepの登録者に向けて提供されました。 (wwPDBニュース). 現在のレポートは、2010年 (Structure 20: 205-214, wwpdb.org/task/em) と2020年（準備中の報告書）に行われたEM検証専門委員会（VTF, Validation Task Force）の推奨事項とEM検証チャレンジイベント (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32002441, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.12.147033v1)に基づいたものです。 最近の改善例には、登録されたマスクの画像、改良されたマップとモデルの重ね合わせ画像、2つのハーフマップからの（おおよその）生マップの視覚化、および回転平均したパワースペクトルのグラフ図が含まれます。基盤となる方法論は、EMコミュニティの要件や要求、フィードバックに基づいて継続的に改善を行っています。

PDBコアアーカイブには、各PDBエントリーと、それに関連するEMDBの実験マップ/トモグラムを評価する検証レポートが配置されます。EMマップ+モデル座標の検証レポートは、以下のwwPDBミラーサイトからダウンロード頂けます。

• wwPDB: ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/
• RCSB PDB: ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/validation_reports/
• PDBe: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/validation_reports/
• PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/

EMDBコアアーカイブには、EMDBのマップ/トモグラムエントリーを評価する検証レポートが配置されます。EMマップに関する検証レポートは、以下のURLからダウンロード頂けます。

• EMDB: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/validation_reports/
• wwPDB: ftp://ftp.wwpdb.org/pub/emdb/validation_reports/
• RCSB PDB: ftp://ftp.rcsb.org/pub/emdb/validation_reports/
• PDBj: ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/

EM マップ+モデル、EM マップのみ、 EM トモグラムに対する検証レポートについての更に詳細な情報は、各リンク先のwwPDBの検証レポートユーザガイドをご覧ください。

wwPDBの検証レポートについて、ご質問やコメントがございましたら、validation@mail.wwpdb.orgまで、英語でご連絡ください。

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